錢穆治史講究通觀全局，著重「溫情與敬意」。可是，他這種觀點原來在上世紀三四十年代的中國大陸並非主流，主流乃強調用「科學方法」(即批判質疑態度)
整理國故的「史料學派」，代表人物有胡適和傅斯年。
胡適跟錢穆一開始相見就不甚投契。錢問胡有否見過《史記六國年表》，胡表現得渾身不自在，堅持連夜趕回上海
(當時二人在蘇州)。胡後來索性不與錢交談。為著老子年代問題，胡一度憤然說：「錢先生，你所舉的証據還不能使我心服，如果能使我心服，我連我的老子也不要了。」二人交惡還能從胡在世時，錢一直未能成為中研院院士看出。
作為胡適的弟子，傅斯年對錢穆亦頗蔑視，竟公開宣稱「錢某著作，我曾不寓目一字。」竊以為和《國史大綱》寫法過重宏觀及其狠批「史料學派」有關。神州陸沉，國府遷台，主持「搶救」著名學者往台灣的傅，未有把錢列入「搶救」名單中。錢答應張其盷南渡辦學，展開於香港弘揚中華文化的生涯，自此和胡、傅分道揚鑣。
錢穆其實不太喜歡香港，視之為暫居地。不過，諷刺的是，他卻利用這裡一點空間，傳播非主流的「民族文化史觀」，且經常撰文批評中共，替故國招魂。從錢穆的經歷，頗能窺見香港不是中國，為中原主流外邊緣人之聚合地。
1955
年，錢穆獲港督葛量洪頒授香港大學名譽法學博士學位。葛督致辭時褒獎錢穆創辦新亞書院弘揚中華文化，且說：「錢先生係一著名的華人學者，他這次接受本大學的法學博士名譽學位，為本大學增光不少。」
錢穆堅信中國歷史蘊含著美善，把它視作「像是宗教般的一種信仰」，「史學正是保留人生經驗，發揮全部人生中的重大意義和價值，以傳諸後世，使後世人能根據這一番經驗，來作為他們人生的一種參考和指導的。」(《中國歷史精神》)
弟子出色如嚴耕望，對老師此番領悟，也只能發「雖不能至，然心嚮往之」之嘆。
《錢賓四先生與我》收錄了錢 1961 年 2 月 1
日寫給嚴的一封信，其中一段：「從地理背景寫歷史文化，此是一大題目，非弟功夫殆難勝任。如能着手撰述，實深盼望。際茲學殖荒落之世，吾儕篳路藍縷以開山林，只求先指示一大路向，探幽鑿險，待之後來繼起之人，不必老守一窟，盡求精備也。不知弟意以為如何？」
嚴謂「制度與歷史地理只是 (錢)
先生學術的旁支……這兩項學問只是他治史的兩隻腳，藉以站穩而已，不是主體……或許先生知我有『老守一窟』、『探幽鑿險』、『盡求精備』之病，所以一開始就告誡我。」
大抵嚴集中精力治制度及史地，流於枝節細碎，忽略探求較高遠的價值、意義，錢不免有微言。
錢穆又不喜歡陳寅恪 (中國中古史專家，撰有《隋唐制度淵源略稿》、《唐代政治史述論稿》、《柳如是別傳》等)。1960 年 5 月 21
日致余英時的信中有兩點對陳的批評：一是「冗沓而多枝節」且不「可誦」；二是「臨深為高，故作搖曳」(余英時《錢穆與中國文化》)。
獨一無二的治史態度，曾招來著名作家李敖譏笑：「錢穆作為史學家，本已令人皺眉。」新儒學大師徐復觀更批評錢穆「天資太高，個性太強，成見太深」，對史料「很少由分析性的關聯性的把握，以追求歷史中的因果關係，解釋歷史現象的所以然；而常作直感地、片段地、望文生義的判定」，「很容易給後學以誤導」(＜良知的迷惘
- 錢穆先生的史學＞)。
想起陳子昂一首詩：「前不見古人，後不見來者。念天地之悠悠，獨愴然而涕下。」那個「獨」字，錢穆應該有甚深的體會吧！
