錢穆為何要寫《朱子新學案》？首為對全謝山《宋元學案》感不滿，欲作出修改、匡正，而以《晦翁學案》為最。
《師友雜憶》：
又憶某年暑假，余在七房橋家宅東邊陪弄中，朱筆標點《宋元學案》。當時余已先讀歐陽文忠公及王荊公諸集，對其收編頗不愜意，遂有意重編《宋元學案》。惟有此志，迄未成書。
《致楊聯陞書 (1964 年 11 月)》：
穆早年即有意重寫一部《宋元學案》，惜始終未能如意，此後亦不復有此精力矣。惟頃來時繙《學案》，感其毛病雜出，尤其全氏於理學實少體會，極多強作解人之語，擬隨時加以指正。
《致楊聯陞書 (1964 年 9 月)》：
黃全《學案》，疏略已甚，而朱子一《案》則更甚。
次為撰寫《近三百年學術史》時發現，朱子學乃平息宋學內部朱陸之爭，以及清儒宋儒漢宋之爭的樞紐。
《致楊聯陞書 (1964 年 9 月)》：
此兩月來，從頭細讀《朱子文集》及《語類》，擬寫《朱子新學案》一書，此乃穆自寫《中國近三百年學術史》時已有此計劃。自朱子以來逾七百年，而學者困於門戶之見，非爭朱陸，即爭漢宋，於朱子學術思想之「真」與「全」則絕少有人加以探討……王白田窮一生之力，為朱子作《年譜》，鈎稽考索雖勤，而識力不足以副。其著眼處，幾乎只在是朱非陸，而不知朱子遇象山時其學術思想大體固已樹立，今專著意在反陸一面，則何從得朱子之真與全。其他各有陳述，各有發明。要之，亦無以勝過《學案》與《年譜》之上者。穆有意以三年精力為朱子作一「新學案」，不僅專為朱子，亦為中國理學史與經學史在其大關鍵處有所闡述。
三為重讀《近三百年學術史》，驚覺昔日對朱子學的不了解，往往影響對清儒的理解及評判，錢穆想作出補救。
《致楊聯陞書 (1965 年 1 月)》：
因治朱子書乃懂得亭林與梨洲兩人之高下，又更明白到戴阮諸人評議宋儒之無當……
穆此半年來專讀朱子書，時時返看舊日拙著《近三百年學術史》，頗覺當時學力尚嫌未足，對朱子學瞭解實不深。然此刻若欲改動，則大是難事。惟有俟此書成，俟他人合而讀之，庶知其學問深淺之經過，即如陳蘭甫於清儒首推江永，而於戴震則甚有不滿。拙著《近三百年學術史》於江慎修落筆尚欠深到語，對東原《孟子字義疏證》，震於時論梁胡諸人之見，下筆太嚕囌，不敢從扼要處深下砭箴。此皆由今日再讀，不能不感其猶有餘憾之存焉者也。要之，暮年向學，此書之成，庶稍彌少作之餘憾則已幸矣。
四為 1964 年新亞辭職事件後，錢穆心中鬱悶，遂集中精力研治朱子以排遣。
《致楊聯陞書 (1965 年 3 月)》：
穆在新亞前後十六年，每逢拂逆，只以責任在身，莫不淡然處之。自離職以來，感觸轉多，幸能一意治朱子書。自謂晚年向學，應於自己身心修養希有桑榆之獲，並以古人遭遇與自己相較，則小小者皆可消散於不論耳。
在撰寫《新學案》前，錢穆曾有系統地閱讀《朱子語類》及《朱文公文集》。
(1) 第一遍閱讀
抗戰時期因胃病在成都休養，通讀《語類》。
自春迄夏，歷時四月。
重在通體循覽。
(2) 第二遍閱讀
1964 年辭去新亞職務後，兼讀《語類》與《文集》，而重在《文集》。
側重在學術方面。
(3) 第三遍閱讀
1965 年赴馬來亞講學，再讀《語類》。
歷時八個月。
最為沉潛，反復細嚼緩咽，所得以此次為最多最深而最大。
側重其義理精微及全部思想之體系與組織。
《致楊聯陞書 (1965 年 8 月)》：
最近半月始開始讀《朱子語類》，每日大概不超過一小時，所閱只限一、二十節，不多看，專挑有關義理方面者，以閒靜心情從容體玩。
據《師友雜憶》，錢穆首讀《語類》，是在任教華西大學、四川大學時，那時為 1943 年。換言之，錢穆一意治朱，是將近五十歲時的事。
錢穆說：
將來篇幅終不能簡，亦欲使讀者通覽此書，即不再窺《語類》《文集》之全，亦可得其大概耳。(《致楊聯陞書 (1964 年 10 月)》)
自來鈔朱子語者不下十數家，竊意為此書亦當精鈔原文，使讀者苟非作更深探究，即可不再讀其《語類》與《文集》。(《致楊聯陞書 (1965 年 1 月)》)
關於宋明理學方面，待《朱子學案》成書，恐不耐再有探索矣。(《致楊聯陞書 (1966 年 6 月)》
竊以為此乃其對《新學案》的期許，《新學案》也是他治宋明理學最後一部專書。
