蕭瑀與同僚多不和，其曾批評房玄齡結黨營私，為太宗所不納，並勸誡道：「人不可以求備，必捨其所短，取其所長」。
特進同中書門下三品宋公蕭瑀，性狷介，與同寮多不合，嘗言於上曰：「房玄齡與中書門下眾臣，朋黨不忠，執權膠固。陛下不詳知，但未反耳。」上曰：「卿言得無太甚！人君選賢才以為股肱心膂，當推誠任之。人不可以求備，必捨其所短，取其所長。朕雖不能聰明，何至頓迷臧否，乃至於是！」（資治通鑑卷一百九十八）
蕭瑀不得意，因而多次忤旨，但太宗仍對之加以寬容，以其忠直居多故。
瑀內不自得，既數忤旨，上亦銜之，但以其忠直居多，未忍廢也。（資治通鑑卷一百九十八）
後來，蕭瑀自請出家，復又反悔，太宗於是借此為藉口，貶蕭瑀為商州刺史。
上嘗謂張亮曰：「卿既事佛，何不出家？」瑀因自請出家。上曰：「亦知公雅好桑門，今不違公意。」瑀須臾復進曰：「臣適思之，不能出家。」上以瑀對群臣發言反覆，尤不能平；會稱足疾不朝，或至朝堂而不入見。上知瑀意終怏怏，冬，十月，手詔數其罪曰：「朕於佛教，非意所遵。求其道者未驗福於將來，修其教者翻受辜於既往。至若梁武窮心於釋氏，簡文銳意於法門，傾帑藏以給僧示氐，殫人力以供塔廟。及乎三淮沸浪，五嶺騰煙，假餘息於熊蹯，引殘魂於雀鷇，子孫覆亡而不暇，社稷俄頃而為墟，報施之征，何其謬也！瑀踐覆車之餘軌，襲亡國之遺風；棄公就私，未明隱顯之際；身俗口道，莫辨邪正之心。修累葉之殃源，祈一躬之福本，上以違忤君主，下則扇習浮華。自請出家，尋復違異。一回一惑，在乎瞬息之間；自可自否，變於帷扆之所。乖棟樑之體，豈具瞻之量乎！朕隱忍至今，瑀全無悛改。可商州刺史，仍除其封。」（資治通鑑卷一百九十八）
