義昭與信長反目，建立信長包圍網，對信長實行圍堵。光秀在對朝倉及淺井的戰爭中皆立下功績，被分封到近江，修築坂本城。長篠之戰、越前一向一揆等，他都有參與。天正七年 (1579 年) 擊敗波多野秀治後，光秀成為丹波國之主，建龜山城及福智山城 (橫山城)。甲州征伐，他是信忠軍的作戰主力。換言之，光秀是信長極為寵信的家臣之一。
天正九年 (1581 年)，信長命光秀為京都的軍馬演練作準備。此時的信長明顯對光秀予以萬二分信任。而根據日本史專家胡煒權引述津田宗及的記載，光秀的寢室內「床上掛有主公 (信長) 自筆的御墨寶」。「本能寺之變」發生前一年，光秀仍說：「吾本為瓦礫沈淪之徒，既從主公 (信長) 受賜莫大之軍勢，不實之法度與武勇無功之輩，乃國家之負累，猶如盜竊公器，必被恥笑矣。如若拔群粉骨，勵志忠節者，必速報主公 (信長) 御前，家中之軍法如此。」究竟是什麼原因，令光秀狠下心腸，背叛信長？
「本能寺之變」光秀叛變的動機，眾說紛紜，莫衷一是。要之，天正十年 (1582 年) 五月，光秀奉命接待德川家康，期間羽柴秀吉來函請信長派兵支援他攻打毛利氏，信長遂安排光秀返回封國作好出兵準備，同時解除他接待職務。六月一日下午，光秀率一萬三千兵馬離開丹波國龜山城，二日凌晨突襲信長駐紮之本能寺，把信長殺死，信長之嫡子信忠亦被殺。
「本能寺之變」後，光秀費大力氣爭取各方信長家臣支持，未能成功。秀吉得知信長被殺，馬上跟毛利氏講和，率兵從中國地區返還京都，討伐光秀。雙方決戰於山崎，羽柴軍偷襲明智軍成功，明智軍被包圍，光秀敗走，途中被殺 (一說自盡身亡，一說剃度出家)。其女婿明智秀滿在光秀失敗後，也於坂本城自殺。明智家覆滅，秀吉控制京都。
從家臣們不站到光秀一邊，可以肯定殺害信長並非織田家臣的共同意願。秀吉當時在中國地區、家康在安土城，在資訊不發達的年代，他們如何持續與光秀保持聯絡？若是合謀作反，不怕被信長發現嗎？信長辭去右大臣、右近衛大將等官職，給人想更上一層樓，推翻天皇的感覺。可是，一來無史料證實，二來天皇先下手為強，不見得有好處 (至少信長給予他的日常經濟援助會即時中止)，他會否果斷到聯合光秀對付信長？頗成疑問。
信長害得光秀母親被殺，《信長公記》、《明智軍記》等沒有相關記載，更準確的說法是：光秀實施圍城戰略，令波多野家兵盡糧絕，多人餓死。他再運用謀略，誘捕波多野兄弟。至於信長批評光秀接待家康不周、要求光秀交出領地、取笑光秀光頭令光秀怨恨云云，更屬荒謬，因這些全是江戶時代的以訛傳訛。
1958 年，高柳光壽分析比較可信的軍記小說、家譜、回憶錄後指出，「本能寺之變」之所以發生，是因為：光秀希望奪得天下，成為新的「天下人」。三個因素促使光秀決定發動政變：
1. 前途已無希望 (功名沒有更進一步的機會)；
2. 與勁敵秀吉的地位競爭落敗及被冷落 (信長的四國政策轉變)；
3. 信長無情的性格 (佐久間信盛、林秀貞等被放逐事件)；
所謂「四國政策轉變」，特別指信長與長宗我部元親由盟友轉成敵對，恰好光秀的重臣齋藤利三與長宗我部元親有姻親關係，此令光秀左右為難。
佐久間信盛於三方原支援德川軍，因率先撤退，使平手汎秀陣亡，遭信長斥責。之後鎮壓伊勢長島的農民起義，以及參與石山本願寺包圍戰，皆以失利告終。一連串事件令信長覺得信盛不復當年勇，已無利用價值，遂以十九條罪狀，把信盛一家流放。
林秀貞天正八年 (1580 年) 被信長以企圖謀反罪名流放，據說和晚年表現漸趨平庸，卻佔據重臣之位有關。
前車可鑑，加上明智光慶 (光秀子) 僅十四歲，五十多歲的年老爸爸為全家打算，趁機作一次豪賭以圖自保，是可以理解的。
[參考資料]
1. 胡煒權，《明智光秀與本能寺之變》。
