清朝自四川出兵，被大策凌敦多布擊敗。皇十四子胤禵奉父皇康熙帝之命，任「撫遠大將軍王」，統領各軍，兵分三路平叛，年羹堯為四川總督負責後勤保障。大策凌敦多布終於兵敗逃走，清朝建立對西藏的直接統治。康熙帝駕崩，策妄阿拉布坦支持羅卜藏丹津在青海發動叛亂。
羅卜藏丹津，蒙古和碩特部固始汗第十子達西巴圖爾的兒子，拉藏汗的叔叔，駐在青海東部。他本來聯絡清朝，攻打佔領西藏的準噶爾部。大策凌敦多布被逐，羅卜藏丹津欲封藏王不得，決定聯合青海蒙古各部，一同反清，策妄阿拉布坦予以響應。
雍正帝派年羹堯、岳鍾琪 (四川成都人，傳為岳飛二十一世孫，出生於武將世家，受父親栽培，自幼熟讀兵法，習武學射) 率軍西征，羅卜藏丹津兵敗，母親、妹妹被擒，自己狼狽逃往準噶爾汗國。策妄阿拉布坦與雍正帝議和，劃定邊界，互相貿易。清朝置西寧辦事大臣管轄青海地區 (統轄青海蒙古二十九旗和玉樹等四十族土司，主持蒙古各旗會盟，祭祀青海湖神，掌管賦稅、駐防、籌辦糧餉、刑名按劾，以及青海入藏商道、驛站、茶糧互市等事宜)。
策妄阿拉布坦去世，由兒子噶爾丹策凌繼位。他組建了炮兵部隊，提高戰鬥力，雍正帝派大軍討伐，竟未能取勝。噶爾丹策凌東征外蒙古，被土謝圖汗部三萬大軍打敗，噶爾丹策凌僥倖逃脫。大瘟疫爆發，噶爾丹策凌因病去世。次子策妄多爾濟・那木扎爾繼位，為人放蕩、殘忍，他卒之被貴族們幽禁殺死。
噶爾丹策凌長子喇嘛達爾札繼位，惹起眾多已臣服準噶爾的部落不滿。達瓦齊、阿睦爾撒納密謀另立新君，事敗，二人西奔哈薩克汗國。達瓦齊未幾趁達爾扎不備，率軍偷襲伊犁，殺達爾扎，繼位為渾台吉。
阿睦爾撒納與達瓦齊反目成仇，投降清朝。在他帶領下，清軍直搗伊犁，準噶爾軍崩潰。達瓦齊與羅卜藏丹津被一併送往清軍大營。乾隆帝封達瓦齊為綽羅斯和碩親王，留居北京。羅卜藏丹津亦獲賞賜房屋，在北京終老。
阿睦爾撒納背叛清朝，向俄國求援，在俄國支持下稱汗。清軍把他擊敗，他先赴哈薩克汗國尋求庇護，再藏身於俄國西伯利亞一個酒廠中，後來中天花病死。
