錢穆正式為宋明理學撰述，是在寫畢《國史大綱》後。《宋明理學概述》自序：
顧三十以後，雖亦粗有撰述，終於宋明理學，未敢輕有所論著。偶及者，惟民國十七年寫《國學概論》，十九年寫《王守仁》一小冊，兩書而已。平居於兩學案最所潛心，而常念所見未切，所悟未深，輕率妄談，不僅獲罪於前儒，亦且貽害於當代。故雖私奉以為潛修之准繩，而未敢形之筆墨，為著作之題材也。民國三十三年春，在成都華西壩，患胃潰瘍甚劇，樓居數月，足不履平地，時時偃臥樓廊，讀《朱子語類》一百三十卷，未敢遺忽一字，歷春至夏始竟。自覺於宋明理學，又薄有長進。是年夏，避暑灌縣靈岩山，向寺僧借《指月錄》，山居兩月，竟體細翫，於是遂通禪學；因之於宋明儒所論，續有窺悟。病中半歲，盡屏人事，心氣平澹，聰明凝聚，自幸晚年，重獲新知……一九四九年再度流亡，去歲寫《中國思想史》，今年續成此書。此皆十年來大病大亂中所得。雖自問智慮短淺，修養工疏，而寢饞宋明理學，前後已逾三十載。聊示學者以門徑，雖或詮釋未當，衡評失理，當可見諒於古人，見諒於來者。一九五二年十月，創始屬草，越年，書既竟，因拉雜述其所感以為序。
這段序文非常重要，透露若干訊息：
(1) 錢穆看待宋明理學，非把它視為粘牙嚼舌的理論知識 (有別於學院型哲學家)，而是汲汲於將它和自己的生命相結合，視之為一種生命的學問。因此，他不敢胡亂發表關於宋明儒的意見。
(2) 正式寫關於宋明理學的書 (《國學概論》、《王守仁》不算思想成熟之作，不計算在內)，是在 1951 年撰《中國思想史》，以及在 1952 年撰《宋明理學概述》。兩部書都屬通識類的小書，乃錢在臺北受張曉峰編纂《現代國民基本知識》叢書之約後，返港撰寫。
(3) 促成錢撰成二書的關鍵在於：1944 年春 (錢當時接近五十歲)，在成都華西壩，錢患胃潰瘍，病情嚴重，偃臥樓廊，不能履平地。因而讀《朱子語類》一百三十卷，未敢遺忽一字，讀後對宋明理學薄有長進。同年夏天，避暑灌縣靈岩山，向寺僧借《指月錄》，細心潛玩，由是通禪學，於宋明儒所論，續有窺悟。
關於 (1)，牟宗三在《五十自述》曾說：
客觀的悲情是悲天憫人，是智、仁、勇之外用。主觀的悲情是自己痛苦之感受。智仁勇是否能收回來安服我自己以解除這痛苦呢？吾實在掙扎中。在此痛苦中，吾病矣。當子貢說「賜倦於學矣」，願息這，願息那，而孔子告以皆不可息。子貢言下解悟，吾無子貢之根器。吾將如何再主觀地恢復此「不息」以和悅調伏我自己，真正地作到進德修業？這將是「大的行動」能否來臨之生死關頭。吾為此而病。這是我現階段的心境。
利用儒家的學問去疏導、理順自己生命的曲折，也是牟的存在體驗，跟錢穆類似。
余英時＜猶記風吹水上鱗 – 敬悼錢賓四師＞：
有一年的暑假，香港奇熱，他又犯了嚴重的胃潰瘍，一個人孤零零地躺在一間空教室的地上養病。我去看他，心裡真感到為他難受。我問他：有什麼事要我幫你做嗎？他說：他想讀王陽明的文集。我便去商務印書館給他買了一部來。我回來的時候，他仍然是一個人躺在教室的地上，似乎新亞書院全是空的。
……說老實話，在五十年代初的香港，錢先生不但無權無勢，連吃飯都有困難，從世俗的標準看，哪裡談得上「權威」兩個字？
錢穆在病得難受下，竟讀陽明文集自我排遣，足證宋明理學是有機地融入其生命。
至於 (3)，錢穆之前曾言，未精讀過朱子書，然則是次讀《語類》，乃首次精讀朱子書，間接為治朱子學鋪路。
《指月錄》全名《水月齋指月錄》，乃佛教禪宗著名典籍，明瞿汝稷集，共三十二卷，收錄自過去七佛至宋大慧宗杲共六百五十人的言行傳略而成。觀乎《中國思想史》目錄，佛學部份首出「竺道生」，接著一跳便是「慧能」和「慧能以下之禪宗」，《指月錄》似乎只讓錢穆認識到禪宗，錢於般若學、天臺、華嚴皆不甚了了。
錢穆 1940 年以前對佛學未曾深造，其亦無打算在往後的日子埋首，見《師友雜憶》：
自離昆明途中，錫予詢余，《史綱》已成，此下將何從事。余詢錫予意見。錫予謂，儒史之學君已全體窺涉，此下可旁治佛學，當可更資開拓。余言，讀佛藏如入大海，兄之《兩漢三國魏晉南北朝佛教史》，提要鉤玄，闡幽發微，讀之可稍窺涯矣，省多少精力。盼兄賡續此下隋唐天臺、禪、華嚴中國人所自創之佛學三大宗，則佛學精要大體已盡，余惟待君成稿耳。錫予謂，獲成前稿，精力已瘁，此下艱巨，無力再任。
但自從讀了胡適論神會、《壇經》的文字，1945 年起，錢穆開始寫關於佛學的文章，《指月錄》的研讀自然在其中發揮著作用。
偶讀胡適之《論神會》諸作，不禁操筆為文，寫《神會與壇經》一長篇，投寄《東方雜誌》。抗戰勝利後，又去昆明續讀《智圓書》。及在香港，又續讀《寶志書》及《少室逸書》等。及遷居臺北，又讀《宗密原人論》諸書，更讀鈴木大拙書。絡續為文，皆一意相承，收在《學術思想史論叢》之第四集。此實為治禪史及理學史思想傳遞一大公案。而天臺華嚴兩宗，亦時於言外旁及。余昔曾屢促錫予為初唐此三大宗作史考，錫予未遑執筆。余此諸文，前後亦歷三十年之久，惜未獲如錫予者在旁，日上下其議論也。
「由是通禪學，於宋明儒所論，續有窺悟」反映錢穆對宋明理學加深了解，和研讀禪宗是相輔相承。
又 1938 年開始，錢穆對早年篤信的陽明良知之學有進一步反省。《師友雜憶》：
除遊山外，每逢星六之晨，必赴山下南嶽市，有一圖書館藏有商務印書館新出版之《四庫珍本初集》。余專借宋明各家集，為余前所未見者，借歸閱讀，皆有筆記。其中有關王荊公新政諸條，後在宜良撰寫《國史大綱》擇要錄入。惜《國史大綱》為求簡要，所鈔材料多不注明出處，後遂無可記憶矣。又讀王龍溪羅念庵兩集，於王學得失特有啟悟。皆撰寫專文。是為余此下治理學一意歸向於程朱之最先開始。
「讀王龍溪羅念庵兩集」如何令錢穆「於王學得失特有啟悟」？如何令錢穆由王學歸向程朱？翻查《中國學術思想史論叢》關於龍溪念庵的評述，可以找到答案。
＜王龍谿略歷及語要＞(1941 年)：
性屬先天，心屬後天，孟子盡心知性，即以後天復先天也。大抵程、朱承其說。陸、王不喜分別心性，一切從心上立根，此承禪宗來。至龍谿而大肆其旨。
念菴謂：「世間無有見成良知，非萬死工夫斷不能生。」龍谿謂：「若必以見在良知與堯、舜不同，曾謂昭昭之天與廣大之天有差別否？」今按：《論語》：「十室之邑，必有忠信如丘者焉，不如丘之好學也。」念菴看重其下一語，龍谿則看重其前一語。
＜羅念菴年譜＞(1941 年)：
念菴力誡龍谿講學之流弊，曰肆曰蕩，而念菴則自居為一質魯戰兢人。其引陽明言：「求於心而是，雖不出孔子，不敢以為非。」而龍谿諸人則謂：「求於心而非，雖出孔子，不敢以為是。」於是肆而無所止，蕩而無所歸，瞿曇、老聃，遂與孔子並列，而惟吾心之進退同異之。王學末流，其弊至此，念菴固已早言之。
＜摘錄龍谿集言禪言三教＞(1977 年)：
程、朱主「性即理」，陸、王主「心即理」，心、性不分，近於佛學。龍谿承之，故以「虛寂」為性，「覺」為性，「格物」即格此規矩之在我者。必主物不外心，而主心與物一。故「致知」即「格物」。如此則禪自與儒為近，程、朱乃與儒為遠也。
概言之，陽明良知之學太過強調「心、性不分」，「一切從心上立根」，容易脫略道德實踐工夫，而流於「肆而無所止，蕩而無所歸」。相比之下，程、朱嚴分心性，重視工夫，反無王學之弊，亦跟禪學保持距離。
《朱子語類》有以下三條：
雖說心與理一，不察乎氣稟物欲之私，是見得不真，故有此病。《大學》所以貴格物也。或錄云：「近世一種學問，雖說心與理一，而不察乎氣稟物欲之私，故其發亦不合理，卻與釋氏同病，不可不察。」
曹叔遠問：「陸子靜教人，合下便是，如何？」曰：「如何便是？公看經書中還有此樣語否？若云便是，夫子當初引帶三千弟子，日日說來說去則甚？何不云你都是了，各自去休？也須是做工夫，始得。」又問：「或有性識明底，合下便是，後如何？」曰：「須是有那地位，方得。如『舜與木石居，與鹿豕游；及聞一善言，見一善行，沛然若決江河，莫之能禦』！須是有此地位，方得。如『堯舜之道孝悌』，不成說才孝悌，便是堯舜！須是誦堯言，行堯行，真箇能『徐行後長』，方是，」
問：「陸象山道，當下便是。」曰：「看聖賢教人，曾有此等語無？聖人教人，皆從平實地上做去。所謂『克己復禮，天下歸仁』，須是先克去己私方得。孟子雖云『人皆可以為堯舜』，也須是『服堯之服，誦堯之言，行堯之行』，方得。聖人告顏子以『克己復禮』，告仲弓以『出門如見大賓，使民如承大祭』，告樊遲以『居處恭，執事敬，與人忠』，告子張以『言忠信，行篤敬』，這箇是說甚底話？又平時告弟子，也須道是『學而時習』，『行有餘力，則以學文』，又豈曾說箇當下便是底語？大抵今之為學者有二病，一種只當下便是底，一種便是如公平日所習底。卻是這中間一條路，不曾有人行得。而今人既不能知，但有聖賢之言可以引路。聖賢之言，分分曉曉，八字打開，無些子回互隱伏說話。」
錢穆修正對陽明學的理解及評價在先，讀《語類》在後，其晚年歸宗朱子，該是出於一種超越古今的惺惺相惜，即：錢穆在朱子留給後世的文字言論中，印證到自己的看法是對，從中得到認同感。
