明末，江南官紳經常欠錢糧稅餉，偏偏江南財賦佔國家總體收入一半，順治十六年
(1659 年)，清廷立例規定，凡江南官紳欠錢糧稅餉者，必予以懲罰，但問題未有改善。
順治十八年
(1661 年)，情況越來越嚴重。江寧巡撫朱國治決定把江南錢糧之逋欠，分為宦欠、衿欠、役欠等，一一造冊清查。凡紳衿有欠糧者，無論多寡，皆以「抗糧」為名絀籍或逮捕。結果屬蘇州府、松江府、常州府、鎮江府的進士、舉人、貢監生員一萬三千五百一十七人，遭受鞭笞，衣冠掃地。吳偉業、徐乾學等亦不能免。
由於造冊時間倉促，未有認真核查，不乏誣陷冒名之冤案。歷經奏銷案，兩江士紳得全者無幾。韓世琦不久奉命至蘇州，接替朱國治處理江南錢糧事務。「三藩之亂」時，奏銷案禁令始放寬。
通海案的「通海」指「通聯海寇
(明鄭政權)」。順治十六年，鄭成功派兵入長江，打算支援在雲貴的永曆帝，奈何事敗。有一無賴孔元章，敲詐魏耕、錢纘曾未遂，惱羞成怒，竟向清廷告發魏、錢等通海。楊賓《魏雪竇傳》：
江陰僧孔元章，本無賴子，每假氣節取人財。遇耕西湖，一言投契，耕告以意所欲為。元章索三百金為延覽計，耕曰：「余安得此？然纘曾、廷聰輩皆富於貲，可取而得也。」既於曹侍郎溶所，聞其偽，悔之。而元章索之急，至相詬詈，耕怒，批其頰。元章輒詐為耕札，抵纘曾、廷聰索銀。纘曾覺其詐，命奴撻之。廷聰則以屬吏，責而逐焉。元章乃發忿蓄髮，變衣冠，之鎮江將軍告密。
適值清廷鎮壓江浙一帶反清復明活動，金壇縣令任體坤謊稱金壇士民造反納降，王重、袁大受與之聯合，誣陷蔡默、于厚、周生等十名儒生，又誣告富紳于元凱。順治帝特命戶、刑兩部侍郎與江寧巡撫朱國治一併審訊。朱國治拘捕王重、任體坤等入獄，蔡默、于厚、周生等被釋回。
康熙元年
(1662 年) 六月，魏耕、錢纘曾等因通海罪被殺。于元凱被孝莊皇太后赦免後，不知去向。
計六奇《明季南略》：
金壇因海寇一案，屠戮滅門，流徙遣戍，不止千餘人。
可見是次案件牽連甚廣。
哭廟案發生於順治十八年。且說順治帝駕崩，府衙設靈舉哀痛哭三日。新任吳縣縣令任維初，私取公糧三千餘石，又逮捕交不出補倉糧的老百姓。以金聖歎為首的幾名秀才，因同情老百姓遭遇，到哭靈場所控告縣官，矛頭直指包庇下屬的巡撫朱國治。
金聖歎撰＜哭廟文＞，號召群眾哭廟抗議，他本人卻未有到場。朱國治大怒，當場逮捕倪用賓等多人，未幾金聖歎也被捕。朱以金聖歎為首犯，冠以「搖動人心倡亂，殊於國法」之罪。最後金聖歎、倪用賓等被判死。
計六奇《辛丑紀聞》：
至辰刻，獄卒於獄中取出罪人，反接，背插招旌，口塞栗木，挾走如飛。親人觀者稍近，則披甲者槍柄刀背亂打。俄爾炮聲一震，一百二十一人皆斃死。披甲者亂馳，群官皆散。法場之上，惟血腥觸鼻，身首異處而已。
金聖歎最廣為人知的事，是評點《水滸傳》、《西廂記》及杜甫諸家唐詩，並削《水滸傳》後半部招安情節，令百回本變成七十回，一般認為新版本節奏較明快緊湊。
《研堂見聞雜記》指「江南三大案」是「朝廷有意與世家有力者為難，以威劫江南人也。」
