朱子雖主張萬物同出一源，卻反對徑去理會大體，只教人從眾多小理處窮究，零零碎碎的湊合，所謂從「萬個道理四面湊合來」。
知識需要積累湊合，是朱子格物窮理的精神。儘管《格物補傳》上說有豁然貫通之一日，然並非說貫通以後即不再要做窮理工夫。貫通之後，仍要窮格。少窮一物，便少知一物之理。
朱子的窮理工夫，分明受其理氣論影響。朱子主理氣混合一元，又言「理一分殊」、「觀萬物之異體，則氣猶相近，而理絕不同」，這都令其格物窮理傾向歸納會通。錢穆甚至不諱言「朱子既注重在分殊，自然要使他的思想有些處像是更近於荀子而較遠於孟子。朱子主張憑藉自己虛明靈覺之心來向外窮理，亦與荀子近，與孟子遠。」
可是，單純視朱子為荀子，似不太妥當。朱子說心具眾理，此說非荀子所有，亦非孟子意，而是取自佛家「山河大地盡是妙明心中物」。但佛家主張萬物在我心中，朱子則因把理氣分說，改為主張萬理在我心中。然則朱子與佛家畢竟有別。
心與物交始見理，無物則理不見。既認萬理在我心中，自然要向外尋求，故窮理必須格物。物無窮，理亦無窮，但萬理全具心中，重點反而繫於人能否窮格萬物上。人若能窮格萬物，不愁見不到萬理。人如何有動力窮格萬物？此需要用上一番「居敬」工夫。居敬、窮理合說，是其緊承伊川處。
在朱子看來，居敬而後可以窮理，但居敬不能代替窮理。
理分人文理、自然理。仁義禮智信，皆人文理，人性中所有。有生物、無生物各有性，皆自然理，與人性異。孔孟素來只就人生圈子內立論，謂人類百行眾德，皆由人心自然傾向展衍而來，換言之，其只講人文理。朱子則不同，於人生界外另添一氣世界，必說「物各一理」，則已轉入宇宙論去。故朱子所謂「理」，非專指人事，而必然牽涉到宇宙物理上去 (故朱子只肯說「天即理」，卻不說「心即理」)。會合道、釋以歸之於儒的結果，是令問題複雜了，故象山譏之為「支離」。
朱子又以「性」為未發，「情」為已發，性是理，情是氣。基於「理拗不轉氣」，未發之性管攝不到已發之情，故要把心來作主 (横渠所謂「心統性情」)，增強心的作主力的便是敬。
心貫徹乎動靜，動時省察，靜時存養，即是程門「敬」字工夫，如此則已發、未發面面兼到。若單從事格物窮理，似偏向動察一邊，無靜時存養工夫，動時省察難免會出錯。必須居敬、窮理兩面用力，此即伊川「涵養須用敬，進學則在致知」之變相。當然，在朱子手上，開展精微得多。
總之，朱子初時欲擺脫向心用功的舊習，故力主向外格物窮理。及後有見靜時存養亦頗重要，故把居敬、窮理牽綰合一。
