不過，錢穆治史路數，並非當時大陸學界主流。嚴格言之，亦與今天的歷史科學有出入。
大陸學界主流為「用科學方法整理國故」。「有一分證據，說一分話」，胡適的教誨，迄今仍指導著歷史科學的發展。
錢穆則把中國歷史視作「像是宗教般的一種信仰」，「史學正是保留人生經驗，發揮全部人生中的重大意義和價值，以傳諸後世，使後世人能根據這一番經驗，來作為他們人生的一種參考和指導的。」(《中國歷史精神》) 基於這番認識，錢穆不太看得起陳寅恪細密的考證，亦認為嚴耕望著眼制度及史地不夠宏觀。偏偏陳、嚴二人更似現代意義的史學家。
李敖曾譏笑曰：「錢穆作為史學家，本已令人皺眉。」新儒學大師徐復觀甚至批評錢穆「天資太高，個性太強，成見太深」，對史料「很少由分析性的關聯性的把握，以追求歷史中的因果關係，解釋歷史現象的所以然；而常作直感地、片段地、望文生義的判定」，「很容易給後學以誤導」。
徐、李對錢穆的批評，多少源自他堅信中國歷史蘊含著美善。恰巧香港莘莘學子記得錢穆，是因為他提出過「溫情與敬意」。
還不止，對中國美好的想像、英殖的低貶，令不少港人自覺有責任拯救神州大地。「民主回歸」派出現了，香港遭併吞。歷史認真諷刺！
