貞觀十三年（己亥，公元六三九年）三月，太宗打算出兵討伐高昌國。
且說高昌王麴文泰多次阻絕西域對唐室的朝貢。其又聯合西突厥，共擊臣服於唐之伊吾。
高昌王麴文泰多遏絕西域朝貢，伊吾先臣西突厥，既而內屬，文泰與西突厥共擊之。（資治通鑑卷一百九十五）
太宗致書譴責高昌，且欲征其大臣阿史那矩商議大事。然而，文泰不遣，其只遣長史麴雍來謝罪。
上下書切責，征其大臣阿史那矩，欲與議事，文泰不遣，遣其長史麴雍來謝罪。（資治通鑑卷一百九十五）
東突厥滅亡後，中土人士在突厥者多奔高昌，太宗下詔要求麴文泰歸還這些中土人士，文泰卻故意蔽匿不遣。
頡利之亡也，中國人在突厥者或奔高昌，詔文泰歸之，文泰蔽匿不遣。（資治通鑑卷一百九十五）
及後高昌和西突厥聯合出兵焉耆，焉耆於是求救於太宗。在得到薛延陀可汗之同意後，太宗於是派民部尚書唐儉、右領軍大將軍執失思力等，率兵和薛延陀聯手，共同圖謀高昌。
又與西突厥共擊破焉耆，焉耆訴之。上遣虞部郎中李道裕往問狀，且謂其使者曰：「高昌數年以來，朝貢脫略，無籓臣禮，所置官號，皆准天朝，築城掘溝，預備攻討。我使者至彼，文泰語之云：『鷹飛於天，雉伏於蒿，貓游於堂，鼠噍於穴，各得其所，豈不能自生邪！』又遣使謂薛延陀云：『既為可汗，則與天子匹敵，何為拜其使者！』事人無禮，又間鄰國，為惡不誅，善何以勸！明年當發兵擊汝。」三月，薛延陀可汗遣使上言：「奴受恩思報，請發所部為軍導以擊高昌。」上遣民部尚書唐儉、右領軍大將軍執失思力繼繒帛賜薛延陀，與謀進取。（資治通鑑卷一百九十五）
太宗雖打算出兵，但直至十一月，太宗仍希望高昌王文泰能悔過，入朝表示歉意。惜乎文泰竟稱疾不至。太宗無奈之下，終在十二月派侯君集、薛萬均等領兵擊高昌。
上猶冀高昌王文泰悔過，復下璽書，示以禍福，征之入朝；文泰竟稱疾不至。十二月，壬申，遣交河行軍大總管、吏部尚書侯君集，副總管兼左屯衛大將軍薛萬均等將兵擊之。（資治通鑑卷一百九十五）
高昌王麴文泰初聞太宗起兵，心中不以為然。及至唐兵臨磧口，其才憂懼而卒。文泰死後，其子智盛繼位。
高昌王文泰聞唐兵起，謂其國人曰：「唐去我七千里，沙磧居其二千里，地無水草，寒風如刀，熱風如燒，安能致大軍乎！往吾入朝，見秦、隴之北，城邑蕭條，非復有隋之比。今來伐我，發兵多則糧運不給；三萬已下，吾力能制之。當以逸待勞，坐收其弊。若頓兵城下，不過二十日，食盡必走，然後從而虜之。何足憂也！」及聞唐兵臨磧口，憂懼不知所為，發疾卒，子智盛立。（資治通鑑卷一百九十五）
侯君集奉太宗之命攻打高昌，行軍至柳谷，適逢文泰刻日將葬，有人敦促侯君集乘機出兵襲擊，為君集拒絕。
軍至柳谷，詗者言文泰刻日將葬，國人咸集於彼，諸將請襲之，侯君集曰：「不可，天子以高昌無禮，故使吾討之，今襲人於墟墓之間，非問罪之師也。」（資治通鑑卷一百九十五）
君集之做法反映出當時之唐軍乃仁義之師，其背後實代表著一種光明的人道精神。在人道意識、仁義之照明下，唐軍終大敗高昌之軍隊，兵臨高昌城下。
於是鼓行而進，至田城，諭之，不下，詰朝攻之，及午而克，虜男女七千餘口。以中郎將辛獠兒為前鋒，夜，趨其都城，高昌逆戰而敗，大軍繼至，抵其城下。（資治通鑑卷一百九十五）
智盛此時已有投降之舉措，但其內心多少仍搖擺不定。其何以搖擺不定呢？關鍵在他仍盼望西突厥之救緩。
智盛致書於君集曰：「得罪於天子者，先王也，天罰所加，身已物故。智盛襲位未幾，惟尚書憐察。」君集報曰：「苟能悔過，當束手軍門。」智盛猶不出。君集命填塹攻之，飛石雨下，城中人皆室處。又為巢車，高十丈，俯瞰城中。有行人及飛石所中，皆唱言之。（資治通鑑卷一百九十五）
事緣初時麴文泰曾與西突厥結盟，約定一旦任一國發生禍患，另一國必須相助。然而，侯君集之大軍至，西突厥乙毗咄陸可汗懼而西走千餘里，其葉護以城降唐。智盛見大勢已去，只好開門出降。
先是，文泰與西突厥可汗相結，約有急相助；可汗遣其葉護屯可汗浮圖城，為文泰聲援。及君集至，可汗懼而西走千餘里，葉護以城降。智盛窮蹙，癸酉，開門出降。君集分兵略地，下其二十二城，戶八千四十六，口一萬七千七百，地東西八百里，南北五百里。（資治通鑑卷一百九十五）
太宗本來想把高昌納為州縣，但魏徵反對。太宗於是在九月以高昌之地為西州，以可汗浮圖城為庭州，各置屬縣，乙卯，又置「安西都護府」於交河城，留兵鎮守。
上欲以高昌為州縣，魏徵諫曰：「陛下初即位，文泰夫婦首來朝，其後稍驕倨，故王誅加之。罪止文泰可矣，宜撫其百姓，存其社稷，復立其子，則威德被於遐荒，四夷皆悅服矣。今若利其土地以為州縣，則常須千餘人鎮守，數年一易，往來死者什有三四，供辦衣資，違離親戚，十年之後，隴右虛耗矣。陛下終不得高昌撮粟尺帛以佐中國，所謂散有用以事無用。臣未見其可。」上不從，九月，以其地為西州，以可汗浮圖城為庭州，各置屬縣，乙卯，置安西都護府於交河城，留兵鎮之。（資治通鑑卷一百九十五）
侯君集俘虜高昌王智盛及其群臣、豪傑返國。經此一役，唐之領土大為擴張，「東極於海，西至焉耆，南盡林邑，北抵大漠，皆為州縣，凡東西九千五百一十里，南北一萬九百一十八里」。
君集虜高昌王智盛及其群臣豪傑而還。於是唐地東極於海，西至焉耆，南盡林邑，北抵大漠，皆為州縣，凡東西九千五百一十里，南北一萬九百一十八里。（資治通鑑卷一百九十五）
在侯君集討伐高昌的時候，其曾和焉耆連兵。高昌城破，焉耆王親自至軍門謁見君集，且向君集說道高昌曾奪其三座城池，君集於是奉太宗之命要求高昌把所掠之焉耆人民盡數歸還。
侯君集之討高昌也，遣使約焉耆與之合勢，焉耆喜，聽命。及高昌破，焉耆王詣軍門謁見君集，且言焉耆三城先為高昌所奪，君集奏並高昌所掠焉耆民悉歸之。（資治通鑑卷一百九十五）
貞觀十四年（庚子，公元六四零年）十二月，侯君集返國，獻俘於觀德殿。
十二月，丁酉，侯君集獻俘於觀德殿。行飲至禮，大酺三日。（資治通鑑卷一百九十五）
和過往的做法一樣，太宗並未殺害高昌王智盛，其反以智盛為左武衛將軍、金城郡公。
尋以智盛為左武衛將軍、金城郡公。（資治通鑑卷一百九十五）
太宗更把高昌樂工納入太常，增九部樂為十部（此見唐文化之兼容並包）。
上得高昌樂工，以付太常，增九部樂為十部。（資治通鑑卷一百九十五）
侯君集因征討高昌有功，地位顯赫，朝中不少大臣意圖巴結之，如趙元楷。
侯君集馬病蚛顙，行軍總管趙元楷親以指沾其膿而嗅之，御史劾奏其諂，左遷括州刺史。（資治通鑑卷一百九十五）
就君集本身之為人言，其亦不如唐初之尉遲敬德、李靖、李世勣，大公而無私。其早在破高昌時，即私自偷取高昌之珍寶。其麾下之將士後來知之，亦相率盜取高昌之財貨、寶物。君集終被有關官員彈劾，下獄。
君集之破高昌也，私取其珍寶；將士知之，競為盜竊，君集不能禁，為有司所劾，詔下君集等獄。（資治通鑑卷一百九十五）
幸得中書侍郎岑文本上疏求情，侯君集才得免一難（然由此我們已可見太宗後期之武將不如前）。
中書侍郎岑文本上疏，以為：「高昌昏迷，陛下命君集等討而克之，不逾旬日，並付大理。雖君集等自掛網羅，恐海內之人疑陛下唯錄其過，而遺其功也。臣聞命將出師，主於克敵，苟能克敵，雖貪可賞；若其敗績，雖廉可誅。是以漢之李廣利、陳湯，晉之王浚，隋之韓擒虎，皆負罪譴，人主以其有功，咸受封賞。由是觀之，將帥之臣，廉慎者寡，貪求者眾。是以黃石公《軍勢》曰：『使智，使勇，使貪，使愚，故智者樂立其功，勇者好行其志，貪者急趨其利，愚者不計其死。』伏願錄其微勞，忘其大過，使君集重升朝列，復備驅馳，雖非清貞之臣，猶得貪愚之將，斯則陛下雖屈法而德彌顯，君集等雖蒙宥而過更彰矣。」上乃釋之。（資治通鑑卷一百九十五）
又有一薛萬均，被告以私通高昌婦女。太宗初欲令高昌婦女與萬鈞在大理院對辯，但經魏徵勸止後，太宗改變心意。
又有告薛萬均私通高昌婦女者，萬均不服，內出高昌婦女付大理，與萬均對辯，魏徵諫曰：「臣聞『君使臣以禮，臣事君以忠。』今遣大將軍與亡國婦女對辯帷箔之私，實則所得者輕，虛則所失者重。昔秦穆飲盜馬之士，楚莊赦絕纓之罪，況陛下道高堯、舜，而曾二君之不逮乎！」上遽釋之。（資治通鑑卷一百九十五）
