正當日軍稍遇挫折，明軍內部出現南、北兵矛盾，明朝、朝鮮兩國官員亦有嫌隙。幸賴全羅左道水軍節度使李舜臣展開一連串反擊，日軍才不能捲土重來。
李舜臣，字汝諧，朝鮮京畿開豐 (今開城)
人。豐臣秀吉入侵朝鮮前夕，時任右議政的柳成龍舉薦他出任全羅左道水軍節度使，加封折衝將軍。李舜臣改進了龜甲船，干擾日軍的海上供給，對日軍進攻構成阻礙。
文祿元年 (1592 年) 五月七日，李舜臣在巨濟島玉浦灣對入侵的日軍發動突襲，多艘日艦被擊沉，朝鮮取得海上控制權。未幾，他又引誘日本海軍到泗川城外海面，施以襲擊，不斷用大炮和火箭攻擊日軍。日軍用火繩槍還擊，李舜臣左肩中彈，仍奮勇殺敵。最後，礙於船隻體型細小，不少日艦被龜甲船衝毀沉沒。
接著唐浦、固城、栗浦等海戰，日本水師大受打擊。閑山島海戰，李舜臣擊沉四十七艘日船，有效切斷日軍在黃海的補給線。釜山浦海戰是李舜臣唯一一場敗仗，連勝皆捷的朝鮮水師損失慘重。自此，李舜臣集中攻擊沒有戰船護衛的運輸船，降低日軍補給能力。
由於海上補給被截斷、陸上補給困難、就地徵糧不易，秀吉決定與明朝議和。明朝安排李如松大軍撤退，並對日本進行封貢。文祿二年 (1593 年) 五月八日，秀吉在名護屋會見到達日本的明朝使團。雙方會談由沈惟敬和小西行長負責進行。兩國達成協議，日本派出使者與明朝使團一道往北京，明朝萬曆皇帝則冊封豐臣秀吉為「日本國王」。
明朝冊封秀吉的詔書內容如下：
奉天承運皇帝，制曰：聖仁廣運，凡天覆地載，莫不尊親帝命。溥將暨海隅日出，罔不率俾。昔我皇祖，誕育多方。龜紐龍章，遠賜扶桑之域；貞珉大篆，榮施鎮國之山。嗣以海波之揚，偶致風占之隔。當茲盛際，咨爾豐臣平秀吉，崛起海邦，知尊中國。西馳一介之使，欣慕來同。北叩萬里之關，肯求內附。情既堅於恭順，恩可靳於柔懷。茲特封爾為日本國王，賜之誥命。於戲龍賁芝函，襲冠裳於海表，風行卉服，固藩衛於天朝，爾其念臣職之當修。恪循要束，感皇恩之已渥。無替款誠，祗服綸言，永尊聲教。欽哉！
一貫天朝大國的口吻。據江戶時期末期賴山陽所著《日本外史》，秀吉聽後勃然大怒，曰：「吾掌握日本，欲王則王，何待髯虜之封哉！如天朝何。」將詔書撕碎於地，並怒逐明使臣，不久再次遣兵入侵朝鮮。
可是，這封詔書現存於大阪博物館。而根據冊封副使的說法：
秀吉擇以九月初二日，迎於大阪受封。卑職先往教禮，奉行惟謹。至日，迎請冊封時，直至中堂，頒以誥印、冠帶服等項，率眾行五拜三叩頭禮，件件頭項，習華音，呼萬歲，望闕謝恩，一一如禮。禮畢，開宴使臣及隨行各官，是晚，秀吉親詣卑職寓所，稱謝。
冊封正使楊方亨說：
次日領受圭印、官服，旋即披執頂被，望宮行五拜三叩頭禮，承奉誥命。受封訖，嗣至職等寓所，再申感激天恩，及慰勞職等涉歷勞頓，等語。
《日本外史》所記未必屬實。
