四月十四日，日軍於釜山登陸，朝鮮守將鄭撥戰死。日軍攻東萊城，守將宋象賢戰死。尚州守將李鎰敗走。朝鮮國王宣祖李昖命申砬負責慶尚、全羅、忠清三道防務，申砬會合李鎰於彈琴台。小西行長領兵圍攻申砬與李鎰，彈琴台之戰爆發，朝鮮軍全軍覆沒，申砬戰死。李鎰逃往京師漢城報告兵敗消息，李昖在與群臣商議後，決定放棄漢城，出奔平壤。五月二日，日軍攻克漢城，俘朝鮮王子。
朝鮮各地鄉紳自組義軍，對抗日軍侵略，這皆阻礙了日軍的前進。奈何登陸朝鮮的日軍越來越多，李昖六月十一日離開平壤，流亡至義州 (明朝與朝鮮接壤的地方)，並向宗主國明朝求援。十五日，平壤失陷，當時朝鮮全國八道僅剩平安道以北，靠近遼東半島的義州一帶未被日軍攻佔，換言之，朝鮮幾乎接近亡國。
明朝接獲朝鮮告急，萬曆帝與內閣、六部九卿商議後，一致認為：「倭寇之圖朝鮮，意實在中國，而我兵之救朝鮮實所以保中國」，遂答應讓李昖渡過鴨綠江尋求庇護，居住在遼東半島的寬奠堡，同時出兵援助朝鮮。
明軍初與日軍交戰，戰況並不理想，據祖承訓上呈給楊紹勳的報告，明軍面對著幾個困難：
1. 糧草不繼 - 朝鮮無法提供足夠的糧草給軍隊食用，做不到以戰養戰；
2. 情報不實 - 朝鮮方面指平壤只有千餘名日軍，實際交戰卻上萬人；
3. 指揮權不專 - 朝鮮群臣一直希望明軍能由朝鮮將領指揮，並且壓迫明軍在天時不利的情況下出兵。
4. 信賴不足 - 交戰時，數百名朝鮮軍潰逃，部份朝鮮軍與日軍有交談，致使明軍對朝鮮軍失去信任。
經過朝鮮使臣反覆申辯，楊紹勳總兵接受了朝鮮的解釋。不過，整體部署上已有所改變，放棄短期內平定朝鮮動亂的目標，而尋求長期作戰的可能。
明朝陸續向朝鮮增兵，十月十六日，李如松奉命總理薊、遼、保定、山東軍務，並充任防海御倭總兵官，其弟李如柏、李如梅為副總兵官，一同開赴朝鮮。
文祿二年 (1593 年) 初，明軍進抵平壤城下，與小西行長的軍團交戰。小西行長兵敗，日軍被殲滅者萬餘人，燒殺溺斃無數。主帥李如松憑此一戰，威名遠播明日朝三國。在收復平壤、開城之後，他開始進攻漢城。
據朝鮮史料記載：
在距城五里許，諸炮一時齊發，聲如天動，俄而花光燭天
倭銃之聲雖四面俱發，而聲聲各聞，天兵之炮如天崩地裂，犯之無不焦爛……
日軍火繩槍不敵明軍威力強大的火炮，是其戰敗的主因。
碧蹄館一役，李如松親兵死傷甚重。可是，日軍亦未能完全控制戰局。日軍轉攻幸州山城，為權慄以少數兵力大敗，石田三成、吉川廣家等負傷。李如松改變策略，焚燒日軍於龍山的糧倉，日軍缺糧，被逼由漢城撤退至釜山。
