(一)
崇仁、白沙學派對政治避之則吉
明代理學以吳與弼為第一人，黃宗羲《明儒學案・崇仁學案》：
吳與弼字子傅，號康齋，撫州之崇仁人也......天順初，忠國公石亨汰甚，知為上所疑，門客謝昭效張觷之告蔡京，徵先生以收人望......先生三辭不得命，稱病篤不起。上諭文達曰：「與弼不受官者何故？必欲歸，需秋涼而遣之，祿之終身，顧不可乎？」文達傳諭，先生辭益堅。上曰：「果爾，亦難留。」乃允之。先生因上十事，上復召對。賜璽書銀幣，遣行人王惟善送歸，命有司月廩之。蓋先生知石亨必敗，故潔然高蹈。其南還也，人問其故，第曰：「欲保性命而已。」......
陳獻章為與弼弟子，《白沙學案》：
陳獻章字公甫，新會之白沙里人......正統十二年舉廣東鄉試，明年會試中乙榜，入國子監讀書。已至崇仁，受學於康齋先生，歸即絕意科舉，築春陽臺，靜坐其中......
《明史・儒林傳》：
陳獻章，字公甫，新會人。舉正統十二年鄉試，再上禮部，不第。從吳與弼講學。居半載歸，讀書窮日夜不輟。築陽春臺，靜坐其中，數年無戶外跡。
儘管與弼學宗朱子而獻章於靜坐見體有所得，他們對政治的態度竟出奇地一致，與弼選擇遠離官場以保性命，獻章亦「絕意科舉」。
同門胡居仁也「絕意仕進」：
胡居仁字叔心，饒之餘幹人也。學者稱為敬齋先生。弱冠時奮志聖賢之學，往游康齋吳先生之門，遂絕意科舉，築室於梅溪山中，事親講學之外，不幹人事。(《明儒學案・崇仁學案》)
聞吳與弼講學崇仁，往從之遊，絕意仕進。(《明史・儒林傳》)
魏校、余祐涉足官場，二人皆以居仁為師，跟吳與弼隔了一重。
魏校字子才，別號莊渠，崑山人。弘治乙丑進士，授南京刑部主事，曆員外郎、郎中，不為守備奄人劉瑯所屈。召為兵部郎，移疾歸。嘉靖初，起廣東提學副使。丁憂，補江西兵備，改河南提學，七年陞太常寺少卿，轉大理。明年，乙太常寺卿掌祭酒事，尋致仕。先生私淑於胡敬齋...... (《明儒學案・崇仁學案》)
余祐，字子積，別號訒齋，鄱陽人。年十九，往師胡敬齋，敬齋以以女妻之。登弘治己未進士第，授南京刑部主事。忤逆瑾，落職。瑾誅，起知福州，晉山東副使，兵備徐州。以沒入中官貨，逮詔獄，謫南寧府同知，稍遷韶州知府，投劾去。嘉靖改元，起河南按察使，調廣西，兩遷至雲南左布政，乙太仆卿召，轉吏部右侍郎，未離滇而卒，戊子歲也，年六十四...... (《明儒學案・崇仁學案》)
值得注意是「不為守備奄人劉瑯所屈」、「忤逆瑾，落職」，即使魏、余不跟隨師公的步伐，選擇做官，他們都是站在宦官的對立面。宦官背後是皇權，換言之，他們敢於與皇權對抗。
《明儒學案・白沙學案》：
張詡字廷實，號東所，南海人，白沙弟子。登成化甲辰進士第。養病歸，六年不出，部檄起之，授戶部主事。尋丁憂，累薦不起。正德甲戌，拜南京通政司左參議，又辭，一謁孝陵而歸。卒年六十。
林光字緝熙，東莞人......初，先生依白沙，不欲仕。
陳庸字秉常，南海人。舉成化甲午科。游白沙之門......年五十以荊門州同入仕。蒞任五日，不能屈曲，即解官，杜門不入城郭。督學王弘欲見之，不可得。
謝祐字天錫，南海人。白沙弟子。築室葵山之下，並日而食，襪不掩脛，名利之事，纖毫不能入也。
何廷矩字時振，番禺人。為郡諸生。及師白沙，即棄舉子業。
概言之，由吳與弼、陳獻章開出的學派，對政治採取避之則吉的態度。偶有為官者，亦傾向作為朝廷之清泉，不攀附權貴，不同流合污。
(二) 河東學派與李賢：英宗、景帝朝對抗宦官的政治力量
和吳與弼、陳白沙的消極退隱路線不同，河東學派的薛瑄活躍於朝廷，《明史・儒林傳》：
薛瑄，字德溫，河津人......瑄補鄢陵學生，遂舉河南鄉試第一，時永樂十有八年也。明年成進士。以省親歸。居父喪，悉遵古禮。宣德中服除，擢授御史。三楊當國，欲見之，謝不往。出監湖廣銀場，日探性理諸書，學益進。以繼母憂歸。
正統初還朝，尚書郭璡舉為山東提學僉事。首揭白鹿洞學規，開示學者。延見諸生，親為講授。才者樂其寬，而不才者憚其嚴，皆呼為薛夫子。王振語三楊：「吾鄉誰可為京卿者？」以瑄對，召為大理左少卿。三楊以用瑄出振意，欲瑄一往見，李賢語之。瑄正色曰：「拜爵公朝，謝恩私室，吾不為也。」其後議事東閣，公卿見振多趨拜，瑄獨屹立。振趨揖之，瑄亦無加禮，自是銜瑄。
指揮某死，妾有色，振從子山欲納之，指揮妻不肯。妾遂訐妻毒殺夫，下都察院訊，已誣服。瑄及同官辨其冤，三卻之。都御史王文承振旨，誣瑄及左、右少卿賀祖嗣、顧惟敬等故出人罪，振復諷言官劾瑄等受賄，並下獄。論瑄死，祖嗣等末減有差。繫獄待決，瑄讀《易》自如。子三人，願一子代死，二子充軍，不允。及當行刑，振蒼頭忽泣於爨下。問故，泣益悲，曰：「聞今日薛夫子將刑也。」振大感動。會刑科三覆奏，兵部侍郎王偉亦申救，乃免。
景帝嗣位，用給事中程信薦，起大理寺丞。也先入犯，分守北門有功。尋出督貴州軍餉，事竣，即乞休，學士江淵奏留之。景泰二年，推南京大理寺卿。富豪殺人，獄久不決，瑄執置之法。召改北寺。蘇州大饑，貧民掠富豪粟，火其居，蹈海避罪。王文以閣臣出視，坐以叛，當死者二百余人，瑄力辨其誣。文恚曰：「此老倔強猶昔。」然卒得減死。屢疏告老，不許。英宗復辟，拜禮部右侍郎兼翰林院學士，入閣預機務。王文、于謙下獄，下群臣議，石亨等將置之極刑。瑄力言於帝，後二日文、謙死，獲減一等。帝數見瑄，所陳皆關君德事。已，見石亨、曹吉祥亂政，疏乞骸骨。帝心重瑄，微嫌其老，乃許之歸。
《明史・郭璡傳》：
郭璡，字時用，初名進，新安人......識進士李賢輔相器，授吏部主事，後果為名相。
《明史・李賢傳》：
李賢，字原德，鄧人。舉鄕試第一，宣德八年成進士。奉命察蝗災於河津，授驗封主事，少師楊士奇欲一見，賢竟不往。
......景泰二年二月上正本十策，曰勤聖學，顧箴警，戒嗜欲，絕玩好，慎舉措，崇節儉，畏天變，勉貴近，振士風，結民心。帝善之，命翰林寫置左右，備省覽。尋又陳車戰火器之利，帝頗采納......
......石亨、曹吉祥與有貞爭權，並忌賢。諸御史論亨、吉祥，亨、吉祥疑出有貞、賢意，訴之帝，下二人獄。會有風雷變，得釋，謫賢福建參政。未行，王翺奏賢可大用，遂留爲吏部左侍郎。逾月，復尚書，直內閣如故。亨知帝向賢，怒，然無可如何，乃佯與交歡。賢亦深自匿，非宣召不入，而帝益親賢，顧問無虛日。
薛瑄、郭璡、李賢似乎站於同一陣線，具有若干共通特徵：(1) 精研儒門學問 (2) 不忌憚位高權重的宦官。
《明儒學案・河東學案》：
閻禹錫字子與，洛陽人。年十九，舉正統甲子鄉試。明年，授昌黎訓導。母喪廬墓，詔旌其門。聞薛文清講學，往從之遊。補開州訓導，遂以所受於文清者，授其弟子，人多化之。李文達薦為國子學正，轉監丞......
李文達即李賢。
據此，以薛瑄為首的河東朱子學派，在英宗、景帝兩朝，與郭璡、李賢聯合，對抗宦官集團 (王振、曹吉祥，也包括向宦官獻媚的官員，如石亨、徐有貞)。
(三) 孝宗、武宗、世宗朝的理學集團
《明儒學案・甘泉學案》：
湛若水字元明，號甘泉，廣東增城人。從學於白沙，不赴計偕，後以母命入南雍。祭酒章楓山試睟面盎背論，奇之。登弘治乙丑進士第。初楊文忠、張東白在闈中，得先生卷，曰：「此非白沙之徒，不能為也。」拆名果然。選庶起士，擢編修。時陽明在吏部講學，先生與呂仲木和之。久之，使安南冊封國王。正德丁亥，奉母喪歸，廬墓三年。卜西樵為講舍，士子來學者先令習禮，然後聽講，興起者甚眾。嘉靖初，入朝，陞侍讀，尋陞南京祭酒，禮部侍郎，歷南京禮、吏、兵三部尚書，致仕。平生足跡所至，必建書院以祀白沙。從遊者殆徧天下。年登九十，猶為南嶽之遊。將過江右，鄒東廓戒其同志曰：「甘泉先生來，吾輩當獻老而不乞言，毋有所輕論辯也。」庚申四月丁巳卒，年九十五。
楊文忠即楊廷和。大禮議事件，他反對世宗立生父為皇考，與張璁、桂萼不合。
焦竑《玉堂叢語・卷三》：
蓋一時正人如王端毅、馬端肅、劉忠宣、倪文毅、張東白、楊文懿、張莊簡、韓貫道諸人，布列六曹，戴簡肅掌都察院事，章楓山、謝方石為兩京祭酒。百僚師師，真可謂朝無幸位，野無遺賢，雖則主上明聖，而謙齋 (徐溥) 之休休有容，誠有所謂「若己有之，中心好之，不啻若自其口出」者，故能佐成孝廟十八年太平之治。
根據這條史料，章楓山、楊文忠、張東白屬於同一陣營。三人皆對甘泉表示賞識，甘泉自然與他們同伙。
「陽明在吏部講學，先生與呂仲木和之」，陽明即王守仁，呂仲木即呂柟。
《明史・王守仁傳》：
王守仁，字伯安，餘姚人......劉瑾逮南京給事中御史戴銑等二十餘人。守仁抗章救，瑾怒，廷杖四十，謫貴州龍場驛丞......
《明儒學案・河東學案》：
呂柟字仲木，號涇野，陝之高陵人。正德戊辰舉進士第一，授翰林修撰。逆瑾以鄉人致賀，卻之，瑾不悅。已請上還宮中，御經筵，親政事，益不為瑾所容，遂引去。
雖然學理上湛、王、呂三人南轅北轍 (湛主「隨處體認天理」，王主「致良知」，呂以朱子為宗)，政治立場上他們都與劉瑾對著幹，實際即與皇權相頡抗。
羅欽順與呂柟齊名，同被視為「朱學後勁」，《明史・儒林傳》：
羅欽順，字允升，泰和人。弘治六年進士及第，授編修。遷南京國子監司業，與祭酒章懋以實行教士。未幾，奉親歸，因乞終養。劉瑾怒，奪職為民。瑾誅，復官，遷南京太常少卿，再遷南京吏部右侍郎，入為吏部左侍郎。世宗即位，命攝尚書事。上疏言久任、超遷，法當疏通，不報。大禮議起，欽順請慎大禮以全聖孝，不報。遷南京吏部尚書，省親乞歸。改禮部尚書，會居憂未及拜。再起禮部尚書，辭。又改吏部尚書，下詔敦促，再辭。許致仕，有司給祿米。時張璁、桂萼以議禮驟貴，秉政樹黨，屏逐正人。欽順恥與同列，故屢詔不起。里居二十餘年，足不入城市，潛心格物致知之學......
有一戚賢，深契於王守仁的良知教，對守仁執弟子禮。他曾推薦王畿、徐樾 (《明儒學案・泰州學案》：「徐樾字子直，號波石，貴溪人。嘉靖十一年進士......先生少與夏相才名相亞，得事陽明，繼而卒業心齋之門」)、呂柟、魏校等，都是理學名家。《明史・戚賢傳》：
戚賢，字秀夫，全椒人。嘉靖五年進士......太廟災，復劾勛及尚書張瓚、樊繼祖等，而薦聞淵、熊浹、劉天和、王畿、程文德、徐樾、萬鏜、呂柟、魏校、程啟充、馬明衡、魏良弼、葉洪、王臣可任用。言滋不悅，激帝怒，謫山東布政司都事......賢少聞王守仁說，心契之。及官於浙，遂執弟子禮。
理學集團的坐大，終於引起朝中其他官員不安，《明儒學案・浙中王門學案》：
三殿災，吏科都給事中戚賢上疏，言先生學有淵源，可備顧問。貴溪草制：「偽學小人，黨同妄薦。」謫賢外任。先生因再疏乞休而歸。
貴溪即內閣首輔夏言。特別值得注意是「偽學小人，黨同妄薦」，這是否有點似曾相識？跟南宋朱熹、葉適等被視為偽學朋黨有何分別？
哲學史上，王守仁打破了朱熹理學的獨大，恢復了孟子之心學。政治史上，守仁弘揚良知之教，成就戚賢壯大理學集團，為理學集團招來偽學朋黨的批評。換言之，王守仁在哲學還是政治層面，都是一大轉捩點。
《明儒學案・諸儒學案》記王廷相：
王廷相字子衡，號浚川，河南儀封人。弘治壬戌進士。改庶起士，授兵科給事中。正德戊辰謫為州判，稍遷知縣，復召為御史，出接陝西鎮守。奄人廖鵬虐民，先生繩之以法，鵬大恨。已而視學北畿，有兩奄幹請，先生焚其書，兩奄亦恨，未有以發也。鵬因上書搆之，兩奄從中主其奏，逮入詔獄。又謫為縣丞，稍遷知縣同知，擢四川僉事，山東副使，皆視學政。嘉靖初，曆湖廣按察使，山東左、右布政使，以右副都御史巡撫四川，入為兵部左、右侍郎，轉南京兵部尚書，召為左都御史，進兵部尚書兼掌院事，加太子太保。辛丑罷，又三年而卒，年七十一。隆慶初，贈少保，諡肅敏。
廷相雖主唯氣論，下開清代顏元、戴震的哲學，其個人的取態仍是力抗權閹，政治上屬理學家陣營。
(四) 張居正毀書院、禁講學
薛瑄在英宗、景帝朝能有所作為，是因為當時的內閣首輔為親理學的李賢，英宗對薛瑄亦頗為欣賞。
自英宗以降，憲宗、武宗、世宗等，無不親近奸臣、宦官。武宗用劉瑾，不少理學集團成員被貶謫。世宗信任張璁、桂萼，決心立生父為皇考，尤其讓內閣無法成為理學集團的庇蔭。
繼張璁任首輔的李時，尚且同情理學集團。由夏言開始，歷嚴嵩、高拱至張居正，內閣首輔皆對理學集團採取攻擊、不包容的態度，理學集團因此對「得君行道」感絕望，轉向「覺民行道」，著重民間講學。偏偏張居正毅然毀書院、禁講學，這其實可視為以皇權為靠山的官僚集團對敢於挑戰皇權的理學集團的一次大整肅。
關於理學集團由「得君行道」轉向「覺民行道」，似乎也始於王守仁。余英時撰＜明代理學與政治文化發微＞，其中提到：
陽明的「致良知」之教和他所構想的「覺民行道」是絕對分不開的；這是他在絕望於「得君行道」之後所殺出的一條血路。「行道」而完全撇開君主與朝廷，轉而單向地訴諸社會大眾，這是兩千年來儒者所未到之境，不僅明代前期的理學家而已。
由於大方向轉變，著力的地方亦有所不同，《明史・儒林傳》：
艮，字汝止。初名銀，王守仁為更名......制小車北上，所過招要人士，告以守仁之道，人聚觀者千百......
王艮，號心齋，創泰州學派，弘揚守仁良知之說。他製車作流動講學，正是王學向「覺民行道」用力的鐵證。
余英時說：
明代理學一方面阻於政治生態，「外王」之路已斷，只能在「內聖」領域中愈轉愈深。另一方面，新出現的民間社會則引誘他調轉方向，在「愚夫愚婦」的「日用常行」中發揮力量。王陽明便抓住了這一契機而使理學獲得新生命。故他於《全集》卷三中提到「你們拿一個聖人去與人講學，人見聖人來，都怕走了，如何講得行？須做個愚夫愚婦，方可與人講學。」「人皆可以為堯、舜」在宋代理學中還只是個虛懸之境，直到陽明改變了「行道」方向，這句話才取得現實性的社會意涵。(前引文)
泰州派走下去開出「滿街都是聖人」，跟守仁重視「覺民行道」脫不了關係。
要「覺民行道」，必須有兩個先決條件：
(1) 書院得以建立；
(2) 自由講學的風氣受保障。
可是，嘉靖十六年 (1537 年) 起，這兩個先決條件明顯受衝擊。
根據黃文樹《張居正的教學思想與教育變革》，御史游居敬奏劾書院講學者「倡其邪說，廣收無賴，私創書院」。「邪說」指守仁心學主張，「無賴」指泰州派一路人物，《明儒學案・泰州學案》：「泰州之後，其人多能以赤手搏龍蛇，傳至顏山農、何心隱一派，遂復非名教之所能羈絡矣」。
游居敬外，吏部尚書許讚也「申毀天下書院」。張居正毀書院、禁講學，看來是一部份朝廷官員的共同意願。
張居正的學問路數近漢儒，＜義命說＞：
古瑰偉奇特之士，樹鴻業於當時，垂鴻稱於後世者，豈獨其才之過人哉？蓋尤繫於養矣。養有淺深，則其才有純駁。才有純駁，則其建立有巨細。才得於天者也，養由於人者也......故古之善養才者，不恃其得天之異，而勉其修己之純。
劉孔才云：「聰明秀出謂之英，膽力過人謂之雄。有英而不雄者，有雄而不英者。智勇並異，則英雄兼焉。」《淮南解》曰：「才過千人謂之豪，萬人謂之傑。」此英雄豪傑之辨也。總之，皆以其智力絕殊，不可以尋常尺度論耳。自古迄今，所以樹立人紀，綱維世運，決大疑，排大難，建大功，立大節，必此四人者為之。
他在＜請申舊章飭學政以振興人才疏＞中說：
聖賢以經術垂訓，國家以經術作人。若能體認經書，便是講明學問，何必又別標門戶，聚黨空談。今後各提學官督率教官生儒，務將平日所習經書義理，著實講求，躬行實踐，以需他日之用，不許別創書院，群聚徒黨及號召他方遊食無行之徒，空談廢業，因而啟奔競之門，開請託之路。
重視「經術」、「體認經書」，反對「別標門戶，聚黨空談」，所以「不許別創書院，群聚徒黨及號召他方遊食無行之徒，空談廢業」。「偽學」二字雖未說出口，但居正內心顯然以此標籤陽明心學。
萬曆七年 (1579 年)
春天，全國六十四處書院被毀。書院所擁有的糧田全部改歸當地里甲所有。同時禁止聚集遊食無賴之人，聯講會、創書院，擾害地方。並敕令各地巡按御史、提學官嚴加查訪，奏聞處置。
陽明學遭連根拔起，對理學集團而言，無疑是一大挫折。難怪泰州派何心隱要高呼「持正義，逐江陵去位，一新時局」，成為反張的急先鋒。
(五) 東林黨作為理學集團的延續，以及職業官僚集團、宦官魏忠賢的反撲
萬曆十年 (1582 年)，張居正病逝。可是，神宗年間，發生東林黨爭，竊以為東林黨是理學集團的延續。
萬曆三十二年 (1604 年)，顧憲成、高攀龍重修宋儒楊時 (號龜山先生，二程門下弟子) 主講的東林書院，並在此講學。在東林書院談論國事的人，被稱為東林黨人。
《明史・顧憲成傳》：
顧憲成，字叔時，無錫人。萬歷四年，舉鄉試第一。八年成進士，授戶部主事。大學士張居正病，朝士群為之禱，憲成不可......憲成姿性絕人，幼即有志聖學。暨削籍裏居，益覃精研究，力辟王守仁「無善無惡心之體」之說。邑故有東林書院，宋楊時講道處也，憲成與弟允成倡修之，常州知府歐陽東鳳與無錫知縣林宰為之營構。落成，偕同志高攀龍、錢一本、薛敷教、史孟麟、於孔兼輩講學其中，學者稱涇陽先生。當是時，士大夫抱道忤時者，率退處林野，聞風響附，學舍至不能容。憲成嘗曰：「官輦轂，志不在君父，官封疆，志不在民生，居水邊林下，志不在世道，君子無取焉。」故其講習之餘，往往諷議朝政，裁量人物。朝士慕其風者，多遙相應和。由是東林名大著，而忌者亦多。
憲成雖不同意守仁之說，卻反對張居正，要志在君父、民生、世道，他是陽明學的改良派，屬理學陣營。
《明史・高攀龍傳》：
高攀龍，字存之，無錫人。少讀書，輒有志程朱之學。舉萬歷十七年進士，授行人。四川僉事張世則進所著《大學初義》，詆程、朱章句，請頒天下。攀龍抗疏力駁其謬，其書遂不行。
攀龍是朱子學信徒，其更屬理學集團無疑。
《明史・鄒元標傳》：
鄒元標，字爾瞻，吉水人。九歲通《五經》。泰和胡直，嘉靖中進士，官至福建按察使，師歐陽德、羅洪先，得王守仁之傳。元標弱冠從直遊，即有志為學。舉萬歷五年進士。觀政刑部。
張居正奪情，元標抗疏切諫。且曰：「陛下以居正有利社稷耶？居正才雖可為，學術則偏；志雖欲為，自用太甚......」及入，居正大怒，亦廷杖八十，謫戍都勻衛。衛在萬山中，夷獠與居，元標處之怡然。益究心理學，學以大進。巡按御中承居正指，將害元標。行次鎮遠，一夕，御史暴死......
天啟元年四月還朝，首進和衷之說......且請召用葉茂才、趙南星、高攀龍、劉宗周、丁元薦，而恤錄羅大紘、雒於仁等十五人。帝亦褒納......
......元標自還朝以來，不為危言激論，與物無猜。然小人以其東林也，猶忌之......明年，御史張訥請毀天下講壇，力詆元標，忠賢遂矯旨削奪。崇禎初，贈太子太保、吏部尚書，謚忠介。
「師歐陽德、羅洪先，得王守仁之傳」，可見鄒元標出自陽明心學派系。反對張居正，同於顧憲成。召用高攀龍等，「小人以其東林」，反映他被視作東林黨一分子。而「御史張訥請毀天下講壇，力詆元標，忠賢遂矯旨削奪」，魏忠賢視東林黨為死敵，欲除之而後快，除之之道竟是「毀天下講壇」。
《明史・趙南星傳》：
趙南星，字夢白，高邑人。萬歷二年進士。除汝寧推官。治行廉平，稍遷戶部主事。張居正寢疾，朝士群禱，南星與顧憲成、姜士昌戒弗往......
......南星里居，名益高，與鄒元標、顧憲成，海內擬之「三君」。中外論薦者百十疏，卒不起。
光宗立，起太常少卿。俄改右通政，進太常卿，至則擢工部右侍郎。居數月，拜左都御史，慨然以整齊天下為任......
......魏忠賢雅重之，嘗於帝前稱其任事。一日，遣娣子傅應星介一中書贄見，南星麾之去。嘗並坐弘政門，選通政司參議，正色語忠賢曰：「主上沖齡，我輩內外臣子宜各努力為善。」忠賢默然，怒形於色......
......而四司之屬，鄒維璉、夏嘉遇、張光前、程國祥、劉廷諫亦皆民譽。中外忻忻望治，而小人側目，滋欲去南星。給事中傅櫆以維璉改吏部己不與聞，首假汪文言發難，劾南星紊舊制，植私人。維璉引去，南星奏留之，小人愈恨......
......南星以太常卿謝應祥有清望，首列以請。既得旨，而御史陳九疇受廣微指，言應祥嘗知嘉善，大中出其門，大中以師故，謀於文選郎嘉遇而用之，徇私當斥。大中、嘉遇疏辯，語侵九疇，九疇再疏力詆，並下部議。南星、攀龍極言應祥以人望推舉，大中、嘉遇無私，九疇妄言不可聽。忠賢大怒，矯旨黜大中、嘉遇，並黜九疇，而責南星等朋謀結黨。南星遽引罪求去，忠賢復矯旨切責，放歸。明日，攀龍亦引去。給事中沈惟炳論救，亦出之外。俄以會推忤忠賢意，並斥於廷、漣、光斗、化中，引南星所擯徐兆魁、喬應甲、王紹徽等置要地。小人競進，天下大柄盡歸忠賢矣。
忠賢及其黨惡南星甚，每矯敕諭，必目為元兇。於是御史張訥劾南星十大罪，並劾維璉、國祥、嘉遇及王允成。得旨，並削籍。令再奏南星私黨，訥復列上邦華及孫鼎相等十四人，並貶黜。自是為南星擯棄者，無不拔擢，其素所推獎者，率遭奇禍......
顧憲成、鄒元標、趙南星並稱「東林三君」，東林黨的本質為何，是非常清楚的。
神宗年間是如何一種政治狀態呢？《明史・呂坤傳》：
呂坤，字叔簡，甯陵人。萬曆二年進士......
......疏入，不報。坤遂稱疾乞休，中旨許之。於是給事中戴士衡劾坤機深志險，謂石星大誤東事，孫鑛濫殺不辜，坤顧不言，曲為附會，無大臣節。給事中劉道亨言往年孫丕揚劾張位，位疑疏出坤手，故使士衡劾坤。位奏辨。帝以坤既罷，悉置不問。
初，坤按察山西時，嘗撰《閨範圖說》，內侍購入禁中。鄭貴妃因加十二人，且為制序，屬其伯父承恩重刊之。士衡遂劾坤因承恩進書，結納宮掖，包藏禍心。坤持疏力辨。未幾，有妄人為《閨範圖說》跋，名曰《憂危竑議》，略言：「坤撰《閨範》，獨取漢明德後者，後由貴人進中宮，坤以媚鄭貴妃也。坤疏陳天下憂危，無事不言，獨不及建儲，意自可見。」其言絕狂誕，將以害坤。帝歸罪於士衡等，其事遂寢。
坤剛介峭直，留意正學。居家之日，與後進講習。所著述，多出新意。初，在朝與吏部尚書孫丕揚善。後丕揚復為吏部，屢推坤左都御史未得命，言：「臣以八十老臣保坤，冀臣得親見用坤之效。不效，甘坐失舉之罪，死且無憾。」已，又薦天下三大賢，沈鯉、郭正域，其一即坤。丕揚前後推薦，疏至二十餘上，帝終不納......
簡單講，奸佞動輒陷害忠良，而皇帝對理學名臣的意見並不採納。東林黨大力支持太子朱常洛做皇帝，實則是希望透過更換皇帝，令自己對天下的抱負得以落實。此處「得君得道」的想法仍在起作用，「覺民行道」是陽明後學的一個走向，卻不是晚明理學的唯一走向。
萬曆九年 (1581 年)，神宗臨幸宮女王氏，王氏誕下皇長子朱常洛。十年 (1582 年)，鄭貴妃得寵。十四年 (1586 年)，誕朱常洵。神宗欲立常洵為太子，卻遭到大臣們反對。十八年 (1590 年)，大臣集體要求冊立常洛為太子。神宗迫於無奈，但已謀求改立。萬曆廿六年 (1598 年)「第一次妖書案」，即呂坤被誣一事，背景正是坊間流傳鄭貴妃意圖換儲。往後又發生「梃擊案」，有一男子張差欲以梃 (木棍) 刺殺朱常洛失敗，鄭貴妃被懷疑是幕後黑手。
常洛卒之繼位，是為光宗。葉向高、孫慎行當時最為強勢，《明史・葉向高傳》：
向高在相位，務調劑群情，輯和異同。然其時黨論已大起，御史鄭繼芳力攻給事中王元翰，左右兩人者相角。向高請盡下諸疏，敕部院評曲直，罪其論議顛倒者一二人，以警其餘，帝不報。諸臣既無所見得失，益樹黨相攻。未幾，又爭李三才之事，黨勢乃成。無錫顧憲成家居，講學東林書院，朝士爭慕與遊。三才被攻，憲成貽書向高暨尚書孫丕揚，訟其賢。會辛亥京察，攻三才者劉國縉以他過掛察典，喬應甲亦用年例出外，其黨大嘩。向高以大體持之，察典得無撓，而兩黨之爭遂不可解。及後，齊、楚、浙黨人攻東林殆盡。浸尋至天啟時，王紹徽等撰所謂《東林點將錄》，令魏忠賢按氏名逐朝士。以向高嘗右東林，指目為黨魁云。
據此，東林諸君子造王成功的同時，另一批朝廷官員 (代表職業官僚集團) 群起攻擊他們，稱「齊、楚、浙黨人」。向高本來是中立，因替東林黨說好話，竟被目為東林黨人。「齊、楚、浙黨人」後來依附司禮監秉筆太監魏忠賢，成為「閹黨」的骨幹。
朱常洛在位二十九日，就因為服食李可灼的紅丸 (取處女初潮之經血，加上夜半的第一滴露水及烏梅等，煮過七次，變成藥漿，再加上人尿、人乳、硃砂、松脂等藥物炮製而成)，暴斃身亡。東林黨失去靠山。熹宗朱由校繼位，《明史・魏忠賢傳》：
魏忠賢，肅寧人。少無賴，與群惡少博，少勝，為所苦，恚而自宮，變姓名曰李進忠。其後乃復姓，賜名忠賢雲。忠賢自萬曆中選入宮，隸太監孫暹，夤緣入甲字庫，又求為皇長孫母王才人典膳，諂事魏朝。朝數稱忠賢於安，安亦善遇之。長孫乳媼曰客氏，素私侍朝，所謂對食者也。及忠賢入，又通焉。客氏遂薄朝而愛忠賢，兩人深相結。
光宗崩，長孫嗣立，是為熹宗。忠賢、客氏並有寵......
忠賢乃勸帝選武閹、煉火器為內操，密結大學士沈纮為援。又日引帝為倡優聲伎，狗馬射獵。刑部主事劉宗周首劾之，帝大怒，賴大學士葉向高救免。
初，神宗在位久，怠於政事，章奏多不省。廷臣漸立門戶，以危言激論相尚，國本之爭，指斥宮禁。宰輔大臣為言者所彈擊，輒引疾避去。吏部郎顧憲成講學東林書院，海內士大夫多附之，「東林」之名自是始。既而「梃擊」、「紅丸」、「移宮」三案起，盈廷如聚訟。與東林忤者，眾目之為邪黨。天啟初，廢斥殆盡，識者已憂其過激變生。及忠賢勢成，其黨果謀倚之以傾東林。而徐大化、霍維華、孫傑首附忠賢，劉一燝及尚書周嘉謨並為傑劾去。然是時葉向高、韓爌方輔政，鄒元標、趙南星、王紀、高攀龍等皆居大僚，左光斗、魏大中、黃尊素等在言路，皆力持清議，忠賢未克逞......
魏忠賢憑藉跟熹宗乳母客氏的「對食」關係，成為皇帝身邊大紅人。比觀之下，東林諸君子不斷與皇帝過不去，最著者莫過於「移宮案」，《明史・熹宗本紀》：
時選侍李氏居乾清宮，吏部尚書周嘉謨等及御史左光斗疏請選侍移宮......己卯，選侍移仁壽殿。
李選侍撫養熹宗長大成人，試想熹宗會如何看待書周嘉謨、左光斗等東林黨人？
雙方矛盾在天啟四年 (1624 年) 激化，楊漣、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顧大章等「東林六君子」彈劾魏忠賢，熹宗不信，「六君子」反被魏忠賢指控收受熊廷弼 (遼東經略，因未有出兵救援王化貞，令廣寧城失陷。事後，熊因「失陷廣寧罪」被處死，袒護王化貞的魏忠賢乘機誣陷熊賄賂東林黨，迫害東林黨人) 賄賂，全收入詔獄拷打虐殺。
天啟六年 (1626 年)，高攀龍、周順昌、周起元、繆昌期、李應昇、周宗建、黃尊素等「東林七賢」遭魏忠賢誣陷貪污白銀十餘萬兩。高攀龍投水自盡，其餘六人被虐殺於詔獄中。
隨著東林黨被魏忠賢肅清，東林書院也保不住，除了先賢祠堂，全部拆毀。天下書院亦慘遭打擊。
黃宗羲《明儒學案・東林學案》：
今天下之言東林者，以其黨禍與國運終始，小人既資為口實，以為亡國由於東林，稱之為兩黨，即有知之者，亦言東林非不為君子，然不無過激，且依附者之不純為君子也，終是東漢黨錮中人物。嗟乎！此寱語也......數十年來，勇者燔妻子，弱者埋土室，忠義之盛，度越前代，猶是東林之流風餘韻也。一堂師友，冷風熱血，洗滌乾坤，無智之徒，竊竊然從而議之，可悲也夫！
只是「一堂師友」，卻各自用「熱血」面對殘酷的「冷風」，洗滌現實積重難返之「乾坤」，梨洲對東林諸君子可謂評價甚高。
(六) 晚明理學殿軍劉宗周絕食殉國
《明史・劉宗周傳》：
劉宗周，字起東，山陰人......時有昆黨、宣黨與東林為難。宗周上言：「東林，顧憲成講學處。高攀龍、劉永澄、姜士昌、劉元珍，皆賢人。於玉立、丁元薦，較然不欺其誌，有國士風。諸臣摘流品可也，爭意見不可；攻東林可也，黨昆、宣不可。」黨人大嘩，宗周乃請告歸......天啟元年，起儀制主事。疏言：「魏進忠導皇上馳射戲劇，奉聖夫人出入自由。一舉逐諫臣三人，罰一人，皆出中旨，勢將指鹿為馬，生殺予奪，制國家大命。今東西方用兵，奈何以天下委閹豎乎？」進忠者魏忠賢也，大怒，停宗周俸半年......至則忠賢逐東林且盡，宗周復固辭。忠賢責以矯情厭世，削其籍。
《明儒學案・蕺山學案》：
劉諱宗周，字起東，號念台，越之山陰人。萬曆辛丑進士。授行人。上疏言國本，言東林多君子，不宜彈射。請告歸。起禮部主事，劾奄人魏忠賢、保姆客氏，轉光祿寺丞。
宗周是同情東林諸君子，而不滿魏忠賢所作所為。
先生起自孤童，始從外祖章穎學，長師許敬菴......先生之學，以慎獨為宗，儒者人人言慎獨，唯先生始得其真......
《明儒學案・甘泉學案》：
許孚遠字孟仲，號敬菴，浙之德清人......自少為諸生時，竊慕古聖賢之為人，羞與鄉黨之士相爭逐。年二十四，薦於鄉，退而學於唐一菴之門。
唐一菴即唐樞，師事湛若水。宗周屬於理學集團。
明思宗即位，宗周留下一番話：
陛下求治之心，操之太急。醞釀而為功利，功利不已，轉為刑名；刑名不已，流為猜忌；猜忌不已，積為壅蔽。正人心之危，所潛滋暗長而不自知者。誠能建中立極，默正此心，使心之所發，悉皆仁義之良，仁以育天下，義以正萬民，自朝廷達於四海，莫非仁義之化，陛下已一旦躋於堯、舜矣。(《明史・劉宗周傳》)
切中崇禎一生㢢病，可惜崇禎不能用宗周。
他最後在順治二年 (1645 年) 絕食殉國。
明年五月，南都亡。六月，潞王降，杭州亦失守。宗周方食，推案慟哭，自是遂不食。移居郭外，有勸以文、謝故事者。宗周曰：「北都之變，可以死，可以無死，以身在田裏，尚有望於中興也。南都之變，主上自棄其社稷，尚曰可以死，可以無死，以俟繼起有人也。今吾越又降矣，老臣不死，尚何待乎？若曰身不在位，不當與城為存亡，獨不當與土為存亡乎？此江萬里所以死也。」出辭祖墓，舟過西洋港，躍入水中，水淺不得死，舟人扶出之。絕食二十三日，始猶進茗飲，後勺水不下者十三日，與門人問答如平時。閏六月八日卒，年六十有八。其門人徇義者有祝淵、王毓蓍。
黃宗羲是劉宗周的弟子。
(七) 結語
明代早期理學家，如吳與弼、陳獻章、胡居仁等，都選擇遠離政治。
自薛瑄起，理學家進入朝廷，與宦官及其背後的皇權對抗。
孝宗、武宗、世宗三朝，理學集團正式成形，偽學朋黨之批評亦始於此時。
陽明及其後學另闢蹊徑，著力民間覺醒，採「覺民行道」，遠離中央，奈何最終仍難逃書院被毀、講學被禁的厄運。
東林黨人重新走上「得君行道」，盼扶植光宗朱常洛，有所作為，豈知光宗猝死，他們終擺脫不掉偽學朋黨的罵名，更被大權閹魏忠賢迫得喪失性命。
劉宗周作為晚明理學殿軍，落得絕食殉國的下場，都算可憐！理學家 (相當於今日的知識分子) 不但無法蕩滌現實政治之污穢，反而被現實政治之污穢輾斃，不得善終。這是宋、明兩朝歷史的共性，也是中國歷史可悲可哀的一頁。
