在＜朱子學術述評＞末尾，錢穆首次將孔子、朱子並舉，說：「以整個中國學術史觀之，若謂孔子乃上古之集大成者，則朱子乃中古之集大成者。其包孕豐富，組織圓密處，朱子甚似孔子。」
朱子似於孔子，有兩方面：
A. 孔子以述為作，朱子也是「一方面和會舊說，一方面開闢新趨」(這是朱子之大氣魄處，亦是朱子學說之所以頭緒紛繁處)；
B. 孔子每好以相反相成之兩字面來表達一觀念或一境界，如言仁必言智，或言仁必言禮，又言禮必言樂之類。朱子亦常如此，如言理必及氣，言心必及性，言窮理必及居敬之類。
惟二人也有些微分別。錢穆指出：「孔子只就人心人事立論，令人當下有入手處。孔子的圓密是面面俱到，或是面面兼顧。朱子則以宇宙、人生糾合在一起，他的思想似乎相互間依恃的條件更多了，如理必依恃著氣，必以氣為條件。氣亦依恃著理，必以理為條件。同樣心必依恃著性，必以性為條件。性亦依恃著心，必以心為條件。一切互相依靠，言及於此，則必以彼為條件。所以研究朱子思想，常覺其氣魄大而苦難下手，若圓密而又嫌瑣碎。陸象山譏其支離者即在此。」
清儒每以鄭玄與朱子相比擬，其實朱子以讀書來代替著窮理，純粹為教人的方便。漸漸研窮字義代替研窮物理，讀書轉到章句與訓詁上，此乃朱學之流弊，非朱子當初所料想。以為朱學精神等同讀書，等同章句與訓詁，拿鄭康成相比擬，只反映清代漢學之陋。
