劉仁軌原本擔任陳倉縣尉，其因被折衝都尉魯寧慢罵，於是杖殺魯寧。太宗知悉此事後，大為憤怒，下令斬殺仁軌。
初，陳倉折衝都尉魯寧坐事系獄，自恃高班，慢罵陳倉尉尉氏劉仁軌，仁軌杖殺之。州司以聞。上怒，命斬之。（資治通鑑卷一百九十五）
然而，太宗下斬殺令後，其心中之怒氣仍不可解，其於是召仁軌入京，打算當面責難他。
怒猶不解，曰：「何物縣尉，敢殺吾折衝！」命追至長安面詰之。（資治通鑑卷一百九十五）
仁軌至，對太宗述說杖殺之理由，在魏徵之提點下，太宗最後沒有殺仁軌，反對之加以擢升，任櫟陽丞。
仁軌曰：「魯寧對臣百姓辱臣如此，臣實忿而殺之。」辭色自若。魏徵侍側，曰：「陛下知隋之所以亡乎？」上曰：「何也？」征曰：「隋末，百姓強而陵官吏，如魯寧之比是也。」上悅，擢仁軌為櫟陽丞。（資治通鑑卷一百九十五）
仁軌為人正直敢言，其曾批評太宗獵事之不當，太宗對之日漸嘉許，不久，仁軌升為新安令。
上將幸同州校獵，仁軌上言：「今秋大稔，民收穫者才一二，使之供承獵事，治道葺橋，動費一二萬功，實妨農事。願少停鑾輿旬日，俟其畢務，則公私俱濟。」上賜璽書嘉納之，尋遷新安令。閏月，乙未，行幸同州；庚戌，還宮。（資治通鑑卷一百九十五）
