(一) 宇宙論：氣化宇宙論的發展與確立
賈誼是西漢文帝時期人。他曾說：
德有六理。何謂六理，道德性神明命，此六者德之理也。六理無不生也。已生而六理存乎所生之內。是以陰陽天地人，盡以六理為內度。內度成業，故謂之六法。六法藏內，變流而外遂。外遂六術，故謂之六行。是以陰陽各有六月之節，而天地有六合之事，人有仁義禮智聖之行，行和則樂，與樂則六，此之謂六行。陰陽天地之動也，不失六行，故能合六法。人謹修六行，則亦可以合六法矣。然而人雖有六行，微細難識，唯先王能審之。凡人弗能自至，是故必待先王六教，乃知所從事。是以先王為天下設教，因人所有，以之為訓。道 (導) 人之情，以之為真。是故內法六法，外體六行。以與 (興)《詩》、《書》、《易》、《春秋》、《禮》、《樂》六者之術，以為大義，謂之六藝......(《新書・六術》)
徐復觀有以下的解釋：
道是未分化而周流不息之「一」。道創生萬物，便分化凝聚而為「德」。賈誼之所謂理，據《道德說篇》，乃條理之理，對道之「混成」狀態而言。「德有六理」是說德的自身，含有「道、德、性、神、明、命」等六理。六理是德自身的條理。就體言之稱為德，條理言之則稱為理。此處之理與德，是等同的。道凝聚分化而為德，德中仍有道。德可條理為六理，六理中仍有德，否則失掉了它的本性。所以六理中仍有道德在裡面......「六理無不生也」，即是六理會創生一切。已生而六理即存乎所生之內......「內度」，是指存於生命之內的法度......「內度成業，故謂之六法」，「成業」，是指內度可以成為事業；因其可成為事業，而非僅潛存於生命內之理，所以又稱之為六法......外遂則為六術，此六術皆表現於人的行為，「故謂之六行」。六行也是對術的解釋。六術六行，是六理六法向行為上的落實，亦即是由內在之德，向客觀世界的落實。陰陽的六行，表現為六月之節，天地則表現為六合之事，而人六行的內容是「仁義禮智聖」，再加上「樂」。(《兩漢思想史・卷二》)
另外，賈誼又說：
道冰 (凝) 而為德，神載於德，德者道之澤也。道雖神，必載於德，而頌 (容) 乃有所因以發動變化而為變。
性者，道德造物，始有形，而道德之神，專而為一氣，明其潤益厚矣。濁而胶相連在物之中為物 (性)、莫 (性) 生氣，(氣) 皆集焉，故謂之性。(兩條見《新書・道德說》)
儘管已有「氣性」一觀念存胸中，賈誼並未仔細表出，傾向全以道、德之演化解釋萬物之出現及變化，五行在其思想中亦未被用上，這和後來漢儒大談陰陽五行有分別。
到了董仲舒，他明白地說：
天地之氣，合而為一，分為陰陽，判為四時，列為五行。(《春秋繁露・五行相生》)
仁貪之氣兩在於身。身之名取諸天，天兩，有陰陽之施。(《春秋繁露・深察名號》)
以元氣 (即天地之氣) 為首，分陰分陽，再具體化而為五行以解釋萬物之生成。
他更說：
臣聞，天者，群物之祖也......故聖人法天而立道，亦溥愛而亡私。(《漢書・董仲舒傳》)
春者，天之所以生也；仁者，君之所以愛也；夏者，天之所以長也；德者，君之所以養也；霜者，天之所以殺也；刑者，君之所以罰也。(《漢書・董仲舒傳》)
直接以形上的天作為人倫價值規範之根源，混淆了應然、實然兩層次。
《白虎通義》是東漢章帝建初四年 (公元 79 年) 召開的白虎觀會議的紀錄，是次會議由太常、大夫、博士、議郎、郎官及諸生、諸儒在白虎觀陳述見解，「講議五經異同」，意圖彌合今、古文經學。故此，《白虎通義》堪稱代表著東漢諸儒之想法。
《白虎通義・天地》：
始起之天，始起先有太初，後有太始，形兆既成，名曰太素。混沌相連，視之不見，聽之不聞，然後剖判清濁。既分，精出曜布，度物施生。精者為三光，號者為五行。行生情，情生汁中，汁中生神明，神明生道德，道德生文章。故《乾鑿度》云：「太初者，氣之始也。太始者，形兆之始也；太素者，質之始也。陽唱陰和，男行婦隨也。」
細分太初、太始、太素，是使氣化宇宙論更精密、更完備。
至於引《乾鑿度》：「陽唱陰和，男行婦隨也」，仍是以形上的天作為人倫價值規範之根源，跟董子沒兩樣。
(二) 心性論：材質性與認知心
賈誼以氣論性，詳見：
性者，道德造物，始有形，而道德之神，專而為一氣，明其潤益厚矣。濁而胶相連在物之中為物 (性)、莫 (性) 生氣，(氣) 皆集焉，故謂之性。(《新書・道德說》)
至於心，賈誼特別著重「心以虛為體，以術為用」。他說：
對曰：道者所從接物也。其本者謂之虛，其末者謂之術。虛者言其精微也，平素而無設儲也，術也者，所從制物也，動靜之數也。凡此皆道也。(《新書・道術》)
徐復觀解釋：
賈誼將道分解為虛與術，而以虛為本，以術為末。虛乃道在人心中的本來面貌，術乃道在人生中所發生的具體作用。若使用後來的體用兩詞，則就道體現於人心而言，虛是體而術是用。(《兩漢思想史・卷二》)
《新書・道術篇》又有以下一段文字：
曰：請問虛之接物何如？對曰：鏡儀 (正) 而居，無執不臧 (藏)，美惡畢至，各得其當。衡虛無私，平正而處；輕重畢懸，各得其所。明主者南面而正，清虛而靜，令名自宣，命物自定；如鑒之應，如衡之稱。有亹 (勉) 和之，有端隨之，物鞠其極，而以當施之，此虛之接物也。
虛為心之體，賈生以鏡言虛，則其以鏡喻心明矣。《荀子・解蔽》：
人何以知道？曰：心。心何以知？曰：虛壹而靜。心未嘗不臧也，然而有所謂虛；心未嘗不兩也，然而有所謂壹；心未嘗不動也，然而有所謂靜。人生而有知，知而有志；志也者，臧也；然而有所謂虛；不以所已臧害所將受謂之虛。心生而有知，知而有異；異也者，同時兼知之；同時兼知之，兩也；然而有所謂一；不以夫一害此一謂之壹。心臥則夢，偷則自行，使之則謀；故心未嘗不動也；然而有所謂靜；不以夢劇亂知謂之靜。未得道而求道者，謂之虛壹而靜。作之：則將須道者之虛則人，將事道者之壹則盡，盡將思道者靜則察。知道察，知道行，體道者也。虛壹而靜，謂之大清明。萬物莫形而不見，莫見而不論，莫論而失位。坐於室而見四海，處於今而論久遠。疏觀萬物而知其情，參稽治亂而通其度，經緯天地而材官萬物，制割大理而宇宙裡矣。恢恢廣廣，孰知其極？睪睪廣廣，孰知其德？涫涫紛紛，孰知其形？明參日月，大滿八極，夫是之謂大人。夫惡有蔽矣哉！
荀子之心為一認知心，以「虛壹而靜」、「大清明」為特徵。賈生亦強調人有認識、判斷等心知之明，且說：
德之理盡施於人。其在人也，內而難見，是以先王舉德之頌 (容) 而為辭語以明其理，陳之天下，令人觀焉，垂之後世，辯議以審察之以轉相告。是故弟子隨師而問受，博學以達其知，而明其辭以立其誠。
人雖有六行，微細難識......必待先王六教，乃知所從事。(兩條俱見《新書・六術》)
著重後天學習，其心當為認知心。
董仲舒言性，見以下兩條：
性之名非生與？如其生之自然之資謂之性。性者質也。(《春秋繁露・深察名號》)
人之誠 (實也，即由氣而成之實，即性也)，有貪有仁。仁貪之氣兩在於身。身之名取諸天，天兩，有陰陽之施。身之兩也，有貪仁之性。(《春秋繁露・深察名號》)
前一條以自然之質為性，後一條更明確反映性為氣性。
氣分陰陽，於是性有仁 (善) 貪 (惡)。董子說：
故性比於禾，善比於米。米出禾中，而禾未可全為米也。善出性中，而性未可全為善也。善與米，人之所繼天而成於外，非在天所為之內也。(《春秋繁露・深察名號》)
董子論「心」：
栣眾惡於內，弗使得發於外者，心也。故心之為名，栣也。(《春秋繁露・深察名號》)
「栣」者，禁也。以禁制人內在之種種惡念來界定「心」，董子分明對人性抱持不信任的態度。
心超越於性而浮在性之上，且可對性之惡端之顯發加以禁制，這明顯是「以心改性」的進路，同於荀子。
惟其不傾向講心之虛明靈覺義，亦不用鏡喻心，有別於賈誼。
劉向《說苑・建本》：
人之幼稚童蒙之時，非求師正本，無以立身全性。夫幼者必愚，愚者妄行；愚者妄行，不能保身，孟子曰：人皆知以食愈饑，莫知以學愈愚，故善材之幼者必勤於學問以修其性......夫學者，崇名立身之本也，儀狀齊等而飾貌者好，質性同倫而學問者智；是故砥礪琢磨非金也，而可以利金；《詩》、《書》壁立，非我也，而可以厲心。夫問訊之士，日夜興起，厲中益知，以分別理，是故處身則全，立身不殆，士苟欲深明博察，以垂榮名，而不好問訊之道，則是伐智本而塞智原也，何以立軀也？騏驥雖疾，不遇伯樂，不致千里；干將雖利，非人力不能自斷焉；烏號之弓雖良，不得排檠，不能自任；人才雖高，不務學問，不能致聖。水積成川，則蛟龍生焉；土積成山，則豫樟生焉；學積成聖，則富貴尊顯至焉。千金之裘，非一狐之皮；臺廟之榱，非一木之枝；先王之法，非一士之智也。故曰：訊問者智之本，思慮者智之道也。《中庸》曰：「好問近乎智，力行近乎仁，知恥近乎勇。」積小之能大者，其惟仲尼乎！學者所以反情治性盡才者也，親賢學問，所以長德也；論交合友，所以相致也。《詩》云：「如切如磋，如琢如磨」，此之謂也。
「勤於學問以修其性」，性是待修，則其為一材質性、自然之資。「勤於學問」旨在「修其性」，這是以心改性，心能學能問，當為認知心。
《說苑・辨物》一開首：
顏淵問於仲尼曰：「成人之行何若？」子曰：「成人之行達乎情性之理，通乎物類之變，知幽明之故，睹遊氣之源，若此而可謂成人。既知天道，行躬以仁義，飭身以禮樂。夫仁義禮樂成人之行也，窮神知化德之盛也。」《易》曰：「仰以觀於天文，俯以察於地理」，是故知幽明之故。夫天文地理、人情之效存於心，則聖智之府。
以完成義而非根源義看仁義，「天文地理、人情之效存於心」便是「聖智之府」，心明顯具有認知思慮能力，同於今人所言之理智。
揚雄說：
人之性也善惡混。修其善則為善人，修其惡則為惡人。氣也者，所以適善惡之馬也與？(《法言・修身》)
其也是以氣言性，性本身無善惡，有待後天的修養文飾。
又說：
學者，所以修性也。視、聽、言、貌、思，性所有也。學則正，否則邪。(《法言・學行》)
「學者，所以修性也」跟劉向「勤於學問以修其性」是一致的。
又說：
或問：「人何尚？」曰：「尚智。」(《法言・問明》)
智即認知心靈，以認知心靈的持續學習琢磨自然之材質性，使之為善。
《白虎通義・情性》：
情性者，何謂也？性者，陽之施；情者，陰之化也。人稟陰陽氣而生，故內懷五性六情。情者，靜也，性者，生也，此人所稟六氣以生者也。故《鉤命決》曰：「情生於陰，欲以時念也；性生於陽，以就理也。陽氣者仁，陰氣者貪，故情有利欲，性有仁也。」
這和董仲舒的講法沒有分別。
徐幹《中論・法象》：
夫法象立，所以為君子。法象者，莫先乎正容貌，慎威儀。是故先王之制禮也，為冕服采章以旌之，為珮玉鳴璜以聲之。欲其尊也，欲其莊也，焉可懈慢也！夫容貌者，人之符表也。符表正，故情性治；情性治，故仁義存；仁義存，故盛德著；盛德著，故可以為法象，斯謂之君子矣。
要「正容貌，慎威儀」，必先學習先王所制之禮。「正容貌，慎威儀」可治情性，則情性有未被治的狀態，此一情性為自然之質，為材質性。
《中論・治學》：
孤居而願智，不如務學之必達也。故君子心不苟願，必以求學；身不苟動，必以從師；言不苟出，必以博聞。是以情性合人，而德音相繼也......人雖有美質，而不習道，則不為君子。
強調後天學習，要博聞強記，要跟從師長，否則只有美質，不能成君子，心應為認知心，為智。
(三) 工夫論：聖王教化與勤勉學習
如上所引，賈誼說：
德之理盡施於人。其在人也，內而難見，是以先王舉德之頌 (容) 而為辭語以明其理，陳之天下，令人觀焉，垂之後世，辯議以審察之以轉相告。是故弟子隨師而問受，博學以達其知，而明其辭以立其誠。
人雖有六行，微細難識......必待先王六教，乃知所從事。(兩條俱見《新書・六術》)
董子則說：
天生民性有善質，而未能善，於是為之立王以善之，此天意也。民受未能善之性於天，而退受成性之教於王。王承天意，以成民之性為任者也......萬民之性苟已善，則王者受命尚何任也？......今萬民之性，待外教然後能善......(《春秋繁露・深察名號》)
又說：
聖人以為無王之世，不教之名，民莫能當善。善之難當如此，而謂萬民之性皆能當之，過矣。(《春秋繁露・深察名號》)
汲汲於肯定聖王教化是使人民為善之唯一方法，不相信人民能在未經教化之下為善。
劉向說：
勤於學問以修其性。
學者所以反情治性盡才者也，親賢學問，所以長德也；論交合友，所以相致也。(兩條見《說苑・建本》)
揚雄說：
學以治之，思以精之，朋友以磨之，名譽以崇之，不倦以終之，可謂好學也已矣。
孔子習周公者也，顏淵習孔子者也」、「有教立道，無止，仲尼。有學術業，無止，顏淵。(兩條俱見《法言・學行》)
二人皆重視後天勤勉學習聖王所教，離此工夫，不能為善。
徐幹談治學，亦重先王教化及後天積累：
學也者，所以疏神達思，治情理性，聖人之上務也......學者，心之白日也。故先王立教官，掌教國子，教以六德，曰：智、仁、聖、義、中、和；教以六行，曰：孝、友、睦、婣、任、恤；教以六藝，曰：禮、樂、射、御、書、數；三教備而人道畢矣。學猶飾也，器不飾則無以為美觀，人不學則無以有懿德。有懿德故可以經人倫，為美觀，故可以供神明。(《中論・治學》)
大體上，漢儒都是以知識的進路成就道德，有「泛認知主義」的弊病。
(四) 天降災異 (以天意窒君威 / 以天制君)
賈誼、揚雄皆不好言災異，屢言災異者，首為董仲舒。
《漢書‧董仲舒傳》有以下一段記載：
先是遼東高廟、長陵高園殿災，仲舒居家推說其意，草稿未上，主父偃候仲舒，私見，嫉之，竊其書而奏焉。上召視諸儒，仲舒弟子呂步舒不知其師書，以為大愚。於是下仲舒吏，當死，詔赦之，仲舒遂不敢復言災異。
險些玩出禍的背後，是讀書人面對絕對君權，抗拒無力之餘，但又想堅守儒家政治理念，批判現實政治，力求限制專制君主及其酷烈的刑法的善良用心。徐復觀說：「近代對統治者權力的限制，求之於憲法；而董氏則只有求之於天，這是形成他的天的哲學的真實背景。」(《兩漢思想史‧卷二》)
好言災異的還有劉向：
晉侯問於士文伯曰：「三月朔，日有蝕之，寡人學惛焉，詩所謂：『彼日而蝕，于何不臧』者，何也？」對曰：「不善政之謂也；國無政不用善，則自取謫於日月之災，故不可不慎也。政有三而已：一曰因民，二曰擇人，三曰從時。」(《說苑‧政理》)
《白虎通義‧災變》：
天所以有災變何？所以譴告人君，覺悟其行，欲令悔過修德，深思慮也。《授神契》曰：「行有玷缺，氣逆于天，情感變出，以戒人也。」
可見下迄東漢「天降災異 (以天意窒君威 / 以天制君)」仍是思想主流。
總括而言，兩漢諸儒思想之骨幹為荀子、鄒衍之學，夾雜部份道家、法家思想 (如三綱)。
跟清儒不同，漢儒講究聖王教化，著重通經致用，以學術匡正政治，不為知識而知識，把漢儒完全等同清儒，是抹殺了兩漢儒學之獨特性。
