欲判別黃道周哲學的型態，當先審視崇禎帝對他說的一句話：
七月己巳，上召先生至平臺，問曰：「朕自經筵，略知學問。無所為而為之，謂天理，有所為而為之，謂人欲。爾疏適當枚卜之後，果無所為乎？」(《明儒學案・諸儒學案下四》)
《崇禎實錄卷十一》有相同話語，要之，崇禎覺得，必須援引「天理 – 人欲」之二分，才可跟黃道周有共同語言，可以溝通。
「天理 – 人欲」的區分，始見於《禮記・樂記》：
人化物也者，滅天理而窮人欲者也。於是有悖逆詐偽之心，有淫泆作亂之事。
北宋理學興起，橫渠說：
上達反天理，下達徇人欲者與！
順性命之理，則得性命之正，滅理窮欲，人偽之招也。(兩條見《正蒙》)
至南宋朱子，正式提出「明天理，滅人欲」：
聖賢千言萬語，只是教人明天理，滅人欲。(《朱子語類卷十二・學六》)
可以說，肯認「天理 – 人欲」區分的人，皆為理學家群體之一員，從崇禎的話，可見黃道周也不例外。
一條旁證是，黃道周用「生生不已」來理解性理，性理以創生為內容：
天地之大德曰生，生是天地之性，亦就理上看來，故曰：「天生蒸民，有物有則，民之秉彞，好是懿德。」不曾以二氣交感者稱性也。(《明儒學案・諸儒學案下四》)
鄭宗義說：
自二程兄弟以來，理學家慣用「理」與「氣」這一對概念來進一步解說生化。這樣，理與氣自然也是不離的。理是創生之理 (實現原理)，氣是陰陽變化；氣化的陽動陰靜而創生萬物正體現了創生之理作用於其中。(＜論明清之際儒學的一元化傾向＞)
黃道周以「天地之大德曰生」、「天生蒸民，有物有則，民之秉彞，好是懿德」講性，正是其為理學家最好之證辭。
不過，理學派系紛紜。程朱主「性即理」，以「居敬窮理」為實踐工夫。象山陽明倡「心即理」，講自識本心、致良知。黃道周究屬何派？且看以下兩條：
千古聖賢學問，只是致知；此知字，只是知止。試問止字的是何物？象山諸家說向空去，從不聞空中有個止宿。考亭諸家說逐物去，從不見即事即物止宿得來。此止字，只是至善，至善說不得物。(《明儒學案・諸儒學案下四》)
問：「紫陽云『知性即窮理之事，窮理便向外去，知性祇從中尋此理』。如何理會？」某云：「紫陽學問得力在此，自濂溪以來，都說性是虛空，人受以生耳。紫陽始於此處討出二五合撰，事事物物，皆從此出。如曉得事事物物，皆稟於天，自然盡得心量，盡得心量，自然性靈無遺。」(《明儒學案・諸儒學案下四》)
從「象山諸家說向空去，從不聞空中有個止宿」，可知黃道周不契陸象山之教而譏其近禪，他既對陸王心學有微言，自然不能是此一陣營之成員。
「考亭諸家說逐物去，從不見即事即物止宿得來」，黃道周對程朱「格物」也有不滿。惟這個不滿並非原則性的，而是實踐上的、技術層面的 (即非反對「格物」本身，而是反對不恰當地從事「格物」)，格物當以窮理止於至善為依歸，不應膠著、拘執於每事每物。「紫陽學問得力在此」更見黃道周承認朱子的學問修養。他篤信程朱，為明末程朱理學的殿軍，據此已可確定。
《明儒學案・諸儒學案下四》：
a. 問：「天之有氣數，亦猶人之有氣質，性無所麗，麗於氣質，命無可見，見於氣數。故言氣質，而心性即在其中，言氣數而天命即在其中。不可分天命為理，氣數為數，猶不可分性為理，氣質為質也。」某云：「說合一處，何嘗不合？說精微處，自然要條段分明……」
b. 有物難格，有知難至，物理未窮，性知難致……
c. 吾人本來是本精微而來，不是本混沌而來。如本混沌而來，只是一塊血肉，豈有聰明官竅？如本精微而來，任是死去生還，也要窮理讀書。夫子自家說「發憤忘食，樂以忘憂」，又說「不知老之將至」，一語下頭，有此三轉，如是為人，自然要盡人道，如是好學，自然要盡學理。孟子「盡其心」者，只是此心難盡，每事只領三分，知不到好，好不到樂，雖有十分意量，亦只是二三分精神。精神不到，滿天明月，亦是襆被身意量。欲窮四處雷霆，自有一天風雨，切勿說雲散家家，春來樹樹也。
d. 所賴聖人居敬存誠，時時看得人即是天，性即是道，所以禮樂文章，節次生來，成個變化昭明。
e. 豪傑處心不學，積漸所成，有此不屑下學一念，直至亂臣賊子，亦做得去。有此專意下學一念，直至天地變化草木蕃，亦做得去……釋、老只是不學，無尊道工夫，便使後來譸張為幻。如當時肯學，踐跡入室，豈得貽害至於今日？
f. 問：「前說萬物一體，未免是籠統說話……」某云：「賢說極好……」
g. 就形色看出天性，是聖人盡性之妙。看天下山川草木，飛潛動植，無一不與吾身相似，此從窮理格物來。
h. 上又問，對曰：「立朝之才，存乎心術……」
由 a，可見黃道周相信「性即理」。理要起作用不能離開氣，故理氣不離，但「說精微處，自然要條段分明」，然則理氣的區分仍是有需要，理氣不雜。理氣不離不雜，正是朱子理氣論要旨。
據 b，可知黃道周重視「格物」，以此為手段「窮理」「致知」，所謂「致知」，不是陽明彰顯內在固有的良知的意思，而是從萬物之理中見出一己之性。
c 反映黃道周看重讀書窮理，視之為人獨有的長處。以「學理」作為孔子思想的核心，把學和孟子「盡其心」連在一起，其心必為一虛明靈覺的認知心靈，盡心只是要盡此認知心之量。
e 批評釋老不講究學，突顯出學 (格物窮理以致其知) 是成德必須工夫。學以外還要「居敬存誠」，見 d，這完全同於朱子「涵養、窮索，二者不可廢一，如車兩輪，如鳥兩翼」(《朱子語類卷九・學三》)
朱子不喜明道「仁者渾然與物同體」，批評「如明道這般說話極好，只是說得太廣，學者難入」(《朱子語類卷六十・孟子十》)，黃道周亦不喜說「萬物一體」，見 f。勉強言之，「萬物一體」只能是格物窮理至乎其極的結果，見 g。
至於 h，跟朱子「天下之務莫大於恤民，而恤民之本，在人君正心術以立紀綱」(《宋史・道學傳》) 有異曲同工之妙。
黃道周弟子洪思曾說：
黃子學善朱子，素不喜文成良知之說者。(轉引自容肇祖《明代思想史》)
清道光五年 (1825 年) 二月十六日，清廷擬將黃道周從祀孔廟，禮部奏云：
《榕壇問業》一書考古證今，探微抉奧，發端以格物致知為第一要義。蓋宗周以誠意為主而歸功於慎獨，能闡王守仁之緒言，而救其流弊；道周以致知為宗而止宿於至善，確守朱熹之道脈，而獨溯宗傳……至其 (黃道周) 生平講學浙閩，以格致為宗，而歸宿於至善。與劉宗周之以誠意為宗，而歸本於慎獨，學術洵為相等」(《黃道周集》)
按此，清代官方已將黃道周的學問定調為朱子學的延續。
近人鄭晨寅說：「黃道周一般被認為是理學家、朱子學者」(《黃道周與朱子學》)，莊丹說：「黃道周學宗朱熹及其考亭學派」(＜黃道周、朱熹史學思想異同論＞)，這些講法基本上沿襲前人舊說，都有根據。值得留意是陳來以下一段話：
從為學的立場上說，黃道周與王學不同，特別重視「學問」，他認為「知性知天」必由學問，「致知」不是自我冥想，「致知只是學耳」。他針對王門後學指出，當時世人「皆尊自然而下窮理」是不對的，聖人之學必須從好學中來，從多聞多識中來。他還強調「格物從克己處入手」，在這些問題上他的觀點更多與朱子學相近。(＜黃道周的生平與思想＞，收《中國近世思想史研究》)
《明史・黃道周傳》：
道周以文章風節高天下，嚴冷方剛，不諧流俗。公卿多畏而忌之……體仁已罷，張至發當國，擯道周不與。其同官項煜、楊廷麟不平，上疏推讓道周。
「嚴冷方剛，不諧流俗」正是「整齊嚴肅」，為「敬」的表現。又楊廷麟「與黃道周善」，喜常與東林黨人往來的盧象昇，黃道周的學問雖非出自東林，亦與陽明心學有分歧，卻在政治上和東林黨人聲應氣求，和而不同。
南宋朱熹、葉適在學理上有分歧 (朱子重義輕利，葉適卻說「既無功利，則道義者乃無用之虛語」)，慶元黨禁時，葉適卻為朱熹辯護而受到彈劾。學術思想可以不同，政治大方向上卻互相應和、彼此支持，竊以為是宋明儒者一大特色。
