科學是現代西方文化一重要部份，錢穆怎樣看待科學呢？他說：
目前的科學愈發達，世界愈擠得緊了，人生因此愈感得外面壓迫，沒有迴旋餘地。個人小我的地位幾乎要沒有了。(＜藝術與科學＞)
簡單講，科學的進步，令人的精神壓力越來越大，個人的閒暇變得不再可能。
錢穆認為，現代科學尚未興起時，
世界是鬆散的，不緊湊，人生是閑漫的，不慌張。你為你，我為我，比較地可以各不相干。他們外面的世界，物質的環境，比我們狹小，但他們內部的天地，心上的世界，卻比我們寬大。淺言之……他們日子過得較舒閑，較寬適……(＜藝術與科學＞)
因為日子過得舒閑，較寬適，所以心靈特別敏感，他說：
古代的人……而且他們的感覺，會比我們更靈敏，更強烈……古代人受外面刺激少，現代人受外面刺激多……古代人的心靈，宜乎要比現代人更敏感。一切宗教文學藝術，凡屬內心光輝所發，宜乎是今不如昔了。(＜藝術與科學＞)
值得注意是「一切宗教文學藝術，凡屬內心光輝所發，宜乎是今不如昔了」，此錢穆批評現代科學的發達窒塞人的情感，令宗教藝術文學走向衰頹。
錢穆進一步解釋：
科學發展了，世界的網線拉緊了，物質生活職業生活愈趨分化，社會愈複雜，個人生活愈多受外面的刺激和捆縛，心與心之間愈形隔雜，宗教藝術文學逐步衰頹，較之以往是遠為退步了。科學與藝術似乎成為相反的兩趨勢，這是現代敏感的人發出的歎聲。(＜藝術與科學＞)
欲令宗教藝術文學重新恢復興旺，關鍵在運用「減法」修養「你我無別」、「萬古常然」的「空無所有的心境」。
若使你能把千斤擔子一齊放下，把心頭一切刺激積累，打掃得一乾二淨，驟然間感到空蕩蕩的，那時你的心開始從外面解放了，但同時也開始和外面融洽了。內外彼此凝成一片，更沒有分別了。你那時的心境，雖是最刹那的，但又是最永恆的。何以故？刹那刹那的心態，莫不沾染上一些色彩，莫不粧扮成一些花樣，從這些花樣和色彩上，把心和心各別了，隔離了。只有一種空無所有的心境，是最難覿面，最難體到的，但那個空無所有的心境，卻是廣大會通的。你我的心不能相像，只有空無所有的心是你我無別的。前一刻的心不能像後一刻，只有空無所有的心，是萬古常然的。你若遇見了這個空無所有的心，你便不啻遇見了千千萬萬的心，世世代代的心，這是古代真的宗教藝術文學的共同泉源。最刹那卻是最永恆，最空洞卻是最真切。我們若把這一種心態稱之為最藝術的心態，則由這一種心態而展演出的人生，亦即是最藝術的人生。(＜藝術與科學＞)
「你我無別」即是破除認知上的區分，即是齊物。「空無所有的心境」即是虛明靈覺。錢穆又言：
一切人事的出發點，由於人的心，現在把心的內容簡單化了，純淨化了，把心上一切渣滓澄澱，把心上一切塗染洗滌，使此心時常回到太古乃至自然境界，讓他空蕩蕩地，不著一物……你若能把捉到此處，這是佛家所謂父母未生以前的本來面目呀！父母未生以前，那裡還有本來面目？這不過是說這一個心態，是一切心態之母，一切心態都從此心態演出……不論宗教藝術文學，人類的一切智慧，一切心力，也應該都從這一源頭上汲取。如你能把自己的心，層層洗剝，節節切斷，到得一個空無所有，決然獨立的階段，便是你對人生科學化已做了一個最費工夫而又最基本的實驗。(＜藝術與科學＞)
據此，「空無所有的心境」更屬道家靈台心、佛家之知覺一類，而非儒家溫情洋溢的道德良知。
錢穆相信，
我們要文化常健旺，少病痛，要使個人人生常感到自在舒適，少受捆縛，只有時時回復到這一個心態上再來吸取外面大自然的精英。這是一個方便法門。(＜藝術與科學＞)
否則，篤信現代科學，恐怕連妥善理解人倫世界都做不到。
他們慣把極複雜的分析到極單純，把極具體的轉化到極抽象。數學和幾何，號為最科學的科學，形和數，只是些形式，更無內容，因而可以推概一切……人事則最具體，最複雜，最難推概，人生不能說僅是一個形式，人事不能把數字來衡量，來計算。(＜藝術與科學＞)
以唐君毅、牟宗三為代表的當代新儒家，汲汲於綰合儒家心性與科學，提出「良知的自我坎陷」。
儘管如吳明所言，「坎陷」的「坎」來自《周易》的坎卦，高亨云：「坎為水，水存於窪陷之處，故坎為陷。」「良知的自我坎陷」實指一生命主體，在無限心之朗現中，自覺地轉為認知之有限心，此過程稱為「坎陷」。
但是，像錢穆所講，心一旦轉入科學的認知模式，真情實感必有所抑制，繼而有所冷卻，再也無法熾熱起來，牟宗三相信心能「坎陷其自己而為了別以從物。從物始能知物，知物始能宰物。及其可以宰也，它復坎陷中湧出其自己而復會物以歸己，成為自己之所統與所攝」(《王陽明致良知教》)，錢穆似不如此認為。
尤其甚者，綰合儒家心性與科學的背後，是對現代科學成就的正面肯定。錢穆對現代科學始終持保留態度，因有保留，故費更多心力思考救治現代科學所帶來的問題，此即成就以「空無所有的心境」對付科學流弊的方案。
