研究太平天國，楊秀清是不可忽略的人物。據《清史稿・洪秀全傳》：
洪秀全，廣東花縣人……旋偕雲山傳教至廣西，居桂平。時秀全妹壻蕭朝貴及楊秀清、韋昌輝皆家桂平，與相結納。
洪秀全、馮雲山皆非廣西人，他們在廣西傳教而信徒急增，廣西桂平人楊秀清是其中一個幫忙發揮作用的關鍵，其次則為蕭朝貴和韋昌輝。
初，粵西歲饑多盜，湖南雷再浩、新寧李沅發復竄入為亂。粵盜張家福等各率黨數千，四出俘劫。秀全乘之，與楊秀清創立保良攻匪會，練兵籌餉，歸附者益眾。桂平知縣誘而執之，搜獲入教名冊十七本；巡撫鄭祖琛不能決，遂釋之。秀全既出獄，秀清率眾迎歸，招集亡命，貴縣秦日綱、林鳳祥，揭陽海盜羅大綱，衡山洪大全皆來附，有眾萬人。
拜上帝會的吸引力，並非來自教義，而是因為其能保障廣西老百姓，特別是低下層的實際生活。
洪秀全以外地人身份、一介布衣，竟可組「保良攻匪會」，建立地方武裝，對抗盜賊，楊秀清出力不少，居功厥偉。
楊秀清這個人，有軍事組織能力，也有能號召民眾的本事，「秀清率眾迎歸，招集亡命」竟得萬人之多，有朝天國建立，其對洪必構成潛在威脅。
金田起事後，太平軍絕不順利，時遭清兵圍剿，士氣受損。
寇分二路東走藤，北犯永安，陷之，遂僭號太平天國。秀全自為天王，妻賴氏為后，建元天德。以秀清為東王，軍事皆取決，蕭朝貴西王，馮雲山南王，韋昌輝北王，石達開翼王，洪大全天德王；秦日綱、羅亞旺、範連德、胡以晃等四十八人任丞相、軍師偽職。時官軍勢勝，寇知不可敵，有散志。秀清獨建策封王以羈縻之，勢燼而復熾。
楊秀清很懂得群眾心理，知道大家參與起事是為了什麼。太平天國建立，本來是一場利益的結合，全無宏大理想可言。秀清建策成就永安封王，救太平軍於一時，卻無助天國長遠發展。到得略有所成，必瓜分豆剖，你爭我奪，內鬥勢難避免。
時大雨如注，烏蘭泰提精卒入山，山路濘滑，寇乘我軍陣未定，短兵沖突，遂大敗。秀全從楊秀清謀，由瑤山、馬嶺間道徑撲桂林。烏蘭泰率敗卒追之城南將軍橋，受重創，卒於軍。
此見楊有軍事謀略，使清兵受挫。
咸豐元年 (1851 年) 閏八月永安封王，次年南王馮雲山、西王蕭朝貴戰死，太平軍進攻長沙不成，反而令天國領導層受到打擊。
馮雲山、羅大綱先驅陷興安、全州，將順流趨長沙。浙江知縣江忠源御之蓑衣渡，馮雲山中砲死，寇退走道州。道州俗悍，多會匪，所至爭為效死，勢復張。六月，陷江華、寧遠、嘉禾。七月，陷桂陽州，江忠源躡至，一戰走之，趨郴州。蕭朝貴以膽智自豪，謂群寇遲心耎，又詗長沙守兵單，可襲而取也，乃率李開芳、林鳳祥由永興、茶陵、醴陵趨長沙，設幕城南。八月，蕭朝貴攻南門，官兵擊之，殪，尸埋老龍潭，後起出梟其首。
轉攻漢陽、武昌，令太平軍得已沿長江東下，攻陷江寧 (即今天的南京，又名金陵)，仍是楊秀清的功勞。
寇入長江，旬日間奪五千艘，婦孺貨財盡驅之滿載。秀全駕龍舟，樹黃旗，列巨砲，夜則張三十六燈，他船稱是，數十里火光不絕如晝，遂東下，十一月，陷漢陽。十二月，攻武昌。時楊秀清司軍令，李開芳、林鳳祥、羅大綱掌兵事。值武漢二江屆冬水涸，乃擄船作浮橋，環以鐵索，直達省城，分門攻之……地雷發，城遂陷。
武昌的軍事重要性，顧祖禹說得很清楚，《讀史方輿紀要・湖廣方輿紀要序》：
夫武昌者，東南得之而存，失之而亡者也……孫權知東南形勝必在上流也，於是城夏口，都武昌。武昌則今縣也，而夏口則今日之武昌也。繼孫氏而起者，大都不能改孫氏之轍矣。故曰重在武昌也。
咸豐三年 (1853 年)，江寧城破，花了不足一年時間。定都天京後，洪秀全雖在名義上為太平天國最高統治者，但實際操縱大小事務的人，為楊秀清。
楊秀清雖在軍，而金陵之事一決於己，驛騎絡繹，多稽時日。
秀全益深居不出，軍事皆決於秀清，文報先白其府，刑賞黜陟皆由之，出諸偽王上。如韋昌輝、石達開雖同起草澤，比於裨將。
初，秀全定都金陵，一切文武之制，悉由偽東王楊秀清手定。
太平軍當時有兩條戰線，一是北上進犯河南、河北 (北伐)，一是向西進攻江西 (西征)。
楊秀清遣偽丞相吉文元由浦口竄亳州，偕林鳳祥陷永城，犯開封。省官兵擊破之，又敗之汜水。寇奔黃河渡口，溺死無算。楊秀清遣偽豫王胡以晃陷安慶，又遣偽丞相賴漢英、石祥禎攻九江、湖口，進圍南昌。湖北按察使江忠源馳援江西，入城固守。鳳祥等自汜水敗退，犯鄭州、滎陽。六月，圍懷慶，以地道攻城，不克…..寇之圍懷慶也，立木柵為城，深溝高壘，我兵相持幾至六旬。訥爾經額親督諸將分五路攻壘，毀其木柵，斃敵酋吉文元。鳳祥受重創，解圍而遁，河北肅清。
北伐軍無功而還，西征卻略見成績。據史書記載，
湖北按察使江忠源馳援江西，入城固守……楊秀清遣胡以晃率黨十餘萬攻廬州，巡撫江忠源晝夜抵御，以眾寡不敵，城陷，死之……賊乘勝遂陷漢陽……秀清復遣石祥禎會漢、黃寇黨溯江直上，陷岳州，溯流至銅官渚，逼近長沙。
惟天京有一隱憂，即向榮「江南大營」的虎視眈眈 (兵力一萬人，在南京城東孝陵衛駐紮)。
向榮軍孝陵衛，稱江南勁旅，秀清憂之，既克武昌，遂馳還金陵，命石達開代守武漢。
面對向榮手上精銳，楊秀清不敢硬碰，選擇以退為進。
向榮分兵四隊擊之，斃其偽國宗韋得玲、偽檢點陳贄見、偽將軍李長有、偽總制吳春和，遂復府城。楊秀清自率戰，圍軍不利，三路皆潰；退入城，謂韋昌輝等曰：「江南大營不走，吾輩無安枕日矣！現其勢方銳，不可敵也。當乘其罷徐圖之。」
果然，隨著時日推移，「江南大營」出現糧食不足、兵力分散、士氣低落等問題。這給楊秀清去除心腹大患的良機。
當是時，向榮、張國樑負眾望，稱江南勁旅。然頻年征戰，餽餉乖時 (運輸糧食頗費時日)，士卒常忍饑赴敵，頗缺望，又分兵四出，所部兵力過單。楊秀清知可乘，請於秀全，定夾攻大營之策。五月，密約吳如孝率鎮江寇自東而西，拊大軍之背；金陵寇自西而東與相應，更命溧水、金柱關諸寇旁出橫截。秀清自率勁旅出廣濟門，先遣賴漢英率紫荊山諸黨攻七橋甕以挑之。向榮、張國樑狃常勝，並力截殺，漢英忽少卻，向榮益策大軍赴敵。吳如孝以鎮江黨突薄之，大營空虛，守兵驚散。向榮見大營火起，退無所據，軍立潰。寇數路乘之，大軍死傷遍地。國樑獨以身翼榮出，稍收敗卒退保丹陽。寇築壘圍之，向榮以病不能進，乃以軍事付國樑，一慟而絕。
向榮之死及「江南大營」的瓦解，令楊秀清立有不世之功。
向榮既死，寇舉酒相慶，頌秀清功……大營既潰，南京無圍師。秀清自以為功莫與京，陰謀自立，脅秀全過其宅，令其下呼萬歲。秀全不能堪，因召韋昌輝密圖之。
「逼封萬歲」事件，發生在去除「江南大營」、解去天京之圍後，為楊秀清最意氣風發之時。
洪秀全動殺機，他選中了與楊有嫌隙的韋昌輝作為合作夥伴，整個殺害楊秀清的過程，更似是一精心部署的刺殺行動，韋昌輝事前與洪秀全取得共識，假裝賀喜楊進封萬歲，乘機拔刀刺殺，繼而宣告楊意圖謀反。
昌輝自江西敗歸，秀清責其無功，不許入城；再請，始許之。先詣秀全，秀全詭責之，趣赴偽東王府請命，而陰授之計，昌輝戒備以往。既見秀清，語以人呼萬歲事，昌輝佯喜拜賀，秀清留宴。酒半，昌輝出不意，拔佩刀刺之，洞胸而死。乃令於眾曰：「東王謀反，吾陰受天王命，誅之。」因出偽詔，糜其尸咽群賊，令閉城搜偽東王黨殲焉。東黨恟懼，日與北黨相鬥殺，東黨多死亡逃匿。
東王雖死，洪秀全仍擔心東王殘餘勢力死灰復燃，竟借杖打韋昌輝，設局聚殲東王黨羽。
秀全妻賴氏曰：「除惡不盡，必留後禍。」因說秀全詭罪昌輝酷殺，予杖，慰謝東黨，召之來觀，可聚殲焉。秀全用其策，而突以甲圍殺觀者。東黨殆盡，前後死者近三萬人。
《清史稿》記秀全妻子獻此毒計，但洪為人無猜疑之心，亦未必能成事。大屠殺的結果是太平天國人才凋零，北王坐大，洪秀全剷除一眼中釘，又迎來一新威脅。
時石達開在湖北洪山，黃玉崑在江西臨江，聞亂趨歸。達開頗誚讓 (譴責) 昌輝，昌輝怒，將並圖之。達開縋城走寧國，昌輝悉殺其母妻子女。秀全責以太過，昌輝負誅秀清功大，不服，率其黨圍攻偽天王府，秀全兵拒敗之。昌輝遁，渡江為邏者所獲，縛送金陵磔之，夷其族，傳首寧國。甘言召達開回，既至，或謂達開兵眾功高，請留之京師，解其兵柄，否則又一楊秀清也。秀全心動，乃命如秀清故事輔朝政。達開危懼不自安，其黨張遂謀曰：「王得軍心，何鬱鬱受人制？中原不易圖，曷入川作玄德，成鼎足之業？」達開從之，乃還走安徽，約陳玉成、李秀成偕行，二人不從，益不能還金陵。於是始起事諸悍黨略盡，乃以偽春官正丞相蒙得恩為正掌率，調度軍事；偽成天豫陳玉成為右正掌率，偽合天侯李秀成為副掌率，兵事專屬秀成、玉成，均聽蒙得恩節制；而內政則秀全兄弟偽安王洪仁發、偽福王洪仁達操之。
如上所言，北伐軍受挫後，太平天國剩餘的軍事力量，一為楊秀清手上用以對抗「江南大營」的部隊，一為西征軍。楊返天京前，將西征軍交石達開。石達開有條件不屑韋昌輝，除了是彼此當初一同起事，更重要是他手握兵柄。
韋昌輝誅滅東王及其黨羽，勝利沖昏頭腦。他對洪秀全也存有錯誤估算，以為洪會對他信任，豈料誅殺石達開母親、妻子、兒女後，洪不但不保他，反而予以譴責。從洪的角度，亦很容易理解，石達開正在統領天國的西征前線部隊！惟韋昌輝見此，心生不忿，謀反不成身死，是自食惡果。
東王府遭肅清，但天京事變的後遺症實在太大，洪秀全連石達開都不相信，覺得他會擁兵自重，走楊秀清的舊路。猜疑至極，是導致石達開率精銳離開天京。陳玉成、李秀成雖為新一輩中有軍事才幹者，卻受蒙得恩節制，內政洪秀全用人唯親，交兄弟洪仁發、洪仁達把持，軍事、政治走下坡路，太平天國怎能維持？
以上主要引述《清史稿・洪秀全傳》見出楊秀清在太平天國的創立及維持中擔當關鍵角色。今再就《李秀成供狀》關於東王的論述，印證楊秀清的重要。
所知事者，欲立國者，深遠圖者，皆東王楊秀清、西王蕭朝貴、南王馮雲山、北王韋昌輝、翼王石達開、天官丞相秦日昌六人，除此未有人知道天王欲立江山之事。
據此可知金田起事，楊秀清是其中一位知情人士，不排除有份策劃及執行。
東王楊秀清住在桂平縣平隘山，在家種山燒炭為業，並不知機。自拜上帝之後，件件可悉，不知天意如何化作此人。天王信用，一國之事，概交與他，軍令嚴整，賞罰分明。
撇開拜上帝後智力大開等神怪說法，楊秀清能號召群眾，有動員力，全因他本身亦來自低下階層，為一燒炭工人。洪秀全信用楊秀清，未必心甘情願，多少有點迫於無奈 (洪是書生兼廣東人，與廣西基層有隔閡)。要之，楊秀清確有軍事組織能力，「軍令嚴整，賞罰分明」即為證據。
一攻破漢陽，得漢口，困武昌，然後開道破城，此是東王掌令，李開芳、林鳳祥、羅大綱掌兵，攻打二十餘日而破武昌……東王、北王、翼王、天官丞相以及羅大綱、賴漢英等帶領水軍，得了安慶。未派兵守，趕下江南，將南京四面圍困，七日破鳳儀門 (南京城牆內城城門之一)，開道破城而進。
此時天王與東王尚欲分兵鎮守江南，欲取河南為業。後有一老年駕東王坐船之湖南水手，大聲揚言，親稟東王，不可往河南，云：「河南河水小而無糧，敵困不能救解。今得江南，有長江之險，又有舟只萬千。南京乃帝王之家，城高池深，民富食足，尚不立都而往河南何也？」他又云：「河南雖系中州之地，只稱穩險，其實不及江南，請東王思之。」後東王復想見這老水手之言，故而未往，遂移天王駕入南京，後改為天京。
此見沿江東下奪取天京的軍事行動，以及天京的命名，皆有楊秀清身影。
開立軍伍，整立營規，東王佐政，事事嚴整，立法安民，半南京城內男女分別男行女行，百工亦是歸行，願隨營者隨營，不願隨營者各歸民家。出城門去者，准手力拿，不准擔挑。男與女不得交談，母子不得並言，嚴嚴整整，民心佩服。安民者出一嚴令，凡安民之地，何官何兵，敢入民房者斬不赦，法律嚴，故癸丑年間上下戰功利，民心服。
太平天國定都天京後，早期的政治軍事編制，還有井然有序的局面，都來自楊秀清設計與付出。
東王令嚴，軍民怕，東王自己威風張揚，不知所忌，一朝之大，是首一人。北王韋昌輝與翼王石達開、秦日昌，是齊心在家計議起事之人，後東王威逼大過，此三人積怨於心，口順而心怒，後被北王將東王殺害，原是北王與翼王二人密議。因東王為天王信任，權太重，要逼天王封其萬歲。那時權柄皆在東王一人手上，不得不封。北翼兩王不服，密方殺東王一人。不料北王更將東王統下親戚、屬員、文武大小男婦盡行殺淨，是以翼王怒之。在湖北洪山營中，同曾錦兼、張瑞謀趕回金都，計及免殺之事。不意北王頓起他心，又要將翼王殺害。後翼王得悉此事，吊城由南西門而出，走上安省，計議報仇。此時北王將翼王全家殺了。後移洪山之軍救寧國。北王在朝，不分清白，亂殺文武大小男女，勢逼大重。後來各眾內外，並合朝同心，將北王殺之，人心乃定。後北王首級，解至寧國，翼王親看，果是不差。後翼王回京，合朝同舉翼王機理政務，眾人歡悅，主有不樂之心，專用安福兩王。安王即是王長兄洪仁發，福王即次兄洪仁達，主用二人，朝中之人，甚不歡悅。此人又無才情，又無算計，一味古執，誠實天性，與我天王一般之意，挾制翼王。是以翼王與安福王三人結怨，被忌壓制出京，今而遠征未肯回者，因此之由也。
李秀成不願承認洪秀全猜疑楊秀清，置楊於死地，故傾向相信天京事變是由北王、翼王聯合發動。不過，雖則如此，他仍認為東王自恃功高，傲慢專橫，加上執法嚴苛，致使軍民有怨言，是其被殺之主因。
自幼生在廣西梧州府藤縣寧風縣，五十七都長恭時新旺村人氏，父李世高，母陸氏，一路自粵西而來。我本為兵，前之內政，俱不經我手。後至南京破城之後，那時我已隨春官丞相胡以晃理事。那時冬，東王有令，要在各衙門之中，舉出軍帥一員，帶領新兵。後經東王保我為右四軍帥，守把太平門外親營，此是癸丑年之間。
李秀成由小兵成為軍帥，楊秀清提拔、賞識發揮作用。楊有知人之明，慧眼識英雄。
綜上所述，無論在聚眾起事，乃至連串軍事行動、太平天國的立規定制，楊秀清都有不可磨滅的功勞和貢獻。洪秀全把他剷除，情有可原，卻與自毀長城無異。至於有石達開而不能用，專用親信，秀清雖死，夢魘仍在，李秀成、陳玉成終鬱鬱不得志，太平天國也回天乏術。
