東晉安帝義熙九年 (公元 413 年)，劉裕有見於桓溫庚戌土斷所建立的體制有廢弛跡象，於是向朝廷主張重新進行土斷，結果除「徐、兗、青三州人居晉陵者」，「諸流寓郡縣，多被併省」。
劉裕未幾篡晉自立，建國號宋。宋孝武帝大明年間，「王玄謨請土斷雍州諸僑郡縣」，「雍州諸僑郡縣」大約是今襄陽、漢東等地，即湖北。
不過，自孝建元年 (公元 454 年) 起，記載戶籍的簿冊資料開始出問題。從齊高帝建元二年 (公元 480 年) 的詔令中，可以看到：
(1) 有人在記載黃籍的簿冊中「竊注爵位，盜易年月」；
(2) 冊內有些戶籍，現實根本不存在，「文書已絕」；
(3) 有些人應該編戶入冊，卻被記已經死亡或叛逆。有些人閒居家中，卻被稱擔任仆役。有些人身體壯健，卻被稱有各種疾病。
儘管黃籍簿冊已年年更新，資料始終無法反映真實狀況，嚴重影響賦稅徵收及力役之分配。至齊，問題已相當嚴重，故齊高帝請群臣提意見解決。
虞玩之上表請「以元嘉二十七年籍為正」，取代「眾巧之所始」的「孝建元年書籍」，凡受籍，官長先仔細檢校，再封送州，這多少是一種補偏救弊的嘗試。
奈何積重難返，人民習慣了取巧，刻下既得利益受損，怎能無不滿聲音？「至武帝永明八年，謫巧者戍緣淮各十年，百姓怨咨」，齊武帝面對群情激憤，卒之選擇妥協退讓，「既往之愆，不足追咎……其有謫役邊疆，各許還本。自此後有犯，嚴加其罰。」
其實，大規模的偽竄冒改，使黃籍理無可理，究無可究，無非是想逃避交稅及力役的責任。
梁武帝時，「南徐、江、郢逋兩年黃籍不上」，尚書令沈約把黃籍理無可理的狀況追溯到宋元嘉年間，所謂「宋元嘉二十七年，始以七條徵發。既立此科，苟有迴避，姦偽互起，歲月滋廣，以至於齊」、「自元嘉以來，籍多假偽」，提議「永初、景平籍，宜移還上省」、「晉籍所餘，須加寶愛」、「選史傳學士諳究流品者……專共校勘。所作卑姓雜譜，以晉籍及宋永初景平籍在下省者，對共讎校」。
陳文帝天嘉初年，再行土斷，「自頃編戶播遷，良可哀惕。其亡鄉失土逐食流移者，今年內隨其適樂，來歲不問僑舊，悉令著籍，同土斷之例。」
除了籍帳混亂，田制上南朝仍沿襲西晉，行官品占山制，「官品第一、第二品，聽占山三頃。第三、第四品，二頃五十畝。第五、第六品，二頃。第七、第八品，一頃五十畝。第九品及百姓，一頃。皆依定格，條上貲簿。若先已占山，不得更占。先占闕少，依限占足。若非前條舊業，一不得禁。有犯者，水土一尺以上，並計贓，依常盜律論。除晉咸康二年壬辰之科」。
官品占山制某程度是對現實的妥協，且看羊希的話，「壬辰之制，其禁嚴刻，事既難遵，理與時弛。而占山封水，漸染復滋，更相因仍，便成先業，一朝頓去，易致怨嗟。」「壬辰之制」即壬辰詔書中「擅占山澤，強盜律論，贓一丈以上皆棄市」。縱容「富強者兼嶺而占，貧弱者薪蘇無託。至漁採之地，亦又如茲」，終於加劇貧富懸殊，中央政府對南來的世家大族，亦似乎無計可施。
