前言
今天的香港中文大學究竟還有沒有新亞精神？從新亞書院通識的課程大綱看，好像有。中大歷任校長亦常將弘揚中華文化放在口邊。然而，仔細審視新亞書院併入中文大學歷史，新亞精神實一步步萎縮，終至灰飛煙滅。
張駿謙的評語尤其值得注意：
唐君毅辭職後，與牟宗三和徐復觀等人在新亞原地重新恢復新亞研究所。晚年之作，從容為之，已不及當年之新亞書院。創辦人發展之精神從此已不復存在於新亞書院，只寄望新亞文商書院能繼承之！(＜新亞書院創立之經過 – 回憶創辦人創校之理想＞)
本文蒐集不同材料，嘗試從歷史發展的角度，證成新亞精神不在新亞書院，不在中文大學。「掛羊頭賣狗肉」、「新亞精神已死」等指控，某種意義上是成立的。
忍痛併入中文大學，新亞精神萎靡不振
1963 年 10 月 17 日，新亞書院與崇基學院、聯合書院合併為香港中文大學。當時大部份新亞校董對合併表示反對，部份學生亦與校董們站在同一陣線。他們覺得，一旦合併，新亞獨有的辦學精神將會消失，為此憂心忡忡。
據新亞校友講，當初港府建議新亞併入中文大學，大部分新亞校董表示反對，反對最力的是董事長趙冰，新亞入中大後，趙冰再沒有出現在新亞。事實上雖大部分同學想參加，但也有少數「頑固」的學生反對，理由同大部分校董一樣，怕新亞獨有的辦學精神從此消失。後來在錢穆和唐君毅主張下，新亞併入中大，他們的理由是為了學生有更好的出路。(＜桂林街的新亞書院＞，見 2006 年 10 月 7 日《明報周刊》封面故事)
錢穆、唐君毅同意合併，主要是為師生的就業前景打算。張駿謙指出：
加入中大，新亞內部頗有爭議，一般教授認為參加中大可以提高學院待遇，經費來源得保障，畢業生可獲政府認可，找工作也會容易。不過參加中大後，當局必控制權力，使新亞原來的人文主義教育理想不易維持。眾師基於考慮學生出路前途，毅然決定加入中大。(＜新亞書院創立之經過 – 回憶創辦人創校之理想＞)
牟宗三的弟子、著名哲學學者蔡仁厚因此形容唐君毅是「忍痛參加」。
事實上，答應合併後，唐君毅始終堅持聯合制，行政與教學獨立，三間書院各自獨立運作，以維持各書院特有的精神面貌。奈何聯合書院董事為香港紳士，即高等華人，多聽命港府。崇基書院又志在傳教，對傳揚中華文化無擇善固執的態度。結果合併未幾，校政會議一律使用英文，此實為新亞精神消亡的開端 (參考＜桂林街的新亞書院＞)。
蔡仁厚認為，錢穆 1964 年 1 月 20 日辭去新亞書院校長一職，是跟校方不重視中文有關。《師友雜憶》記載：
新校長既來，召崇基、聯合、新亞三院院長每週開一聯席會議，遇有異見，舉手多數即通過。余與富爾敦、毛勤以前彼此討論商榷之情形，今則渺不可得矣。
《史學家誌》第十一期介紹錢穆與新亞書院的關係，引述錢穆交代辭職理由：
惟新亞自受香港政府津貼以來，內部種種措施，不免多受牽制，漸失自由。 新亞本係一所由理想而創始之學校。……經濟不斷增加，理想則不斷壓抑。 循此以往，此項理想，恐不免於由窒息而變質而終至於消散。穆為此深抱不安，因於前一年中文大學成立，即求辭去新亞校長職務，以表示個人力不如志之苦衷。……乃不期此一年來，情勢更非，不得不臨時再申辭意。
儘管錢穆辭職亦可能和新亞內部的人事糾紛有關 (見《余英時談話錄》)，要之，書院理想和獨立自主無法維持，當為其心生去意的最大因由。
《史學家誌》第十一期有以下文字：
首先，香港政府插手干預錢穆聘請吳俊升為學校副校長和新亞以雙十節為校慶的兩件事情，引起錢穆不滿，因為他十分崇尚自由講學精神。此外，中文大學校長李卓敏自行決定院系教授的聘任，並且迴避與錢穆討論中文大學的辦學宗旨，李卓敏這些表現使錢穆感到憤慨。要知道錢穆性格是寧願一無所有，絕對不會委曲求全。例如抗戰期間，國民政府勒令錢穆修改其《國史大綱》的部分內容，錢穆斷然拒絕……由於香港政府干預錢穆辦學，加上中文大學高層不尊重錢穆，兼且錢穆的不甘改變自己以迎合他人的性格，結果錢穆決意離去，而錢穆領導新亞書院的時代亦由此告終。
由此可見錢穆面對阻力之大。
錢穆的離開，標誌著「在建制內發展新亞精神」的開始，但也有校友 (如黃祖植) 坦率承認「新亞精神，最光輝是最初十年，現在已經沒有了」、「因為多了錢呀……」
新亞書院步向死亡，唐君毅獨力挽狂瀾
1964 年 8 月 1 日，徐復觀以「悼念新亞書院」為題撰文，發表於《民主評論》第十五卷第十五期。文中提到：
香港中文大學的成立，可能不是新亞書院的發展，而實際是新亞書院的沒落；錢穆先生的辭職，正是此一沒落的象徵。新亞書院之所以為新亞書院，有它創立時的一段精神。這一段精神沒落了，新亞書院實質上便等於不存在了。
新亞書院，是民國三十八年，由錢穆、唐君毅、張丕介三位先生所共同創造出來的……不是唐君毅先生的理想主義，不是張丕介先生的頑強精神，和錢先生互相結合在一起，便沒有新亞書院。更重要地是，當錢、唐兩先生避難到香港的時候，並不是為了吃飯來辦學校，而是他兩位先生有一個講學的理想；有一個對中國現局，從文化上加以反省的自覺；有一個要使中國文化從三百年來的冤屈中獲得它正常地位的悲願；才能有新亞書院的出現。
沒落的決定因素，是環境好轉，規模擴大以後，參加此一書院工作的人一天多一天，大家現實生活上的要求，掩沒、乃至衝垮了原來創校的理想……新亞書院的先生們，學養有素，當然不致如此。但因新進的人多，而原有的理想，一天一天的沖淡下去，以致大家根本忘記了此一理想，甚至仇視尙保有此種理想的人，則恐怕是事實。
原來中國文化的精神，是對於一件有意義的事情，出了錢，並不一定要求其因此而屬於自己。西方的文化精神，則似乎是，出了錢，便必定要屬於自己……今日的中文大學若不承認新亞書院當年創辦的精神，則永遠也只能成為香港大學的亞流……新亞書院的創辦精神，乃是有自覺的中國智識分子的堂堂正正地共同精神。
徐復觀與唐君毅、牟宗三同為當代新儒家第二代人物。他的看法，足以代表唐、牟等人的立場。
用上「悼念」，可知唐君毅等視新亞併入中大為新亞步向死亡。
若師生們抱持創校理想，堅毅奮鬥，進行「道德的抗戰」，新亞精神未嘗不可被恢復。無奈新加入書院的人只看到「現實生活上的要求」，對創校理想視而不見，甚至仇視，隨著這批人數量逐漸增多，新亞精神基本上再無復活的餘地，故需「悼念」。
誠然，新亞內部人事複雜，錢、唐、張三位先生不咬弦，徐復觀亦不否認：
新亞精神的沒落，並非一朝一夕之故。其沒落的開始，可能因為環境開始好轉以後，錢先生因平生精神上受了不少委曲，至此而漸想得一報償；於是在有意無意之中，對人與事的安排，多少採取了個人的便宜主義。其中最不幸的，是共患難的三位先生在感情上卻隨環境之好轉而反日見疏遠。(＜悼念新亞書院＞)
可是，這只令本來嚴峻的局面更添幾分艱難。在此困厄中默默奮鬥，終致獻上生命者，惟唐君毅。
牟宗三曾說：「生我者父母，教我者熊師，知我者君毅兄也。」(《五十自述》) 對於唐君毅為新亞書院鞠躬盡瘁，牟氏頗替老友感到婉惜。在＜哀悼唐君毅先生＞中，他說：
而唐先生則參與校政，盡瘁於新亞。其初新亞參加中文大學，不免需要一番改制，在此過渡期，動輒以港大為准，受港大之指導，受盡洋人之氣，唐先生當時告余曰：直可謂受洋罪。既參加已，中文大學正式成立，唐先生復為維護聯合制，保持新亞教學與行政之獨立，日日與一般所謂假洋鬼子相抗衡，直至聯合制被廢，新亞被吞沒 (其他兩院校亦然)，新亞董事會全體辭職，而後止。唐先生對於新亞感情特深。近十幾年來，其生命幾全部耗費於新亞。而新亞之作始以及其後來之發展本駁雜不純；人事、口舌、是非、恩怨，又極多。唐先生身處其中直如處煉獄，其心身之受傷可想而知。
要準確了解牟宗三的言論，有必要和徐復觀的文章合讀。
正因為香港政府用西方人的思維，「出了錢，便必定要屬於自己」，致使中文大學成立，處處以香港大學為標準，「受港大之指導，受盡洋人之氣」。自主喪失，故唐君毅說「受洋罪」。
又李卓敏、聯合書院諸君在外國留學，反過來用高等華人身份替港府服務，欺壓堅持中華文化理想的新亞同寅，謂之「洋鬼子」。本來對新亞無感，瀟灑離職，如錢穆般，問題不大。可惜唐君毅對新亞有深厚感情，遂令其飽受折騰。
外有「洋鬼子」引狼入室，內有新進的唯利是圖者挖牆腳，新亞精神卒之斷送，唐君毅也為挽救書院精神於不墮，付出了沉重代價。
誤中港府陰謀詭計，新亞書院名存實亡
《史學家誌》第十一期：
繼香港大學後，政府再興辦一所新大學，實在受到社會、經濟和政治三方面因素的刺激。社會方面，1949 年內地政局變天後，在香港接受中文教育的青年人，大部分未能前往中國內地升學，接受高等教育，但是香港大學的收生名額有限，不少青年只好選擇出外求學，導致香港人材流失問題嚴重，不利香港社會成長。經濟方面，由於香港工商業持續發展，工商界對高質素人材極度渴求，要求政府興辦新大學，提供高級人材的呼聲越來越大。政治方面，1956 年 10 月國民黨和共產黨成員為升旗問題而發動暴亂，促使港英政府擴展大專教育，以緩和緊張的政治氣氛。
據此，港府成立中文大學，背後實有配合經濟發展，穩定政治形勢的考慮。其要從各方面介入校政，勢所難免。
對唐君毅而言，中文大學用殖民地行政方式壓迫新亞精神，消滅書院文化理想，這事絕對不能坐視不理。他決定邀請自己的學生、新亞首屆畢業生余英時回新亞，擔任院長，盼能爭取到新亞教育理想的保持，時為 1970 年，唐六十一歲 (彭國翔＜唐君毅與余英時的交往 (上)＞)。
余英時 1950 年入讀新亞書院，師從錢穆研治歷史，1952 年畢業，為新亞第一屆畢業生。畢業後留學美國，在哈佛大學師從楊聯陞，受西方學術訓練並取得歷史學博士學位。1970 年 8 月，唐君毅訪美，二人在哈佛見面。當時余為哈佛正教授，唐希望余接班，在中大這一新的格局中接掌新亞，1971 年余以訪問形式回到新亞，唐君毅等新亞元老正式向余英時提出接任新亞院長的邀請。
梁燕城＜從余英時談那年代的儒學老師們＞：
由於中文大學用殖民地行政方式壓迫新亞精神，漸消滅其中國儒家文化理想，唐君毅及新亞諸賢請余英時到新亞當校長，盼他能爭取到新亞的教育理想，可惜余英時沒有力保新亞精神，因他並不完全追隨新儒學道德理想主義的方向，較重知性價值，做事跟從行政程式。唐君毅老師為此頗為不滿，也因殖民地教育吞併新亞的中國文化價值，十分悲痛，完成其巨著《生命存在與心靈境界》後，患病仙逝……我也多次聽余英時演講和宣讀論文，他學養高深，考証精密，是一流大學者。但稍缺錢穆和唐君毅那愛護中國民族文化的情懷和氣派……
據此可知余英時的價值觀和處事方式，跟唐君毅所預期存有落差。
彭國翔＜唐君毅與余英時的交往 (下)＞：
就改制一事來說，在余英時看來，既要新亞作為中大的組成部分得到港英政府的全額資助，又要新亞完全獨立運作，不受中大校方的管束，這是無法實現的。對此，余英時回憶說：「唐君毅先生也不是自私。他有一個理想，跟自己的意志是連在一起的。所以，他不能受殖民地政府的支配，要儘量完全獨立：政府最好給錢，我怎麼辦這個學校完全是我的責任。這個是做不到的。」(《談話錄》，頁50)
＜香港新亞研究所：甚矣，吾衰也＞：
2003 年 6 月，嶺南大學歷史系助理教授周愛靈曾赴美國訪問過余英時，余英時回答說，他相信行政精簡化能讓新亞有更多的資源，在書院與社區整體中推廣中華文化教育。
「對他來說，最重要的，是發展更多的資源能力去傳揚中國知識文化研究，而不是去保存任何特別的教育形式。」周愛靈說，這也導致了新亞董事會與新一代領導者對書院傳統的意見分歧。
扼要言之，有別於唐君毅的道德理想主義，余英時傾向從現實角度出發，在有限的條件下，為新亞謀取發展和自主。發展需要資源和金錢，與港府的關係因此不能太差。彼此尋求共識，在港府許可的體制下弘揚中國文化，此乃余英時的目標。故此，他在1974 年的改制風波中採取了一個較為客觀中立的態度，迥異於新亞元老的堅決反對。
關於改制風波始末，可參考下列材料：
(1) 余英時＜悼念老友劉述先兄＞
1974 年初迫於香港政府的巨大壓力，中文大學成立了一個體制改革的「工作小組」，即將原來三院各自獨立的體制改為行政集中於大學本部的體制。更不巧的是在 1973 – 75 兩年，大學副校長恰好輪到新亞的院長擔任，於是「工作小組主席」的任務便自然而然的落到了我的頭上。在每週開會一次的一年多時間內，「工作小組」同仁們雖儘量想尋求一種方案，可以使三間學院的獨立性保持到最高限度，但最後仍以失敗告終。新亞的元老和董事會反對最為強烈，作為改制小組領導人，我甚至已受到了「背叛母校」的控訴。
(2) 李懷宇《余英時訪問記》
我在新亞改制出問題時，徐復觀是很支持我的。他特別打電話告訴我：他們在背後算計你了，你要小心了。唐先生在背後找學生來算計你了。後來我告訴唐先生，唐先生問：誰說的？我說消息來源我不能告訴你。徐復觀叫我不能辭職，一辭職就上當了。其實我是想辭職的，但是一時也走不掉。後來事情過了。我繼續做到年底完了就走了，因為那時只剩幾個月了，我的契約是香港中文大學的契約，新亞董事會也不好意思讓我走。總而言之，香港中文大學改革的事情上，徐復觀瞭解得比較客觀。他認為他們把我當敵人看待是不公平的。他也知道我想給新亞維持一個獨立的地位，但是跟他們的想法不一樣，這中間有誤會。他對我有同情。他是新亞研究所的研究員，跟唐先生在一塊，知道唐先生背後找學生貼我的大字報。
(3) 彭國翔＜唐君毅與余英時的交往 (下)＞
這段話雖然是說徐復觀的，卻也透露了當時改制風波的情況。這裡恐怕確有誤會，因為據唐君毅的學生回憶，貼大字報攻擊余英時，多是他們情緒激動之下的自發行為，並非唐君毅的授意；相反，唐君毅還特別叮囑他們要對作為師輩的余英時表示尊重。例如，劉國強曾說：「改制的時候，學生中，我是寫多篇反對文章的一位，但沒有一篇是君毅師要我寫的，並不像一些人以為的是君毅師在鼓動學生。」 劉伍華則說：「唐師雖因中大改制之事而跟某些人士意見不合，但他從來未有就私人方面攻擊這些人；反之，他曾對我說：『這些人在中大仍算是你的老師，在事上可以據理跟他們力爭，但就輩分及關係上仍當對他們尊敬。』」 但無論如何，當時彼此之間的誤會還是產生了。所以晚年余英時在談話時說：「我在香港中文大學兩年，主要壓力是來自新亞老人，因為老人覺得他們的方式是最好的方式。最好不要動了。」(《談話錄》，頁 55)
事實上，余英時領導的改制小組制定的方案，還是盡可能為新亞爭取較大的自主權。所以最後港英政府也沒有採納改制小組提供的方案，而是另起爐灶，最終以立法的方式確立了完全單一制的組織結構，從此書院僅具有分配學生宿舍等生活方面的職能，無論在人事、財務乃至教學方面的權力，都被大學校方拿走了。
(4) 周言＜余英時與中大改制風波＞
當時改制小組最重要的人是余英時、邢慕寰和馬臨，金耀基、傅元國、陳方正屬於「跑在前面的年輕人」，中大後來的所有格局，就是這次改制定下來的，當時改制報告完成之後，由李卓敏校長轉給香港政府，政府立刻委任了一個新的委員會，負責人就是富爾敦勳爵，對於中大的制度以後究竟應該怎樣，委員會給出了一個和改制小組完全不同的建議，香港政府立即接受並且付諸實施，香港中大現在的單一制就是這麼來的。
一言以蔽之，港府透過「假諮詢」，讓中大校方成立「改革小組」，致使年青領導層和元老們互相批鬥、攻擊，港府則從中漁人得利，換取時間制訂集權中央的中央化方案。當「改革小組」按照程序提交建議，豈料港府另起爐灶，成立另一委員會通過港府樂見的方案。「改革小組」被利用，如夢初醒，卻已太遲，新亞的獨立自主斷送了，余英時亦賠上和唐君毅的師生關係，令唐大失所望。
周言提到改制後，
唐君毅依然對此耿耿於懷，他在寫給《中大學生報》的信中認為，中大改制之事，許多人皆「不識廬山真面目，只緣身在此山中」，而只在改制之進程中當了過渡的工具，唐君毅同時指出，中大改制之事，已成過去。但此事之「是非」，並未過去，無論如何說，香港政府先以聯合制度之名義，邀約新亞、崇基參加中文大學之創辦，而終於背信食言，改為實際上之統一制， 「是犯了道德上的罪過」，「此背信食言，則應留交歷史作為見證」。(＜余英時與中大改制風波＞)
牟宗三在《五十自述》中早已說過：
心思不可全落於現實，否則雖爭民主，而結果是罪人，民主亦不可得。
受西方教育、篤信自由主義的余英時，抵擋不住港府的陰謀詭計，新亞書院死矣！1974 年 9 月 5 日，唐君毅、牟宗三退休，一年後港府強行統一三個書院，1976 年 12 月 24 日，《香港中文大學法案》在立法局會議上獲得通過，新亞書院 9 位董事會成員 (唐君毅、李祖法、錢穆、沈亦珍、吳俊升、徐季良、劉漢棟、任國榮、郭正達) 一致認為改制嚴重損害大學主權及書院之教育優點，決定集體辭職以示抗議。聲明有言：
聯合制終於被棄，改為單一集權制……同人等過去慘淡經營新亞書院以及參加創設與發展中文大學所抱之教育理想無法實現……是非功罪，並以訴諸香港之社會良知與將來之歷史評判。
讀後教人心酸。
新亞研究所苦撐待變，馬料水書院附共獻媚
1975 年 6 月以後，余英時決定回哈佛大學任教。唐君毅等專注於新亞研究所所務。新亞研究所獨立於中文大學，學位由台灣教育部頒發，受台灣教育部津貼。研究所的讀書氣氛，據楊永漢回憶：
記得上劉伍華先生的邏輯課，很動聽，但他抽煙的速度似乎比教書還要快。有一次，就為著一句詞語的表達內容的概涵性，竟與盧雪琨學長「對罵」起來，場面很尷尬。
牟 (宗三) 老師很喜歡下圍棋，當時研究所是二十四小時開放的。有一次我正在看書。牟老師晚上八時許步進研究室，問我懂不懂圍棋。我說不懂。老師說：「讓我教你！」
最吸引是逯耀東老師……老師很喜歡喝酒，聽了很多他的喝酒軼事。(＜問學之途——憶新亞研究所師友＞)
師生之間互相切磋交流，無分課堂內外，彼此實有著極深厚的情誼。
1989 年六四屠城前夕，研究所師生亦有參與遊行示威，官德祥回憶：
一九八九一場發生在北京的學生運動正蘊釀著，遠在香港的同胞前仆後繼的去聲援學生。記得一天，研究所同學大都義憤填膺，手握林燊祿學長用隸書寫的抗議橫額，浩浩蕩蕩，遊行到灣仔。 (＜我印象中的嚴耕望教授＞)
「士以天下為己任」的精神，在新亞研究所得以保存，此亦是錢穆、唐君毅當初南來創辦新亞書院的初心，不願對共產中國助紂為虐。
比觀之下，中大改制後，新亞書院由金耀基出任院長。金耀基是「改制小組」成員，曾在台灣讀書，1964 年赴美留學，1967 年在匹茲堡大學完成博士學位，加入匹大社會學系。1969 年，李卓敏獲匹大頒授榮譽博士，認識金耀基，1970 年邀請他加入新亞社會學系。換言之，他是李卓敏延攬至中文大學。
對於中大改制，金耀基的看法是：
無可諱言，改革小組的工作是失敗了，余英時個人更受到極大的誤解與委屈。但我必須指出，改革小組的重要建議，後來為第二個《富爾頓報告書》所接受，實行以來，中文大學近四十年中取得了巨大發展。改革小組解散之時，我並無灰心，只對古人「理未易明」的道理深有體會了。(＜有緣有幸同半世 – 追念一代史學大家余英時大兄＞)
不認為改制有任何負面影響。
另一「改制小組」成員劉述先，在中研院接受朱元魁訪談時提到：
所以新亞碩士的學位，是台灣承認的，香港根本不承認。這個學位只有主觀的意義，沒有客觀的意義，你說他差，他差不到哪裡去，因為指導他們的是唐、牟這樣的大師；可是你說好，它好不到哪裡去，因為他收不到好的學生，香港人不會願意進入這個不能立案的學位。
所以就變成這樣一個情況，那在這情況下，到了唐、牟過世後，余英時說得很清楚，站在學術與培養年輕人的立場，留著新亞研究所沒有甚麼意義，只是因為有歷史的淵源、因為蔣經國先生一路支持唐先生的作為，才能持續下去。所以這個東西到現在為止只是苟延殘喘，不可能有甚麼作為……但是最大的問題，就是我跟唐先生中間互相的誤解與衝突，就是唐先生要把新亞書院在中文大學內部做為反共的壁壘，我不能接受這樣的看法，所以我們有分歧。
既對新亞研究所的地位感不屑，亦無法同情地理解新亞先賢以中華文化抗共的遠大理想。劉是余英時的老友，1949 年因國共內戰隨國府遷台，後於美國南伊利諾大學讀書，1981 年應聘出任中大哲學系講座教授兼系主任，迄 1999 年榮休為止。其自稱「我並不是做中國哲學，我是做世界哲學」。
陳方正亦屬「改制小組」，余英時逝世，他撰文悼念，說：
進入二十一世紀之後，中國經濟起飛，濅濅然成為世界第二大經濟體，人民生活大幅改善，科技經貿的發展也逼近西方世界，使得國人和海外華人倍感自豪；而與此同時，英美兩國的政治生態不變，美國的兩黨對壘更令國家嚴重撕裂，因此他們的學者和評論家都開始為「自由民主體制」(liberal democratic order) 本身的深層缺陷而擔憂。然而，這些變化似乎也都沒有觸動英時兄的批判世界，沒有能夠使他重新估量和分析自己歷來對於自由主義和當代中國的判斷。我不曾仔細閱讀他就 2010 年代台灣和香港許多風起雲湧的群眾運動在報章、雜誌上發表的談話、議論，但他的言論備受關注，傳播極廣，我從中所得到的粗略印象是，他的中國觀、世界觀即使在內心深處有微妙變化，也從來不曾影響他的立場，或者形諸文字。統而言之，他的西方普世價值觀或曰自由主義信仰非常堅定，是不可能為現實政治發展所動搖的。的確，沒有如此堅定的，近乎宗教般的信仰作為支撐，實難以想像他的當代中國批判世界如何能夠屹立數十年不變。 (＜論余英時的兩個世界＞)
言下之意，對余英時一生反共不敢苟同，其為一徹頭徹尾的見風轉舵的現實主義者。陳 1958 年曾赴美留學，1966 年任教於中文大學物理系，1986 年任中國文化研究所所長，2002 年退休。
馬臨也是「改制小組」一分子，曾赴英國深造，1978 年在余英時力薦下出任中文大學第二任校長，接替李卓敏。1982 年 5 月訪北京，獲鄧小平接見，香港回歸前獲委任為基本法起草委員會委員，亦是委員會轄下教科文小組及區旗、區徽小組召集人，以及全國人民政治協商會議第九屆委員。
王邦華在＜含糊曖昧的中大理念、朝三暮四的大學體制＞中有一段精闢的分析，他說：
在政府和三書院合作組建中大的背後，我們不能忽略雙方其實有巨大的文化差異。舉例說，雖然政府和新亞都同意新大學有弘揚中國文化和成為中西文化橋樑的理想，但雙方對此理想的詮釋卻是大異其趣。政府和李卓敏為首的大學校方深受西方學界影響，認為大學應該以西方學界的方法論研究中國文化，但新亞諸賢多是出身於傳統中國文化的學人，更重視的是以傳統的書院教育去存續中國文化。雙方雖然合作，但卻缺乏深厚的文化共識。中大理想，一開始就是一個空泛含糊、不同勢力各有詮釋的概念。在空泛的教育理念背後，是尖銳的文化衝突。而這個文化衝突最後引致的結果，就是書院改制。
……唐君毅等新亞高層們卻深受中國宋明時代的書院式教育影響，在知識和大學責任上和政府與大學校方都有很大的分歧……唐君毅等人認為把知識和品格的教育割裂，會令教學的人不能因才施教，不理解學生真正的困惑，而書院和學生之間的距離也變得疏遠，令書院鞭長莫及，對培養學生品格無能為力。
……雖然雙方都同意中大有發揚中國文化的理想，但政府和大學校方心目中有關中國文化的教學是科學化、合乎西方學界標準的……新亞一開始就對西方學界的標準抱持一個質疑的態度。他們認為中國文化自有其學術標準，要評核他們的教學質素，就應先對中國文化有深刻的了解，而不應把西方的一套學術標準強加在他們身上。
……余英時當然同意要推廣中國文化，但他認為在新制下書院已經足夠擔當此重任，不必特地在專科課程中傳揚。劉述先也認為新亞不再需要培養反共、繼承中國文化的學生，執掌哲學系時也傾向「無為而治」，不像唐君毅般有意識去在課堂上傳揚中國文化、培養儒家式的君子。因此二人雖然學術淵源和新亞相近，但在教育哲學上的理解卻反而更接近政府和大學校方。
如果我們從這個文化衝突的角度出發，那書院改制一事就不能輕易視作一次「進步」或「退步」。它未必是「進步」，因為新亞精神本身就和「知德合一」的教學模式不可分割，放棄了原本「知德合一」的教學模式，單憑興趣班般的書院通識，毫無疑問不能培養出新亞精神中希望培養出來的理想學生，繼承中國文化的理想傳統。日後新亞精神屢屢被譏為「已死」，亦非無理。
2023 年，中文大學狎玩死人，用 AI 人工智能、全息投影、音配像等技術，將錢穆的影像「重現」，配搭簡體字，寫上「倘使沒有一個共同的理想，不成為一個中國」，向中共獻媚。余英時、劉述先、金耀基等果真非中大之罪人、新亞之罪人？答案不言而喻。
總結
新亞書院本來為一富有理想性的書院，無奈歷經一番曲折，精神蕩然無存，影響所及，遂有校友陳茂波無恥引用新亞校歌「艱險我奮進，困乏我多情。千斤擔子兩肩挑，趁青春，結隊向前行」以示拒絕辭官的決心，新亞院長黃乃正狠批校內學生周竪峰「粗暴惡劣、深感痛心」。
《余英時談話錄》有這麼一段：
在香港中文大學兩年，使我對歷史的看法不是那麼天真。我覺得理論沒有那麼重要了。研究歷史不是光靠理論，要知道人的複雜性。換句話說，對人性的瞭解深入了。人是非常複雜的動物，不能聽他講理想主義的話就真的以為他是理想主義者，從頭到尾沒有現實考慮。……真正懂歷史，要懂得具體的人，具體的事情，具體的結構。光是在書房裡唸書，永遠看不到人性的深處。
有意無意針對唐君毅。余英時對唐的擇善固執 (始終堅持新亞的教育理想，不肯妥協) 有否相應的體會，值得疑問。
在＜我的治學經歷＞，余英時提到：
我儘量想保持三校完整和獨立，最終共同寫了一份報告。但兩面不討好，港府固不肯接受，新亞方面唐君毅師竟誤會我「出賣」母校，在背後鼓動學生寫大字報批我。牟宗三先生也參加這些背後集合。牟先生和我是圍棋之友，平時關係很好……不過事後，我還是理解唐先生確是為了理想而奮鬥。這是一場不幸的誤會。但我對新儒家在理論上陳義高遠，而實踐中卻和常人差不多，不免感到失望。
從「我對新儒家在理論上陳義高遠，而實踐中卻和常人差不多，不免感到失望」，可證《談話錄》「人是非常複雜的動物，不能聽他講理想主義的話就真的以為他是理想主義者，從頭到尾沒有現實考慮」實際是指桑罵槐，針對唐君毅、牟宗三而言。他始終不了解唐、牟當年指責其為「新亞叛徒」、「出賣母校」的根本理由 (主觀不了解是一回事，客觀事實上到底出賣了，這是不能掩蓋的史實)。
牟宗三在＜「五四」與現代化＞談及和余英時的分歧：
但有些人卻並不持此一態度，譬如曾經在新亞擔任過院長，現在執教哈佛大學的余英時先生，他認為中國過去太注重道德，像宋明理學家便是如此，而我們應留意學問的風氣，有時便不能以道德為主，因為今天是一個重智 (重理智的活動) 的時代，學術的風氣和方向比較著重知識。他提出這些意見，我也懂得，他是有所暗指的，他暗指的是什麼呢？他暗指的是唐先生 (去年逝世的唐君毅教授) 等人。由於唐先生和我們幾個朋友，在新亞講學時比較重視中國文化，比較重視德性這一面，但是重視中國文化和德性這一面，並非如余先生所想的那個意思。我們之所以重視德性這一面，是因為惟有如此，學者才能瞭解中國文化的傳統，而這是一個必須瞭解的基本精神。在新亞我和唐先生以及幾個朋友雖然重視這方面，但是也並非專尙德性，而是從對中國文化的反省與瞭解處著眼。余先生對此則可能有所誤解，所以他說現在的學問方向大體是「重智」，要「重智」才比較能夠符合學院、學術研究的精神，不能再講「道德」。我為什麼要提這麼一段呢？這是要說明道德是一個永恆常在的問題，不是個現代化的問題。道德不但現在需要講，而且隨時需要講，儘管以前孔、孟講，宋明理學家更已經多所闡發，可是現在還是需要講，而且講這個也不妨礙現代化，不能說拿那一個來代替那一個，這是不通的。
正是此一側重道德或理智的歧異，余英時 (也包括「改制小組」諸位成員) 擋不住港府刻意的詭詐，先賢創校理想化為烏有，馬料水書院從此只知訓練出一批批符合西方學術標準的專家學者，卻無一人秉持道德良知，敢對極權專制發不平鳴 (部份師生讀先賢著作，追幕其行事作風，受其感染，是另一回事)。師生關係亦不如從前般親近，反益見疏離。
名儒離世，後繼無人，加上香港主權移交中共，台灣政府不再對研究所資助，經費益少，致使新亞研究所舉步維艱。歐盟之父庫登霍夫曾經說過：「所有偉大的歷史事件都是作為烏托邦開始，以現實告終。」新亞精神似乎亦不能例外。
