秦自商鞅變法，採用法家作為官方意識形態，至始皇而未變。法家講急耕厲戰，講速效，講優勝劣敗，在戰國的賽場適用，卻不太合宜於大一統的國度。大病初癒，更重要是固本培元，休養生息。農民回到田裡耕作，商人繼續做他們的生意，政府盡量減少插手、干預，這才是應該的。奈何秦對道家黃老治術、西方自由主義的洞見無領悟，只知一味將速效原則、監控系統、軍事化組織轉移向內用，以往是對外征戰，現在是向內從事各項大型建設。「攻守之勢」變異，但「仁義」仍舊「不施」，此對被統治的老百姓來說，自然是滿腔怨氣。
秦另一個問題是以力假人，無法使人心服。始皇出兵橫掃六國，夠威風了，但六國貴族及後人仍在，他們會善罷甘休嗎？張良託大力士行刺始皇，張良便是韓國貴族。項梁、項羽起兵反秦，二人俱為楚國貴族項燕之後。六國貴族忍辱負重，處心積累，始皇焉有不知之理？忌憚慢慢轉成猜疑，於是有焚書坑儒的舉措。
《史記・秦始皇本紀》：
臣請史官非秦記皆燒之。非博士官所職，天下敢有藏詩、書、百家語者，悉詣守、尉雜燒之。有敢偶語詩書者棄市。以古非今者族。吏見知不舉者與同罪。令下三十日不燒，黥為城旦。所不去者，醫藥卜筮種樹之書。若欲有學法令，以吏為師。
這是著名的焚書令。
始皇聞亡，乃大怒曰：「吾前收天下書不中用者盡去之。悉召文學方術士甚眾，欲以興太平，方士欲練以求奇藥。今聞韓眾去不報，徐市等費以巨萬計，終不得藥，徒姦利相告日聞。盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。諸生在咸陽者，吾使人廉問，或為訞言以亂黔首。」於是使御史悉案問諸生，諸生傳相告引，乃自除犯禁者四百六十餘人，皆阬之咸陽，使天下知之，以懲後。益發謫徙邊。始皇長子扶蘇諫曰：「天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安。唯上察之。」始皇怒，使扶蘇北監蒙恬於上郡。
坑儒事件指此。
何以要燒六國史冊？是為了避免有人借古諷今。何以要禁詩、書、百家語？是為了避免有人指桑罵槐。摧毀文字載體還不夠，尚要將傳承六國歷史、詩、書、百家語的儒生坑埋，六國反撲的潛力都算大！始皇疑慮亦甚深！胡適指被坑儒生皆為方士，不盡準確，當時在咸陽的，很多是齊國稷下學宮的學者及其門人弟子，荀子曾三任稷下學宮的祭酒。
秦初置博士官，本欲吸納齊國稷下諸儒，及至焚坑之禍，大批儒生流落民間。始皇下逐客令，也使原在秦廷的外國客卿回到民間。這些儒生、客卿與六國貴族、平民百姓匯合為一，趁始皇初死而發難，反秦烈火遂一發不可收拾。
