在＜朱子學術述評＞(寫於 1947 年)，錢穆劈頭便講治朱法門。
他指出，朱子學說，規模闊大，思緒繁複，號為難究。苟欲治之，宜先詳密排比其思想先後之演變，再通觀朱子對於並世諸家之批評意見而加以一種綜合研究。就前者言，固需精嚴考訂，但亦要有哲理之眼光。就後者言，當及於張南軒、呂東萊、陳止齋、薛良齋、陳龍川、葉水心等，非獨考究陸象山。
據錢穆判斷，朱子在學術思想史上貢獻最大而最宜注意者，有下列四項：
1. 對儒家新道統之組成
朱子擺脫荀卿、董 (仲舒)、揚 (雄) 以下，而以周 (濂溪)、張 (橫渠)、二程直接孟子，使第二期宋學取得新儒學中之正統地位。
2. 彙《學》、《庸》、《論》、《孟》成一系統
朱子於孔、孟之間增入曾子、子思兩傳，而有孔、曾、思、孟四書之彙集，此即《論語》、《大學》、《中庸》、《孟子》是也。
朱子以畢生精力為《論》、《孟》作集注，《學》、《庸》作章句。元、明以來迄於清末七百年朝廷取士，大體以朱注《四書》為主臬，學者論學亦以朱注《四書》為準繩。朱子注《四書》，正猶孔子修《六經》。影響之大，無與倫比。
3. 對經學地位之新估定
在朱子手上，把自漢歷唐，對古代經學的尊嚴性與神秘性全剝奪了，而重新還他們以應得之地位。後來陽明「六經皆史」的理論，其實在朱子已透切發揮。從此以下，《四書》佔踞上風，《五經》退居下風，儒學重新從經學中脱出。
4. 把儒學傳統上自《五經》、《四書》下及宋代周、張、二程完全融成一氣，互相發明
朱子在儒家中製成一系統，再把各時代各家派，一切異說，融會貫通，調和一致，非氣魄大，胸襟寬，條理細密，而又局度開張，不能有此成就。他因此是集孔子以下儒學之大成。
朱子對理的追求，近於一種宗教性的信仰。理兼指事理、物理，所謂「一草一木亦皆有理，都須格」。
驟眼看，朱子似主心、理 (性) 兩分。錢穆亦承認，批評有關說法「與孟子論性原旨有背」。
他說：「孟子說：『惻隱之心，仁之端也。』只說從惻隱之心推擴出去便是仁，故惻隱之心便是仁之端。言『端』者，猶云火之始然，泉之始達，惻隱之心便是仁道之開端也。如此便見性善。所謂性善，只是善之端由於人性，而人性則由人心而見。」
可是，經過朱子解釋，「如此則成為仁 (即性) 居人心中不可見，因惻隱之端緒發見在外而後可見。如此則由仁之性發出惻隱之心來，性是內在之本，心只是外顯之末，不免要教人由外在的端緒 (心) 向內尋索，而識其性；而非教人由內心的端緒向外推擴，而達於仁；豈不與孟子原意相背？」
朱子把《孟子》文義曲解、倒說，竊以為根據伊川心、性分別的見解而來。由心、性二分，遂「主先窮理然後可以盡心」，跟「孟子原意，要人把自己此心惻隱、羞惡諸端向外推擴盡致，則自然可以知性。並非認知性了始可盡心，更非說窮理是知性工夫」有根本差異。「一內一外，正相倒置」。
誠然，伊川、朱子嚴分心、性，亦有他們用意所在，即為儒、釋劃下疆界。釋氏既主心空無理，所以只要認得此心便夠，心只是一個知覺靈明。朱子對釋氏言心不予否定，但心還有另一功能，即具眾理以應萬事。於此，心不得不對眾理下工夫。
李延平教人默坐澄心，楊龜山教人「看喜怒哀樂未發時作何氣象」，朱子都不贊成，覺得類近佛家的觀心工夫。作為儒者，當讓心具眾理。心如何具理？理因物而現，故「心與物交始見理，外了物，人心之理更於何見？」簡言之，透過應事接物以明理。
錢穆因此說「故論朱子思想，應可分為心性論與理氣論之兩部分，心性論承襲二程」。
最後，錢穆以下一段文字甚為精彩，清楚點出程朱與孟子、佛家論心之異同，今援引於下，作為全文總結。
「照孟子意，天地間一切道理，本由人心展衍而出。如人有惻隱之心，推擴出去便成仁的道理。人有羞惡之心，推擴出去，便成義的道理。一切道理，推求本原，全由我心，故曰『萬物皆備於我矣』。這是說人生行為萬般的標準，皆備在人心。又說『盡心知性，盡性知天』。可見性只是心，說心似屬人為，說性則明屬自然與天賦，故盡心可以知性知天也。程、朱則倒轉來說，因人心中有仁的道理，故能發出惻隱之心來。有義的道理，故能發出羞惡之心來。這些道理在心中者便叫『性』，故說『性即理』。故此等道理，雖在心中，而非即是『心』，故不許說『心即理』。心只是一個虛靈不昧之體，可以照察理，而非即是理。若定要說心即理，則佛家禪宗亦同一主張，何以辨其非乎？其實程、朱關於性的見解，亦有些近似涅槃佛性。惟涅槃佛性是第一義空，所以此後台、禪諸家主張「明心見性」「即心即性」者，便認心只是一個虛明靈知。心只是虛明靈知，適成其第一義空之性。此仍是佛義。若專從即心即性的見地上看，則台、賢諸家又若轉與孟子為近。惟孟子即心即性之「心」，兼包有「情感」，並不專指「虛明靈覺」。人心在虛明靈覺外，還有他自己的嚮往，自己的要求。若抹殺人心自己的嚮往要求，而只從其虛明靈覺處看，則仍是得半而失半，自然談不上性善、性惡。」
孟子 – 心包有情感，有惻隱、羞惡等情，有自己的嚮往、要求，不專指「虛明靈覺」。一切道理由心開出。
佛家 (天台宗、禪宗) – 心是虛明靈知，適成第一義空之性，即涅槃佛性。
伊川、朱子 – 心是虛明靈知，但可以照察理 (非即是理)。人心中有仁的道理，故能發出惻隱之心來。有義的道理，故能發出羞惡之心來。這些道理在心中者便叫「性」，故說「性即理」。理因何進入人心？則須格物窮理。
