(A)
明朝始於朱元璋。
朱元璋是什麼人？貧困到入皇覺寺做和尚，後來加入紅巾軍，獲郭子興賞識，妻以養女馬氏，人稱「朱公子」，因此發跡。
這麼一個人，一定知道民間疾苦，所以他打貪很嚴，貪污六十兩以上者，斬首示眾，剝皮裝草，懸於官府，以儆效尤。他對農業也很重視。
惟權力地位得來不易，汲汲於保持是必然的，遂產生猜疑。
加劇朱元璋猜疑個性的人，名叫胡惟庸。胡惟庸是誰？李善長的人，李善長和朱元璋是同鄉，都是濠州人，一同起兵的。起初劉基、楊憲為首的「浙東派」攻擊李、胡「淮西派」，朱元璋極力維護後者，為此殺了楊憲。及至胡謀反，朱元璋明白到，親信兄弟都會有反自己的一天，於是「瓜蔓抄」開始，淮西功臣集團被全面肅清。今人見此，或覺太祖恐怖變態，但中間實有一段心路歷程令他如此的。
「胡惟庸案」、「藍玉案」是明初兩大案。
胡惟庸是宰相，他謀反，朱元璋索性連宰相一職都廢了。宰相自秦以後是和皇帝分權的，是權力制衡的一種，唐太宗忌諱魏徵，就是因為魏徵是宰相。宋真宗不得不親征，也因為寇準是宰相。現在宰相沒了，政歸六部，一律向皇帝負責，君主集權就是自然的結局，壞處當然是累壞了皇帝，工作那麼繁重，儘管未幾設有內閣大學士，但批紅仍由皇帝負責，中晚明宦官代皇帝批紅，某程度是君主集權下，皇帝工作太多了，皇帝受不住，就找宦官代勞，始作俑者其實是朱元璋。
「藍玉案」造成的惡果更大，功臣宿將都沒有了，被整了，剩下能征慣戰的不復幾人。當然朱元璋原本的打算是為太孫朱允炆掃平障礙，好讓他建立文治，祖父當醜人，孫兒享福，他卻料想不到自己的親兒子燕王朱棣會發難。燕王手上有精兵悍將，朱允炆呢？全部被祖父肅清了，只有老將耿炳文、紈絝子弟李景隆。對陣焉能取勝？「靖難之變」以燕王全勝，朱元璋是有一定責任。
吳唅《朱元璋傳》以朱元璋諷蔣介石、毛澤東，蔣、毛二人皆三妻四妾，朱則只有一個馬皇后。蔣重文人、毛對文人也「假客氣」，朱元璋則動輒廷杖，官員上朝，要先和妻子作訣別，擔心自己被打死。三人是否同一個樣相、同一種性格，也不盡然。
朱元璋本以朱標為太子，朱標早死，朱元璋以仁孝的太孫允炆為皇位繼承人，允炆即位，是為建文帝，重用黃子澄、齊泰、方孝孺，也有一番善政，惟靖難事起，建文一朝終不能維持。
(B)
談到燕王，他的根據地是北平，朱元璋本來用他和寧王抵擋、防範塞北的蒙古人。元朝滅亡，實際不是真滅亡，而是向北走，返回大漠草原，元順帝是北走，不是被殺。蒙古人北返後，建立北元政權，藍玉就是對付北元的優秀將才。長期和蒙古人在馬背上打交道，北方又為苦寒地，燕王、寧王軍隊的質素，可想而知。
燕王還有兩個優秀將才：張玉、朱能，以及一名出色的軍師：姚廣孝。這位姚廣孝，又名道衍，雖信佛，卻無所不學，唯獨厭惡兩宋理學。建文帝方面，無將才，也無軍師，齊泰記憶力強，黃子澄好用奇計，方孝孺是理學書生，一經對照，其實不開打，也知道勝負誰屬。
當然，就兵力言，雙方初時是勢均力敵，但隨著時日推移，建文一方損兵折將，加上做錯軍事決定，燕軍有朵顏三衛助陣，擅長於風沙中作戰，繞過山東直撲應天府，此終令燕王得天下，建文帝則失蹤收場。
不過，建文帝雖失國，看谷應泰《明史紀事本末》＜壬午殉難＞一節，願以死殉建文政權、不肯為燕王效忠者，不計其數，可見當時人俱不認燕王新政權為合法，名為靖難，實為竊國。
建文帝失蹤，一個堅實的證據是成祖派三保太監鄭和下西洋。果真建文帝已死，又何需勞師動眾尋其下落？鄭和下西洋推動文化交流、中國人移民海外、開拓海上絲路，乃意外效果，決非下西洋之初衷、本意也。
成祖任內，做了兩件大事。
一是准許閣臣參預機務，以後內閣大學士可把自己的建議用小票墨書，貼於奏疏面上，交皇帝考慮，皇帝一般是許可的，內閣大學士的權力有所提高。
另一是開始信用宦官，以宦官掌東廠。明朝一個和歷朝不同的地方是特務機關林立。朱元璋用錦衣衛，朱棣用東廠，後來更有西廠、內廠的設置。朱元璋深明宦官專權的道理，曾立「內臣不得干預政事，預者斬」鐵牌，但朱棣因在靖難事獲中官告以金陵空虛，其得國後，遂將鐵牌廢除，用宦官掌理特務機構。歷仁宗至宣宗，甚至設「內書堂」教宦官讀書識字，宦官既通文墨，可代皇帝批紅，宦禍由此而生，肇因則為成祖。
仁宣之治是明朝難得的治世，《明史》稱讚：「吏稱其職，政得其平，綱紀修明，倉庾充羨，閭閻樂業。歲不能災。蓋明興至是歷年六十，民氣漸舒，蒸然有治平之象矣。」
宣宗死，英宗朱祁鎮繼位，初期由太皇太后張氏輔政，內閣由三楊 (楊士奇、楊榮、楊溥) 主持，治世得以延續。及至太皇太后卒，三楊年老淡出，英宗親政，寵信宦官王振，終釀成「土木之變」。
(C)
于謙因參與平定漢王朱高煦亂事有功，獲明宣宗器重。英宗繼位，寵信宦官王振，瓦剌 (蒙古的一支) 酋長也先領兵進犯，王振竟慫恿英宗親征。于謙極力勸阻，不果。最後英宗在土木堡被俘，朝廷一時間群龍無首。
面對強鄰壓境，有人主張南遷，于謙反對，疾言厲色說：「言南遷者，可斬也。京師天下根本，一動則大事去矣，獨不見宋南渡事乎！」他要求郕王朱祁鈺發佈檄文將各地軍隊集合到京師，同時積極進行防禦工事，且促請郕王盡快即皇帝位，以安定人心。
也先挾持英宗發動攻擊，以為有利可圖，殊不知節節敗退，未幾索性放還英宗求和。于謙倒是宅心仁厚，覺得「天位已定，寧復有他，顧理當速奉迎耳」，要求迎接英宗南返。所謂「一山不能藏二虎」，于謙忠直寬厚，卒之為他帶來殺身大禍 (南宋高宗當年曾拒絕接兄長欽宗南返，以防其奪取自己帝位。于謙如果明白這段歷史，下場或許會改寫)。
英宗無心復位，但左副都御史徐有貞、將領石亨、宦官曹吉祥等一眾痛恨于謙的人，打算借助復辟，去除政敵靠山，置政敵於死地。終於，乘景帝臥病，曹吉祥等人領兵千餘偷襲紫禁城，撞開南宮宮門，發動「奪門之變」。英宗重新坐上龍椅，景帝不久去世。于謙頓失依靠，遭誣陷謀逆，判處死刑。
于謙盡心為國。據聞他自小就志向遠大，祖父收藏了一幅文天祥畫像，于謙十分欽佩文天祥，把那幅畫像掛在書桌旁，並題上詞，表示要向文天祥學習。《過零丁洋》有「人生自古誰無死，留取丹心照汗青」，《石灰吟》後兩句「粉身碎骨全不怕，要留清白在人間」故意與之相和應。
一代忠臣，慘死收場，歸根究底，帝皇專制實屬關鍵。
當最後的權源在皇帝，官員 (在野為士人，即知識分子) 為求自保或一展抱負，必須得到皇帝首肯支持。一旦皇帝失勢，新人上場，伴隨新皇帝而來的另一官僚集團，必然排擠舊有官員以避免利益被分薄，舊有官員則只能惶惶不可終日矣，哪怕你過去坦誠奉公，為國為民。
民主之所以可貴，在於它能提供一套清晰可循的規章制度，確保現任統治者及其班子安全退下，新統治者及其班子順利上場，減少血腥政變發生的機會。
(D)
明代理學以吳與弼為第一人，陳獻章為與弼弟子，二人對政治的態度竟出奇地一致，與弼選擇遠離官場以保性命，獻章亦「絕意科舉」。
同門胡居仁也「絕意仕進」，魏校、余祐以居仁為師，雖涉足官場，但仍是站在宦官的對立面。宦官背後是皇權，換言之，他們敢於與皇權對抗。
英宗、景帝兩朝，薛瑄活躍於朝廷，與郭璡、李賢站在同一陣線，他們都是：(1) 精研儒門學問 (2) 不忌憚位高權重的宦官。
至孝宗、武宗、世宗朝，湛若水與章楓山、楊文忠、張東白同伙，加上王守仁、呂柟，聯手跟劉瑾對著幹，實際即與皇權相頡抗。
羅欽順與呂柟齊名，被視為「朱學後勁」。有一戚賢，深契於王守仁的良知教，對守仁執弟子禮。他曾推薦王畿、徐樾、呂柟、魏校等，都是理學名家。
理學集團的坐大，終於引起朝中其他官員不安，內閣首輔夏言草制：「偽學小人，黨同妄薦。」跟南宋朱熹、葉適等被視為偽學朋黨並無分別。
歷嚴嵩、高拱至張居正，更毅然毀書院、禁講學，「得君行道」無望，「覺民行道」、辦民間講學也不容易，泰州派何心隱於是高呼「持正義，逐江陵去位，一新時局」，成為反張的急先鋒。
張居正死後，顧憲成、高攀龍重修宋儒楊時 (號龜山先生，二程門下弟子) 主講的東林書院，並在此講學。在東林書院談論國事的人，被稱為東林黨人。顧憲成、鄒元標、趙南星並稱「東林三君」。
神宗年間是如何一種政治狀態呢？簡單講，奸佞動輒陷害忠良，而皇帝對理學名臣的意見並不採納。東林黨大力支持太子朱常洛做皇帝，實則是希望透過更換皇帝，令自己對天下的抱負得以落實。此處「得君得道」的想法仍在起作用。
萬曆九年 (1581 年)，神宗臨幸宮女王氏，王氏誕下皇長子朱常洛。十年 (1582 年)，鄭貴妃得寵。十四年 (1586 年)，誕朱常洵。神宗欲立常洵為太子，卻遭到大臣們反對。十八年 (1590 年)，大臣集體要求冊立常洛為太子。神宗迫於無奈，但已謀求改立。萬曆廿六年 (1598 年)「第一次妖書案」，即呂坤被誣一事，背景正是坊間流傳鄭貴妃意圖換儲。往後又發生「梃擊案」，有一男子張差欲以梃 (木棍) 刺殺朱常洛失敗，鄭貴妃被懷疑是幕後黑手。
常洛卒之繼位，是為光宗。葉向高、孫慎行當時最為強勢。
東林諸君子造王成功的同時，另一批朝廷官員 (代表職業官僚集團) 群起攻擊他們，稱「齊、楚、浙黨人」。向高本來是中立，因替東林黨說好話，竟被目為東林黨人。「齊、楚、浙黨人」後來依附司禮監秉筆太監魏忠賢，成為「閹黨」的骨幹。
朱常洛在位二十九日，就因為服食李可灼的紅丸 (取處女初潮之經血，加上夜半的第一滴露水及烏梅等，煮過七次，變成藥漿，再加上人尿、人乳、硃砂、松脂等藥物炮製而成)，暴斃身亡。東林黨失去靠山。
熹宗朱由校繼位，魏忠賢憑藉跟熹宗乳母客氏的「對食」關係，成為皇帝身邊大紅人。比觀之下，東林諸君子不斷與皇帝過不去，最著者莫過於「移宮案」。
雙方矛盾在天啟四年 (1624 年) 激化，楊漣、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顧大章等「東林六君子」彈劾魏忠賢，熹宗不信，「六君子」反被魏忠賢指控收受熊廷弼 (遼東經略，因未有出兵救援王化貞，令廣寧城失陷。事後，熊因「失陷廣寧罪」被處死，袒護王化貞的魏忠賢乘機誣陷熊賄賂東林黨，迫害東林黨人) 賄賂，全收入詔獄拷打虐殺。
天啟六年 (1626 年)，高攀龍、周順昌、周起元、繆昌期、李應昇、周宗建、黃尊素等「東林七賢」遭魏忠賢誣陷貪污白銀十餘萬兩。高攀龍投水自盡，其餘六人被虐殺於詔獄中。
隨著東林黨被魏忠賢肅清，東林書院也保不住，除了先賢祠堂，全部拆毀。天下書院亦慘遭打擊。
有一劉宗周，同情東林諸君子，不滿魏忠賢所作所為。他曾洞悉崇禎一生㢢病，可惜崇禎不能用他。他最後在順治二年 (1645 年) 絕食殉國。
黃宗羲是劉宗周的弟子。
理學家 (相當於今日的知識分子) 不但無法蕩滌現實政治之污穢，反而被現實政治之污穢輾斃，不得善終。這是宋、明兩朝歷史的共性，也是中國歷史可悲可哀的一頁。
(E)
神宗萬曆九年 (1581 年)，張居正下令清查地主豪強隱瞞的田地數目，並推行「一條鞭法」。
明太祖鑑於元末大亂，戶籍散失，自洪武三年 (1370 年) 起，即已詔令戶部清查天下戶口，編纂賦役黃冊。賦出於土田，役出於丁口，土田丁口皆歸於戶，故黃冊實為總計土田丁口的戶籍冊。
黃冊與里甲制 (始於元朝) 相配合。
明代以一百一十戶人家為一里，一里中有里長十戶 (推選丁口、田糧最多的)，十戶在十年中輪流擔任里長，其餘一百戶分成十甲，每甲十戶，每甲置一甲首。每年由里長和甲首各一人率領一甲應役，應役的先後次序由丁糧多寡決定。如是者，十年內，不同里長與甲首皆輪流應役一次，應役者稱現役，輪役者稱排年。十年後，查算各戶丁糧及資產的消長，再重訂里甲。
黃冊以一里為單位編成一冊，詳載丁口稅糧總額。丁口的稅糧記錄，分為「舊管」(上屆徵收稅糧總額)、「開除」(今屆死亡人數及變賣田產數額)、「新收」(今屆新增人口及田產)、「實在」(今屆實收數額) 四項，其計算公式是：實在 = 舊管 - 開除 + 新收，稱「四柱式」。
隨著里甲中每戶人家、丁糧數字出現變動，黃冊每十年更造一次。黃冊一式四份，分別交戶部、布政司、府、縣保存。保存在戶部的一份，因冊面是用黃紙 (＜食貨志＞：「冊凡四……冊面青紙，惟上戶部者黃紙，故謂之黃冊」)，故名黃冊。
黃冊之外，太祖又下令各個州縣編造魚鱗圖冊。魚鱗圖冊把州縣內的田地分區分段，繪畫區內的田形，丈尺田界，紀錄田地種類、肥瘠、買賣情況及田主姓名，再編列字號，訂成一冊。因田圖狀如魚鱗，故得名 (《明實錄》：「以圖所繪，狀若魚鱗然，故號魚鱗圖冊」)。
黃冊和魚鱗圖冊是朝廷徵收賦稅力役的依據。可惜中葉以後，地方豪強為免差役，往往賄賂官員，隱暪丁口，甚至竄改應役的次序，使自己永遠不需服役。黃冊逐漸失效。豪強兼併土地，卻肆意隱瞞，不如實上報，逃避賦稅，致使不少原應課稅的土地自動在魚鱗圖冊上「消失」，魚鱗圖冊已無法反映地方實際情況。加上時日推移令冊籍紙頁霉爛，兩冊敗壞催生賦役制度的改革。
＜食貨志＞記載「一條鞭法」的內容如下：
一條鞭法者，總括一州縣之賦役，量地計丁，丁糧畢輸於官。一歲之役，官為僉募。力差，則計其工食之費，量為增減；銀差，則計其交納之費，加以增耗。凡額辦、派辦、京庫歲需與存留、供億諸費，以及土貢方物，悉並為一條，皆計畝徵銀，折辦於官，故謂之一條鞭。立法頗為簡便。嘉靖間，數行數止，至萬曆九年乃盡行之。
簡單講，「一條鞭法」把田賦、力役及其他雜稅合併為一項，一次繳納 (不再如唐宋採兩稅制)，一律計畝徵銀。此做法大大簡化了徵收手續，且使地方官員難以作弊。
稅以銀徵收，這和當時白銀廣泛流通有關。
明朝初年，設「大明寶鈔」，乃官方法定紙幣。至宣宗、英宗時，寶鈔大幅貶值，「積之市肆，過者不顧」。明武宗年間，寶鈔實際已經廢止，民間轉為使用白銀。
關於白銀的來源，王業健引述全漢昇的研究成果：
當時銀的主要來源是國外，而不是國內；美洲和日本的銀產，尤為重要。自從十五世紀末十六世紀初西方人發現新大陸和到東方的新航路後，歐洲海上強權紛紛在美洲和亞洲掠奪殖民地。西班牙人首著先鞭，於十六世紀上半征服中南美洲的墨西哥、秘魯 (Peru)、和玻利維亞 (Bolivia) 一帶，又於 1565 年自墨西哥出發，佔領了菲律賓，而成為一個跨越大西洋和太平洋的上大帝國。他方面，從十三、四世紀開始，已有中國商船往來南洋各地，並有不少華人聚居菲島。西班牙人位據菲島後，中菲貿易大量展開。中國與美洲間的貿易也通過菲律賓而迅速發展起來。當時菲島生產落後，在那裏統治的西人生活必需品 (如糧食) 以至軍需品，都要靠華僑商人供應。中國絲貨更為菲島及美洲西人所喜好。中國商品 (特別是絲貨) 於是大量往菲島輸出，大部份絲貨更以大帆船從菲島輸往美洲。為購買中國貨物，西班牙人找不到適合的貨品來交換。但是他們有一項產品，中國人都樂於收受，那便是西屬美洲出產的豐富白銀。這樣一來，隨著中菲貿易的進展，每年都有大批白銀從美洲經菲島輸入中國。據全先生觀察，初時每年僅數十萬銀元，十六世紀末葉超越百萬元，十七世紀增至 2 百萬元以上，十八世紀年更高達 3、4 百萬元，到了十九世紀初期減至 150 餘萬元。他估計從 1571 至 1821 年的二個半世紀期間，約有 2 萬萬銀元自美經菲律賓流入中國。
其次，與西班牙人爭雄海上的葡萄牙人於 1557 年佔領澳門。葡人以澳門為據點，也積極開展中外貿易。她們向中國大量收購絲貨、棉布、瓷器……等，分別往三個方向輸出，以謀鉅利。第一，往西運至葡人在印度的根據地果亞 (Goa)，一部分更轉運至歐洲。第二，往北運往日本長崎。明末倭寇為患，中國政府禁止日本通商，葡人趁此充中日貿易媒介，以滿足日人對中國貨物的需求。第三，也往南運至菲律賓。結果，大量白銀也不斷地由這三個方向流入中國。十六、七世紀之交，日本為世界上僅次於美洲的盛產白銀之地。據估計葡船當時運往長崎的中國貨物，每年約值 1 百萬兩以上，稍後有時甚至高達 2、3 百萬兩。十八世紀以至十九世紀早期，英、美、法、荷諸國也載運大量白銀到中國，以購買絲、茶等產品。英國的東印度公司輸華白銀數量更居魁首。十八世紀後半，廣州一地每年輸入白銀達 4、5 百萬銀元之多。據摩爾斯 (H. B. Morse) 估計，由 1700 至 1830 期間，廣州一地淨輸入白銀約共 4 萬萬銀元；再加上其他港口的輸入，總數當在 5 萬萬元左右 (＜全漢昇在中國經濟史研究上的重要貢獻＞)。
張居正徵銀，是順應當時整個經濟趨勢的決定。
萬曆六年 (1578 年)，張居正下令丈量全國土地，清查所有大地主隱瞞的莊田。三年後，「一條鞭法」在全國推行。課稅土地的回升，使政府的財政狀況有改善。
不過，和王安石推行「青苗法」類似，「一條鞭法」在個別地區取得成功，卻不適合全國施行 (王安石又在鄞縣試行「青苗法」，效果良好)。未幾，朝廷在「一條鞭法」之上加派，如遼餉、剿餉、練餉等，老百姓的經濟負擔並未減輕。
(F)
俺答汗是蒙古土默特部的首領，達延汗的孫子。
元朝滅亡後，蒙古人退返長城以北，建立北元政權。未幾，北元瓦解，蒙古分為瓦剌、韃靼兩部。在「土木之變」俘虜明英宗的也先，其父親脫歡正是瓦剌部落首領。韃靼則始於也速迭兒 (阿里不哥後裔)，至達延汗，統一東部蒙古，與瓦剌對立 (瓦剌控制西部蒙古)。
明世宗嘉靖二十九年 (1550 年)，俺答多次遣使要求明朝開放朝貢貿易不果，揮軍南下，從山西大同邊塞直撲北京城下，以武力迫逼明朝開放邊貿。是時嚴嵩執政，戰備廢弛，嘉靖三十年 (1551 年)，明朝開放宣府、大同等地與蒙古進行馬匹交易，史稱「庚戌之變」。
穆宗隆慶四年 (1570 年)，俺答與孫兒把漢那吉因家事發生爭執，把漢那吉降明。俺答「日夜恐中國戕其孫」(見《明史紀事本末》)，與明朝開始和談，次年達成協議，明朝封俺答為順義王，開放十一處邊境貿易口岸，史稱「俺答封貢」。自此，蒙古人能通過貿易獲得明朝資源，雙方化干戈為玉帛 (《明史》：「俺答孫把漢那吉來降，總督王崇古受之，請於朝，乞授以官。朝議多以為不可，拱與居正力主之。遂排眾議請於上，而封貢以成」，可見高拱和張居正有份促成「俺答封貢」)。
神宗初年，韃靼已不再對明朝構成威脅，只有若干土蠻「以不獲通互市」，屢次集結寇掠遼東。
張居正用李成梁守遼東，戚繼光鎮薊門，邊境得保安寧。
李成梁，字汝契，號引城，鐵嶺 (今遼寧鐵嶺) 人，朝鮮人李英的後裔。《明史》評價他：「成梁鎮遼二十二年，先後奏大捷者十，帝輒祭告郊廟，受廷臣賀，蟒衣金繒歲賜稠疊。邊帥武功之盛，二百年來未有也。」
戚繼光字元敬，號南塘、孟諸，山東登州人。奉命戍守浙江、福建十多年，組成「戚家軍」，多次擊敗倭寇 (倭寇是指活躍於中國沿岸的海盜，成分有日本武士、因明朝海禁而生活無計的中國人)，乃一代抗倭名將。
(G)
張居正死後，神宗未幾怠政，二十年不上朝。對外方面，明朝先與豐臣秀吉 (原為織田信長部下。信長在「本能寺之變」被殺，秀吉剷除柴田勝家，代領信長的部眾。不久任「關白」，且開始對外擴張，劍指明朝藩屬國 - 朝鮮) 領導之日本在朝鮮爆發戰爭，再面對滿洲努爾哈赤的崛起。
努爾哈赤的祖父、父親曾幫助明李成梁控制遼東，一次意外，二人被明軍殺死。努爾哈赤雖獲明朝補償，但仍不滿足，「七大恨」告天，說穿了只是為祖父、父親報仇而已 (請注意，明朝已作補償，錯不在明)。
當時女真分建州、海西、野人女真三部，努爾哈赤屬建州女真，藉征戰統一其餘各部，建後金國。
明朝用熊廷弼為遼東總兵，熊廷弼與廣寧城巡撫王化貞在攻守問題上意見出現分歧，熊主守而王主攻。結果，廣寧失陷，熊竟未有派兵救援。
事後，以魏忠賢為首的閹黨，極力攻擊和東林書院諸君子相友善的熊，熊被殺害，明廷自毀長城。遼陽、瀋陽相繼落入後金手中，而曾幾何時，張居正用李成梁「鎮遼」，「邊境晏然」。
滿洲坐大，令明朝軍費開支驟增，出現「遼餉」。所有錢都用到東北，內部無法救濟天災，驛卒被裁撤，卒之釀成民變。民變需要軍隊討平，於是出現「剿餉」、「練餉」。「三餉」出，「一條鞭法」遂失其本意，無助減輕人民負擔。
明朝終在滿洲鐵騎、農民軍雙重夾擊下滅亡，財政的困窘，令它連重組軍隊東山再起的能力也欠奉。
(H)
崇禎十七年 (1644 年)，李自成攻陷北京，思宗自縊殉國，明宗室及遺臣向南遁走，徐圖後計。馬士英等擁立福王朱由崧為帝，稱弘光帝，建立南明政權。弘光帝以「聯虜平寇」為基本國策，謀求聯合清兵，消滅流寇。
馬士英為閹黨中人，與阮大鋮友好，阮大鋮曾迫害東林黨人。適值福王朱由崧的父親當年曾被東林黨人反對而做不成太子，此一統治集團上場，史可法等有東林黨背景的官員 (其恩師左光斗為東林黨人) 馬上失勢。史可法自請督師，前往揚州統籌守務，實屬迫不得已。馬士英不久推薦阮大鋮做官，朝廷內部越來越不和諧。終於清兵南下，揚州失守，史可法壯烈殉國，弘光帝、馬士英被俘身死。
東林黨、閹黨的鬥爭，沒有因內憂外患日亟而消除，反而延續到南明，非常可惜。
史可法早年師從左光斗，李自成入北京，他誓師勤王，中途得知思宗自殺，悲憤交雜。他不贊成立福王，覺得福王有七大缺點：貪、淫、酗酒、不孝、虐待下屬、不讀書、干預官吏，主張立潞王。奈何馬士英搶先一步立福王，史可法未幾遭中傷，出鎮守淮安、揚州兩地。朝廷為馬士英所把持，局面漸告敗壞。黨爭不斷的結果，是南明無法齊心向外。清廷改變態度，不願與南明合作，轉為否認其合法地位，要求其君臣無條件投降，「聯虜平寇」持續不下去。多鐸兵圍揚州，史可法死守，導致清兵傷亡慘重。揚州城破，多鐸惱羞成怒，下令屠城，史稱「揚州十日」。
王秀楚《揚州十日記》：
諸婦女長索繫頸，累累如貫珠，一步一跌，遍身泥土；滿地皆嬰兒，或襯馬蹄，或藉人足，肝腦塗地，泣聲盈野。
日，天始霽。道路積屍既經積雨暴漲，而青皮如蒙鼓，血肉內潰。穢臭逼人，復經日炙，其氣愈甚。前後左右，處處焚灼。室中氤氳，結成如霧，腥聞百里。
計六奇《明季南略》：
廿五日丁丑，可法開門出戰，清兵破城入，屠殺甚慘。
可見「揚州十日」之慘狀。
鄭芝龍等在福州擁立唐王朱聿鍵。方逢年等則在浙江紹興擁立魯王朱以海。由於兩政權無法合作，被清兵逐個擊破。鄭芝龍降清，其子鄭成功卻奪取臺灣，建立反清復明基地。
朱聿鍵死，其弟在廣州繼位，是為「紹武帝」。另桂王朱由榔在廣東肇慶登基，是為「永曆帝」。
紹武、永曆二政權交戰，以永曆大敗告終。清兵陷廣州，紹武帝兵敗殉國。清兵陷昆明，永曆帝流亡緬甸。緬甸國王把永曆帝交吳三桂，永曆帝父子被殺，南明正式滅亡，為時十八年。
錢穆《國史大綱》總結南明歷史：
明北都既陷，南方爭事擁立。
福王在南京。(馬士英、阮大鋮以魏忠賢舊黨，擁立擅權，雖有一史可法，不足支此殘局。南京既敗，餘便無望)
唐王在福州。(別有魯王，在浙江)
桂王在肇慶。(以地最僻遠，故最後亡)
不到二十年，相繼破滅。(福王弘光一年，李自成亦敗。唐王隆武一年，張獻忠亦敗。桂王永曆十三年，奔緬甸，見執。復有鄭成功據台灣，至康熙二十二年始平)
惟清人所以得吞滅南明，其最重要原因，厥為漢奸之助。(金得汴京而不能有江南者，即因未有漢奸為之作倀。又清興已四十年，而金則驟起，亦其異)
清既入關，以洪承疇經略江南五省，孔有德徇廣西，尚可喜、耿仲明徇廣東，吳三桂徇四川、雲南，而三桂功尤大。(破流賊，定陝、川、滇，取永明於緬甸，又平水西土司安氏) 四方精兵猛將，多歸其部下。(張邦昌、劉豫為漢奸，所以無成，因其本無軍隊。至吳三桂部下，尤為明代邊兵精銳所聚。桂王所仗以抗衡立國者，亦皆左良玉、李自成、張獻忠之潰餘)
