有別於哲學史「給中國哲學穿上系統的外衣」(張岱年語)，錢穆治朱子是採取思想史的進路。
思想史的進路，首重思想之「真」與「全」。
錢穆說：
於朱子學術思想之「真」與「全」則絕少有人加以探討。(《致楊聯陞書 (1964 年 9 月)》)
換辭言之，他撰《新學案》，是以發掘朱子學思之「真」與「全」為目的。所謂朱子學思之「真」與「全」，具體言之，即朱子學思義理之精微，以及其全部思想之體系與組織。
思想史復重一思想對後世之影響。
錢穆說：
第四部分則如吾兄來示，須研尋到朱子學對此下之影響。(《致楊聯陞書 (1964 年 11 月)》)
又說：
尚憶最先與足下通訊，來教曾提起朱子學在此後之影響一節。(《致楊聯陞書 (1966 年 8 月)》)。
關注影響，連帶不得不著重發生原因，特別是朱子這類有前後期轉變的大思想家，其轉變之因由必須講究。
對於朱子早年篤信佛家，一轉而踐行儒學，錢穆發現，關鍵在其老師李延平。他說：
蓋其前一卷朱子所手編之《牧齋淨稿》正好為考論朱子早年思想學術之最佳材料。第二卷便見轉變，朱子畢生學問已轉向與奠其深基之得益於李延平者，在此兩卷《詩》中可以窺見其無上絕好之消息。(《致楊聯陞書 (1966 年 2 月)》)。
又說：
穆意前卷多出塵之想，而後卷一反之，此乃朱子此後所謂儒釋疆界之所在也。如前卷《月夜述懷》詩謂：「抗志絕塵氛，何不棲空山。」而後卷《教思堂作示諸同志》乃云：「塵累日以消，何必棲空山」也。其《困學》兩首，明咏前後之轉變，曰：「舊喜安心苦覓心，捐書絕學費追尋，困衡此日安無地，始覺從前枉寸陰。」此後朱子與象山異同，亦已於此詩中透消息矣。其曰：「等閒識得春風面，萬紫千紅總是春。」又曰：「向來枉費推移力，此日中流自在行。」皆是再見李延平後之境界。惜乎《困學》一編今已無存，然若將此兩卷《詩》與朱子所追憶李延平諸語兩兩比讀，則朱子之學術轉變與其終身不忘李先生之所由，皆躍然如見矣。(《致楊聯陞書 (1966 年 3 月)》
徐復觀治思想史，主張留意思想變遷的軌跡，所謂「動地觀點」、「發展地觀點」。他說：
年來我所作的這類思想史的工作，所以容易從混亂中脫出，以清理出比較清楚地條理，主要是得力於「動地觀點」、「發展地觀點」的應用。以動地觀點代替靜地觀點，這是今後治思想史的人所必須努力的方法。(《中國藝術精神》)
只有在發展的觀點中，才能把握到一個思想得以形成的線索。(《兩漢思想史》卷二自序)
陳寅恪治史，則好用「以詩證史」的方法。所謂「以詩證史」，即以當時流傳下來的詩詞，來考證當時的史事。岳南說：「這一研究方法，可謂是陳寅恪在史學研究領域的一大發明創造，是一項了不起的偉大成就。」(《陳寅恪與傅斯年》)
凡此種種，皆可在錢穆的思想史研究中找到。
思想家不是孤立的存在，其必有師弟子、學侶、論敵等，知人不能不論世。治思想史亦須對此時加留心。錢穆說：
求知其人，不得不論其世。南渡以下之學術界，以及朱子同時交遊如張、呂、陸諸人及浙東陳、葉之徒，皆當詳細考論。而朱子對其門人之指導，亦不得不分析綜合勾勒出一體段來。(《致楊聯陞書 (1964 年 11 月)》)
最後，親力親為，有助啟發新領悟。錢穆揚言：
因未有助手，一字一句，皆親自謄寫，雖費時間，然不啻再自細心誦讀一過，隨時有新啟悟、新發現，前成各稿不免陸續有增損、有改定。往往為一句之斟酌，一條之移動，不得不將原成之稿再從頭細讀。又有臨時新材料添入。
此跟徐復觀的體驗相似：
我所用的，乃是一種笨方法。十年以前，我把閱過的有關典籍，加以注記，先後由幾位東海大學畢業的同學為我摘抄了約四十多萬字，其中有關兩漢的約十多萬字。等到我要正式拿起筆來時，發現這些摘抄的材料，並不能構成寫論文的基礎。於是又把原典拿到手上，再三反復；並盡可能的追尋有關的材料，這樣才慢慢的形成觀點，建立綱維；有的觀點、綱維，偶得之於午夜夢回，在床上窮思苦索之際。即使是如此，也只能說我的文章，在治學的途轍上，稍盡了點披荊斬棘之勞，斷乎不敢說沒有犯下錯誤。李唐有自咏其畫之句謂「看之容易畫時難」。二十多年來，才漸漸識得一個「難」字。(《兩漢思想史》卷二自序)
竊以為這亦是治思想史一應有之態度。
