太宗在位晚期，面對著不同種類的問題。其中一個問題為官員貪污。
太宗曾設置「朝集使」。所謂「朝集使」，是指歲首親奉貢物入京師的地方長官。太宗初未嘗設邸予「朝集使」，直至貞觀十七年，太宗始命設邸。
先是，諸州長官或上佐歲首親奉貢物入京師，謂之朝集使，亦謂之考使；京師無邸，率僦屋與商賈雜居。上始命有司為之作邸。（資治通鑑卷一百九十七）
「朝集使」中每有貪贓枉法者，席辯即為其中一人。
滄州刺史席辯坐贓污，二月，庚子，詔朝集使臨觀而戮之。（資治通鑑卷一百九十七）
由太宗對待席辯之做法，可見其並不容許官員貪污。
不過，太宗雖嚴厲處分貪污官員，其對高祖一朝之遺臣卻仍然留有餘地。此作風在他處理黨仁弘時即可被看出。
高祖之入關也，隋武勇郎將馮翊黨仁弘將兵二千餘人，歸高祖於蒲板，從平京城，尋除陝州總管，大軍東討，仁弘轉餉不絕，歷南寧、戎、廣州都督。仁弘有才略，所至著聲跡，上甚器之。然性貪，罷廣州，為人所訟，贓百餘萬，罪當死。上謂侍臣曰：「吾昨見大理五奏誅仁弘，哀其白首就戮，方晡食，遂命撤案；然為之求生理，終不可得。今欲曲法就公等乞之。」十二月，壬午朔，上復召五品已上集太極殿前，謂曰：「法者，人君所受於天，不可以私而失信。今朕私黨仁弘而欲赦之，是亂其法，上負於天。欲席蒿於南郊，日一進蔬食，以謝罪於天三日。」房玄齡等皆曰：「生殺之柄，人主所得專也，何至自貶責如此！」上不許，群臣頓首固請於庭，自旦至日昃，上乃降手詔，自稱：「朕有三罪：知人不明，一也；以私亂法，二也；善善未賞，惡惡未誅，三也。以公等固諫，且依來請。」於是黜仁弘為庶人，徙欽州。（資治通鑑卷一百九十六）
另一個太宗面對的問題是「皇子為都督、刺史者多幼稚」。對此問題，太宗接納褚遂良之建議，留諸年幼皇子於京師。
時皇子為都督、刺史者多幼稚，遂良上疏，以為：「漢宣帝云：『與我共治天下者，其惟良二千石乎？』今皇子幼稚，未知從政，不若且留京師，教以經術，俟其長而遣之。」上以為然。（資治通鑑卷一百九十六）
大臣之間的不和亦令太宗感到困擾。張亮和侯君集曾相互排詆，即其一例。
壬辰，以太子詹事張亮為洛州都督。侯君集自以有功而下吏，怨望，有異志。亮出為洛州，君集激之曰：「何人相排？」亮曰：「非公而誰！」君集曰：「我平一國來，逢嗔如屋大，安能仰排！」因攘袂曰：「鬱鬱殊不聊生！公能反乎？與公反！」亮密以聞。上曰：「卿與君集皆功臣，語時旁無它人，若下吏，君集必不服。如此，事未可知，卿且勿言。」待君集如故。（資治通鑑卷一百九十六）
平等對待每個臣屬，此可謂乃太宗處理大臣不和之唯一方法。
早期追隨太宗之大臣、將領相繼離世。
（貞觀十六年）冬，十月，丙申，殿中監郢縱公宇文士及卒。上嘗止樹下，愛之，士及從而譽之不已，上正色曰：「魏徵常勸我遠佞人，我不知佞人為誰，意疑是汝，今果不謬！」士及叩頭謝。（資治通鑑卷一百九十六）
新晉大臣水平參差，致令太宗中後期之施政每有不如前的地方。慶幸的是，太宗此時仍有仁心。其仍願意修改不人道之刑法。
刑部以反逆緣坐律兄弟沒官為輕，請改從死。敕八座議之，議者皆以為「秦、漢、魏、晉之法，反者皆夷三族，今宜如刑部請為是。」給事中崔仁師駁曰：「古者父子兄弟罪不相及，奈何以亡秦酷法變隆周中典！且誅其父子，足累其心，此而不顧，何愛兄弟！」上從之。（資治通鑑卷一百九十六）
對於雙親之死，太宗亦始終耿耿於懷，悶悶不樂。
（貞觀二十年）癸未，上謂長孫無忌等曰：「今日吾生日，世俗皆為樂，在朕翻成傷感。今君臨天下，富有四海，而承歡膝下，永不可得，此子路所以有負米之恨也。《詩》云：『哀哀父母，生我劬勞。』奈何以劬勞之日更為宴樂乎！」因泣數行下，左右皆悲。（資治通鑑卷一百九十八）
房玄齡雖有微小之過失，但太宗以其有數十年之功勳，仍未有對之加以懲處。
房玄齡嘗以微譴歸第，褚遂良上疏，以為：「玄齡自義旗之始翼贊聖功，武德之季冒死決策，貞觀之初選賢立政，人臣之勤，玄齡為最。自非有罪在不赦，搢紳同尤，不可遐棄。陛下若以其衰老，亦當諷諭使之致仕，退之以禮；不可以淺鮮之過，棄數十年之勳舊。」上遽召出之。頃之，玄齡復避位還家。久之，上幸芙蓉園，玄齡敕子弟汛掃門庭，曰：「乘輿且至！」有頃，上果幸其第，因載玄齡還宮。（資治通鑑卷一百九十八）
貞觀二十一年（丁未，公元六四七年）春，正月，高士廉病逝。太宗竟不顧自身久病初癒，放聲慟哭。即使長孫無忌進諫，太宗仍未止息。
（貞觀二十一年）春，正月，開府儀同三司申文獻公高士廉疾篤；辛卯，上幸其第，流涕與訣；壬辰，薨。上將往哭之，房玄齡以上疾新愈，固諫，上曰：「高公非徒君臣，兼以故舊姻戚，豈得聞其喪不往哭乎？公勿復言！」帥左右自興安門出。長孫無忌在士廉喪所，聞上將至，輟哭，迎諫於馬首曰：「陛下餌金石，於方不得臨喪，奈何不為宗廟蒼生自重！且臣舅臨終遺言，深不欲以北首、夷衾，輒屈鑾駕。」上不聽。無忌中道伏臥，流涕固諫，上乃還入東苑，南望而哭，涕下如雨。及柩出橫橋，上登長安故城西北樓，望之慟哭。（資治通鑑卷一百九十八）
太宗既有仁心，又能「順眾人之所欲」，其終可「取古人所不能取，臣古人所不能臣者」。
辛卯，上曰：「朕於戎、狄所以能取古人所不能取，臣古人所不能臣者，皆順眾人之所欲故也。昔禹帥九州之民，鑿山槎木，疏百川注之海，其勞甚矣，而民不怨者，因人之心，順地之勢，與民同利故也。」（資治通鑑卷一百九十八）
最後，讓我們以太宗自白成功心得，來結束本章。
庚辰，上御翠微殿，問侍臣曰：「自古帝王雖平定中夏，不能服戎、狄。朕才不逮古人而成功過之，自不諭其故，諸公各率意以實言之。」群臣皆稱：「陛下功德如天地，萬物不得而名言。」上曰：「不然。朕所以能及此者，止由五事耳。自古帝王多疾勝己者，朕見人之善，若己有之。人之行能，不能兼備，朕常棄其所短，取其所長。人主往往進賢則欲置諸懷，退不肖則欲推諸壑，朕見賢者則敬之，不肖者則憐之，賢不肖各得其所。人主多惡正直，陰誅顯戮，無代無之，朕踐祚以來，正直之士，比肩於朝，未嘗黜責一人。自古皆貴中華，賤夷、狄，朕獨愛之如一，故其種落皆依朕如父母。此五者，朕所以成今日之功也。」顧謂褚遂良曰：「公嘗為史官，如朕言，得其實乎？」對曰：「陛下盛德不可勝載，獨以此五者自與，蓋謙謙之志耳。」（資治通鑑卷一百九十八）
細言之，太宗以為自己成功之道有五：
一、 「見人之善，若己有之」
二、 「棄其所短，取其所長」
三、 「見賢者則敬之，不肖者則憐之，賢不肖各得其所」
四、 「正直之士，比肩於朝，未嘗黜責一人」
五、 「自古皆貴中華，賤夷、狄，朕獨愛之如一，故其種落皆依朕如父母」
