牟宗三在《佛性與般若》認為，華嚴宗主張「緣理斷九」。何謂「緣理斷九」？陳沛然解釋：
以真如理為依靠為條件，由此而斷掉九界，此即九界與佛界不能相即，由是無明與法性不能同體，而是異體。真心隨緣還滅之時，以真如之理斷掉九界、亦斷掉無明，方顯佛界、方顯法性。(＜唐君毅先生論華嚴宗與天台宗之圓教義＞)
天台宗智者大師則受《維摩詰經》「卑濕汙泥乃生此華」啟發，主張「不斷 (塵世) 斷 (煩惱)」、「即九法界以成佛」，牟氏覺得後者較契合佛之本懷，天台宗因此較華嚴宗圓 (perfect)。
牟氏看法幾乎成為哲學界定見，但果真不可被挑戰？透過細讀唐君毅對天台、華嚴二宗的詮釋，牟氏觀點未必牢不可破。
先談「緣理斷九」。追源溯始，這其實是宋代山家派代表知禮斥山外派錯解圓教之語。唐君毅說：
圓教之標準，可以說得很多，亦可以說到很少。在很少處說，則依智顗、法藏同有之根本義，只須肯定《華嚴經》所謂「心佛眾生，三無差別」(天台宗之「一念三千」，「十界互具」，華嚴宗之「諸佛與眾生交澈，淨土與穢土融通」，「一攝一切，一切攝一」，皆可為表此「心佛眾生，三無差別」之義理形式。)：即眾生心性而修，即見佛心佛性；此中之修 (各位之修) 與性 (各義之佛性) 間，修因與證果間，無隔別不融之事，便是圓教。(＜談中國佛學中之判教問題＞)
又說：
天台即九界眾生性，以開顯其所具之佛性，會三乘於一乘。華嚴觀九界眾生性，皆如來性之所起，由一乘之本教，以出三乘。會三歸一，如日之還照；一能出三，如日之初照。三原是一，方能歸一；一原函三，方能出三。天台之圓，在即眾生心性，開佛知見，開三乘之權，顯一乘之實；而其本則在《華嚴經》所言：佛眼所見之「心佛眾生，三無差別」。華嚴之圓，則在直契此佛眼所見，以知佛之本懷，必普渡眾生，使與佛無異。而其末，則為《法華經》之開權顯實，使一切眾生畢竟成佛，而還契佛之本懷。故不可以天台之觀即眾生性之妄心，為偏妄而不圓；亦不可以華嚴之觀即佛性之真心，為偏真而不圓；更當知本末之相貫而不可相離；還照之日即初照之日之自行於一圓也。(《中國哲學原論．原道篇．卷三》)
按照唐氏的看法，華嚴宗並非真的主張「緣理斷九」，因《華嚴經》中明言「心佛眾生，三無差別」，佛既不離眾生以成，天台宗之「一念三千」，「十界互具」，跟華嚴宗之「諸佛與眾生交澈，淨土與穢土融通」，「一攝一切，一切攝一」，自然可以會通。
華嚴宗講斷去無明，也不是指「斷掉無明，方顯佛界、法性」，而近於天台宗之「不斷斷」。關於這一點，陳榮灼說得最清楚：
唐先生對「法界緣起」的「辯證性格」之強調，可有助於見出華嚴宗所言之「轉染成淨」義實質上近乎黑格爾的「揚棄」(Aufhebung) 一概念。眾所週知，黑格爾式「揚棄」並非一「簡單的否定」(simple negation)。基本上，「揚棄」同時具有「捨棄」、「保存」與「提升」三義。這是說：華嚴所謂「去妄歸真」實為一包含「捨棄」法之染、「保存」法本身、且「提升」法為淨這三部曲在內的過程。準此，華嚴不但可免於天台所提出之「緣理斷九」的指控，且能修正牟先生將華嚴所言之「法界」只等同於《大乘起信論》中「心真如門」的做法。(＜唐牟二先生對華嚴天台之詮釋的比較＞)
「轉染成淨」即是斷去無明，唐君毅是以黑格爾的「揚棄」概念來理解，「捨棄」法之染即斷煩惱，「保存」法本身即不斷塵世生活，「提升」法為淨與「捨棄」法之染是二而一，按此，華嚴宗未嘗不可消化「不斷斷」。
天台、華嚴之分歧又往往以「性具」、「性起」表出，唐君毅說：
在宋代天台宗之山家山外之爭中，則山家堅持以性具為圓教之標準。實則智顗初於此無明說。蓋由《華嚴經》有性起品，湛然乃標出性具，山家知禮乃謂『只一具字，彌顯今宗』。」(＜談中國佛學中之判教問題＞)
唐氏認為，智者大師從未把「性具」、「性起」看成是對立，一面倒反對「性起」。相反，「性具」、「性起」各有成立的理由。他說：
依工夫論，必說一真心之橫觀無明，而縱破無明，與無明即而不即，或說此「即」即「不即」者，方為圓滿教。如生命在病中，遍生命即病，然生活必求去病，而不即病，方成其生命之圓滿……此境即山家所依止之一念無明法性心，為人緣之以起工夫者。此是一層面之說。但如在山外，則可說工夫乃起於「今始覺知」之覺知，此正無異真心之一念靈知，而此靈知，則只能說為破「昏沉」之無明，能起無盡之「慈」、「悲」，以更破無盡之無明之「法性之明」，而只與無明相即之無明法性心，縱無盡的現起，亦只是待此中之「法性之明」廻轉於其中，而有之無盡工夫，加以超化之妄心而已。此又是一層面之說。此二層面之說，重點不同，自為二說。必分其層面，乃互不相妨……而知其俱有所是，而加以融通。然此皆屬進一步之問題。而無論人於此一念無明法性心為依持，或以真心之一念靈知為依持，只在其修道工夫與此所依持者之體性，能相即相融處說，亦皆可同為圓教也。(＜談中國佛學中之判教問題＞)
陳榮灼更推進一步：
天台與華嚴所言之「性」其實並不在同一層次……嚴格而言，於天台「佛性」之「性」是指「法性」之「性」，並非一「性體」義。當其強調「佛」與「眾生」之「性」同有染惡，乃在於顯「佛」與「眾生」之「相即」。而其「相即」義便是透過「互具」義來了解。但由於此中所言之「性」並非為一「性體」，所以當其聲稱「性具染淨」時，不能解作性體有染淨。其實此性所具的染淨唯指所具之法門所具的染淨，而這些染淨的法門不外係一性體所起之事。這顯示：必須以華嚴所言之「性起」為基礎，天台所言之「性具」方能成立。即天台所言之「性具染淨」必然預設華嚴所言之「性起唯淨」。準此而言，天台所言之「佛性」只能屬於「第二義」，相對地，華嚴所言之「佛性」方為「第一義」。既然兩者於意義與層次上均有所不同，則天台言「性惡」與華嚴言「性善」便各有成立之分際而可並行不悖。總而言之，依唐先生，天台與華嚴存在一「相奪中之極相順」的關係而可「相反相成」。(＜唐牟二先生對華嚴天台之詮釋的比較＞)
由於「性具」、「性起」各自言之成理，甚至「性具」必須依「性起」才可成立，唐君毅遂以華嚴宗有進於天台宗，說：
(華嚴宗) 不只言性具染淨，且言由淨性以起染起淨，成染成淨，染淨乃皆直接為一性淨之真如心之所起所成。(《中國哲學原論．原性篇》)
不過，他更多是強調二宗不分軒輊，各有各圓。
至於吾人若立於天台華嚴之言之外，以平觀此二圓教之別，則天台之以法華為圓教，乃自其開權顯實，廢權立實說。此個是有權可廢，意在開顯。而華嚴則只說一佛境界之實，而無權可廢，意在直顯。二經不同，而天台華嚴二宗，其立根，亦初不一。此即直依本流出乳教，與由三教之末教會歸於本之醍醐教之不同也。(《中國哲學原論．原道篇．卷三》)
又天台華嚴雖皆言止觀，然天台自是重在止於介爾一念，以成觀；而華嚴則重在觀無礙法界之大緣起，以成止。天台所止之介爾一念，即吾人凡夫無明法性心，以止觀破無明，而開顯法性。而華嚴所之大緣起，則初只佛眼所見一真法界。故吾嘗於原性篇謂天台宗能道中庸而極精微，而華嚴宗則是極高明而致廣大。(《中國哲學原論．原道篇．卷三》)
杜保瑞補充：
天台宗依《法華經》強調三乘一乘，故唐先生說它是開權顯實，廢權立實之教，以筆者的話就是：從主體不淨的狀態中做工夫，以求至清淨境界之學思進路。至於華嚴，則是主體成聖境之後，對全體世界的完全開悟，而全面揭露的學思進路。也可以說，天台之圓是圓於主體無論自何處起手都能臻至圓境而為圓，華嚴之圓是圓於主體與世界的絕對終極真實情境中的圓滿展現之圓。
天台是要談凡夫眾生介爾一念皆入清淨而成佛境，故唐先生即說天台是即吾人凡夫無明法性心，而破無明顯法性。但華嚴是由已成佛之佛存有者，將世界開啟，展現佛法無邊的創造力，故而是極高明而致廣大，相對與天台則是道中庸而盡精微。(兩條見＜對唐君毅華嚴宗詮釋的反思＞)
＜談中國佛學中之判教問題＞刊於 1977 年 11 月《哲學與文化》第四卷第十一期。《中國哲學原論．原道篇》三卷於 1973 年出版。恰好牟宗三《佛性與般若》具體寫作時間是 1969 – 1975 年，1977 年 6 月出版。唐君毅的見解，未嘗不可視作對牟宗三的回應。
一條非常有力的證據來自張曼濤＜唐君毅先生給我最後的兩封信＞：
……他在第一封來信上，就是表示同意我選他的那幾篇文章，並順便談到牟宗三對華嚴與天台分辨的看法，他認為牟先生的《佛性與般若》一書，貶華嚴為別教，奉天台為國教，可能是對華嚴的羨界問題不清而致……
文中收有唐君毅的信件原文，其中提到：
……但最近學生所記，在最近期《哲學與文化》發表之＜中國佛學中之判教問題＞，經我改正，其中後半部份所說者或為世近作《佛性與般若》，竟貶華嚴為別教，皆由此問題原不清而求。此問題應有人進而細論，但我文之提出此問，亦可能有一些意義……
據此，唐君毅固然不認同牟宗三判天台宗較華嚴宗為圓，＜談中國佛學中之判教問題＞亦是針對牟宗三觀點所擲的一枝回馬槍。
然而，以為牟宗三不能回應，亦未免低估其智慧，事實上，牟宗三堅持以天台宗為圓教，還有一根本的原因，《中國哲學十九講》＜分別說與非分別說以及「表達圓教」之模式＞：
由此再進到如來藏自性清淨心的系統，此系統不但對於生滅流轉法能詳細說明，對於清淨法也能清楚地交代，這可以說是很圓滿了。但天台宗仍判其為大乘別教而非圓教，因為如來藏系統仍然是分析的路子，也就是用超越的分解 (transcendental analytic) 說一切法的存在問題。儘管它是超越地分解，但只要用分解的方式說一切法，就不是圓教，因為對於法的存在問題，一用分解的方式說，就是個特定的系統；既是一特定地系統，就有一個系統的限定相。所以不管是阿賴耶系統或如來藏系統，都有其限定相。也正因為既用分解的方式說，又有系統的限定相，所以天台宗批評大乘別教為「曲徑紆回，所因處拙」；既是紆回、笨拙、自然就不是圓教了。
所以，要真正表示圓教，一定要用非分解的方式來說……就《法華經》本身而言，並沒有什麼特殊的內容，經文非常簡單，沒有包含分別說的法……所以天台宗講《法華經》是佛教的大綱，此大綱是就著佛之本懷與開權顯實說的；照現在的辭語，就是屬於第二層序 (second order)，其他分別說的法，則是屬於第一層序 (first order) 或屬於基層 (basic order)……
天台宗將諸大小乘開決以後，即以「一念三千」來說明一切法的存在；「一念三千」不是用分別的方式說，「一念三千」這句話對於法的存在等於沒有說明，但卻表示了法的存在，而不是表示般若，所以天台宗不同於空宗。「一念三千」是開決了界內的小乘教與通教，以及界外之阿賴耶與如來藏系統以後所說的。所以天台宗這句話，與大小乘諸教並不在同一層次上，它是高一層次的說法，它是非分別說，而且對於法的存在等於沒有說明；而低一層次的說法，則是用分別說的方式說一切法之存在……此種圓教，不再是另一交替可能的系統 (alternative system)，它不再有特定的系統相，所以是不可諍辯的。
簡言之，華嚴宗仍是透過語言文字進行分解，從而建立系統，有系統的限定相，故不是圓教。天台宗則用詭譎的遮詮方式消融種種分解，無系統相，故為圓教而升高一層。
這一意義下，言天台宗較華嚴宗圓，仍是講得通的。
