按照錢穆的看法，伊川、朱子以虛明靈覺言心，乃沿襲了天台、禪宗諸家。惟天台、禪宗等以涅槃佛性為第一義空，是寂滅的，伊川、朱子卻不肯認性為空，堅持性是一個道理在心中。敢問人心中之理從何而來？這則需要折入宇宙論與形上學去找答案。朱子給出的答案正是理氣論。
理字、氣字，《孟子》皆未論及，分明是朱子自創。有謂朱子之理氣論是「理氣二元論」，錢穆不敢苟同，他說：「朱子此種理氣論，不可謂其是理氣二元論，而應稱之為理氣之混合一元論。乃在一元中不可不分此理、氣二物耳。其實此等理論，亦深受佛說尤其是賢首宗 (華嚴宗) 的影響。」
錢穆辨朱子與釋氏之理之分別：「朱子所謂『理』，仍近於釋家之涅槃佛性，惟涅槃佛性是第一義空，是寂滅，而朱子之理則是實在，是生與有之所以然。此是朱子有意融釋歸儒，故如此說之。」
細緻言之，朱子之理又有兩大特色：
(1)「理」雖是一實在，而必掛搭於「氣」，不能獨立自存。
(2)「理」雖為生與有之所以然，但他只是一種規範而並無力量，只能主宰「氣」，不能推動「氣」。如此則理乃是一沒氣力的偏於靜定一邊的東西。
基於 (1)，「將朱子的理氣分作兩物看，則將全不成物，亦無此心」。故此，當知「朱子言理氣，其實是混合之一體，而在此一體中，乃有理、氣可分」。
「氣」的觀念，由來已久，源出道家。「道家認一氣運行中有自然條理，理亦只是自然，人須刳心去智，無作無為，始能合此自然」。今朱子倡理與氣別，理是個「淨潔空闊底世界」，「山河大地都陷了，理畢竟卻在」，此明白與道家自然之理迥異，而近於釋氏之涅槃佛性。錢穆覺得，朱子對理氣的理解，「實是會合道、釋以歸之於儒，而自創其一番宇宙論，故非道非釋，而亦不免與孔、孟有異也」。
朱子提出理氣論，是要彌縫伊川心、性二分的不足。他不惜把横渠乃至濂溪的宇宙論形上學拿來，取長補短一番。
由理、氣二分出發，性即理，心即氣，性在於心，猶如理附於氣。理是一個沒氣力的理，性自然亦是一個無生命的性，不能自動的發出行為與變化。自動發出行為與變化的，是心。
朱子好以「官人」喻心，「合當做底職事」喻性，錢穆解釋：「為之作主者是此官人。若此官人不盡職，不做此合當做的事，誰也對他沒奈何。一切責任，全在官人自身。處斷事的又只是『情』不是『性』，如此，則性的功能豈不全落空了？但性亦實非落空。因性是一物在心中，惟此物乃是形而上的。若無此物，則不成為心；如沒有職事，便不成為一官人也。」
簡單講，人世間種種行為上的惡，皆由心直接去負責，性亦無可奈何。這是「理拗不轉氣」在人生界的反映。不過，謂性完全無責任，亦不盡然，因無性，心即不成其為心。用佛家華嚴宗的教理勉強比擬，世間一切染污法固非如來藏心所開，但無如來藏心，阿賴耶識終究不成阿賴耶識，二門是開不出來的。故此，如來藏心是一切染污法的憑依因。同理，性也是一切惡的憑依因。
主宰裁斷皆由心去負責，朱子縱不肯言「心即理」，但無疑極看重此心。後人以陸、王為心學，其實朱子看重心，決不遜於陸、王。
錢穆總結朱子心性關係：「朱子是主張心性混合之一元，一如其主張理氣混合之一元也」。另外，由於朱子「重視心工夫心主宰，乃在人生論上，所以直承孔、孟之處。至其必認性在心之先，則繩之以近代生物學知識，而誠見其實然，不得不謂其較孟子為尤允愜 (妥貼、適當) 也」。
錢穆的說法，對朱子的理解可謂周到，但不是不可爭議。舉例言之，重視心工夫心主宰，荀子何嘗不是如此？莊子何嘗不是如此？孔孟之心之獨特處，在於疾痛相感，孟子曰：「人皆有不忍人之心」。偏偏朱子言心，大講虛明靈覺，在人生論上直承孔、孟，敢問從何說起？此不能曲意迴護也。又心性混合一元，始終不是以心為性，加入理氣論以作彌縫，不見得成功，反更顯支離，象山所言無誤。
