「四國征伐」由羽柴秀長擔任總大將，羽柴秀次擔任副將，宇喜多秀家、毛利輝元亦獲邀出兵，兵力超過十萬。元親方面，動員了約四萬人。兵力懸殊，相當明顯。
羽柴軍兵分三路攻打四國，金子元宅 (伊予國武將，後臣服元親) 戰死，長宗我部軍在東伊予防線的士氣受到重大打擊。小早川隆景 (毛利輝元的叔父) 持續攻打周敷、桑村、越智、野間、風早各郡，伊予全境失陷。
宇喜多秀家 (秀吉養子，曾協助攻打備中高松城，並參與山崎之戰) 與秀長聯兵，集中攻擊阿波國，木津城、岩倉城、一宮城陷落。大勢已去，元親只可答應和談條件，包括：
1. 僅保有土佐一國；
2. 每次羽柴氏的戰事，必須派出三千人支援；
3. 交出三男津野親忠作為人質；
4. 禁止與德川家康同盟；
5. 阿波、讚岐、伊予三國全割譲給秀吉。
「四國征伐」後，元親四國霸主夢碎，阿波國封給蜂須賀正勝的兒子，讚岐國封給仙石秀久，伊予國則交給了小早川隆景。
天正十四年 (1586 年)，秀吉發動對九州島津氏的軍事行動，史稱「九州征伐」。
且說島津氏崛起，威脅到大友氏的存亡。秀吉覺得島津氏過於猖狂，影響自己統一全日本的步伐，遂向島津氏提出交涉，命令九州即時停戰，服從豐臣政權領導。島津義久拒絕，秀吉於是借口救援大友氏，出兵九州。
秀吉擁兵十四萬，加上秀長八萬兵力，此遠非島津氏數萬兵力 (兩萬至五萬) 可以抵擋。天正十五年 (1587 年)，秀吉接連取得筑前、筑後、肥前、豐前等國。島津義弘與秀長交戰，屢次發動奇襲，秀長下令堅壁清野，並以優勢兵力將義弘五千兵馬團團圍住，義弘突圍而出。
島津氏無法取得壓倒性勝利，只好向秀吉表示降伏。秀吉重新對九州領地進行分配，島津氏被大幅削減，只保有薩摩和大隅兩國，以及日向國諸縣、真幸院等地。
「九州征伐」鞏固了秀吉的統治，更獲得了地利與外國通商，並展開大規模的檢地 (農田面積和收穫量調査，從而釐訂賦稅)。聚樂第 (秀吉於京都內野興建的城郭兼宅邸) 也於這時啟用，「聚樂」一名，取自《天正記》中《聚樂第行幸記》：「聚天下長生不老之樂」。
天正十六年 (1588 年)，秀吉下刀狩令，沒收武士以外僧侶和平民所擁有的武器。刀狩令細節如下：
i. 百姓禁止擁有和攜帶刀，弓，槍，鐵炮等武器，若私藏武器，延誤年貢，發動一揆，不服從役人者罰之。
ii. 收繳之武器，以鑄造方廣寺大佛的釘子。
iii. 百姓應持農具努力耕作，以此事為子孫後代安居樂業之本。
刀狩令實施後，豐臣政權收繳了大量武器，為締造和平鋪路。
