要談朱子哲學，可以寫上一部專書。坊間普遍分「理氣論」、「心性論」、「工夫論」三部份條分縷析，詳備有餘，理解略嫌未透。竊以為欲明元晦 (朱子的字)
哲思，「理拗不轉氣」的感嘆實屬一大關鍵。
朱子曾說：「理不能有造作，拗不過氣，但氣亦管不得理」、「氣強理弱。理拗不轉氣。」(見《語類》)
世上萬物皆由氣構成，氣卻不一定依照理 (指正當、應然的規範)
而行，它自成一套機括，歧出墮落，理竟無從挽救。舉個例子，自然界很多可愛的小動物本來不應被兇殘的獅子老虎獵殺，血腥吞噬偏偏天天發生。又地震、海嘯、風災時常令無辜生物枉送性命。難道牠們注定不應生存？非也，乃氣自身沉淪而理管攝不得。這是世上一大無可奈何之事，唐君毅稱之為「橫梗」，去不掉的。
宇宙界的永恆缺陷，下落到人生界，即變成性、情之不連貫，心一時向上揚 (成就道德) 一時向下墮 (陷溺於物欲私利而不自知)。
朱子早年雖從學於李延平，但他對延平之學 (用靜坐方法覓得道德本心，作為日常行事的把柄) 其實不了解。他從苦參中和問題 (中和是就喜怒哀樂之已發未發上說)
入手，先奠立「中和舊說」，以未發為性
(以仁義禮智為內容)，已發為心，把修養工夫一律用於對治「已發之心」上，及後藉親身體驗發現，「向來講論思索，直以心為已發，而日用工夫，亦止以察識端倪為最初下手處，以故闕却平日涵養一段工夫，使人胸中擾擾，無深潛純一之味，而其發之言語事為之間，亦常急迫浮露，無復雍容深厚之風，蓋所見一差，其害乃至於此，不可以不審也」(＜與湖南諸公論中和第一書＞)
於是盡棄舊見，改以未發屬性，已發屬情，心統性情，修養工夫也因應此一更改變得更細密、完滿，同時對治「未發之心」、「已發之心」。
喜怒哀樂等情感未向外表露，我們需要用嚴肅收斂的態度涵養。喜怒哀樂等情感表露出來了，我們要看看它們有沒有道理，表露得過不過份
(謂之「省察」)。二者皆須用莊敬的態度進行，故「敬貫動靜」。
又道理非我們主觀偏執，俱客觀載於聖賢書內者。只要放下心浮氣躁，虛心咀嚼，定能看見。朱子「格物致知」，實際是為了輔助「省察」，增長知識不過衍生產物，與清儒「為知識而知識」是兩碼子事。
朱子又「涵養」又「省察」又「致知」(非王陽明的「致良知」) 說一大堆，無非信不過「已發之心」能夠完全無雜質
(即情完全體現性)。理尚且拗不轉氣，情遑論完全受性規範。從單靠「省察」到「涵養」、「省察」、「致知」三頭並進，朱子對人心之醜陋、可一墮到底不能自拔明顯有越來越深的體會。人可憑一善念做仁人義士，但也可憑一惡念成歹徒奸佞，兩者勢力不分軒輊，沒有誰足以壓倒誰，此乃人生界之無可奈何，人生界之「橫梗」。朱子坦白告訴世人這個殘酷事實，並想方設法令人有具體可循的途徑做一個君子，和江西陸象山因而有著根本分歧。
陸象山「因讀孟子而自得之」，其見解基本上是孟子學，無原創意味。孟子信「四端之心」為人內在固有之性，一切罪惡皆由外物引誘所致，象山認同，主張「心即理」，強調「發明本心」以成德。然而，朱子根據個人修身體會，覺得心不是那麼簡單，心有非常可怖的陰暗面
(陷溺於物欲、無止境追逐名利權)，令人活得不像人，象山竟將之忽略，未免失於粗疏。
「鵝湖之會」二人的不咬弦，實源於此，雙方矛盾甚至到朱陸去世都未獲消解。
牟宗三質疑朱子無法提供一完滿具足的成德動力，彼偏偏不知朱子之偉大在於斯。我們不妨反省自己的人生，做過好事，未幾變壞，再因緣際會改過自新，可謂時有發生。沒有一了百了的覺悟，只有持續不斷、跌跌撞撞的改過修正
(猶如薛西弗斯推石頭。一再滑落，一再上推)。朱子立足於事實說話，不求人成聖成賢，僅盼人踏踏實實做個好人，那種平易近人，唯孔子《論語》可與之匹配
(錢穆《朱子學提綱》說：「前古有孔子，近古有朱子」，把孔朱並稱，在哲學義理上是能夠成立的)。
牟氏續批朱子以知識態度講道德，這個講法有一定道理。可是，從另一角度觀，不相信有全善的本心，直面人心醜陋，比較容易契接張灝所說的「幽暗意識」，有利民主制度建設，開出「外王」。人人在公正制度裡提升道德情操，進而採取不同措施防範自然災害，且保護弱小動物和植物，即參贊天地之化育矣！
順帶一提，後來的朱子學者，大多無法領會朱子提「理拗不轉氣」、「氣強理弱」之苦心，汲汲於把理氣打併歸一，朱子哲學自此變質。
