張居正任裕王 (後來的明穆宗) 講官，始於明世宗嘉靖四十三年 (1564 年)。
世宗嘉靖四十三年秋七月，以諭德張居正充裕王講官。
穆宗即位，張居正由禮部右侍郎轉為吏部左侍郎兼東閣大學士，入內閣。
穆宗隆慶元年 (1567 年) 二月，加恩侍從藩邸諸臣，以禮部右侍郎張居正為吏部左侍郎兼東閣大學士，直內閣。
不久，晉升禮部尚書、武英殿大學士、少保。
四月，進禮部尚書、武英殿大學士。
二年 (1568 年) 春正月，進大學士張居正少保。
早在那時，張居正已上疏提出改革主張：
八月，居正上疏陳大本急務六事。
其改革重點有六。
(i) 省議論 - 禁止官員以無用虛詞修飾，講求官員躬行實踐的成效。要求官員做事，先仔細審議，再果斷執行。用人上，選人務必慎重，既得適當人選，即要給予大信任，不要猜疑成性。
一曰省議論。凡事不貴無用之虛詞，務求躬行之實效。欲為一事，須審之於初。及計慮已審，即斷而行之，如唐憲宗之討淮、蔡，雖百方沮之而不為搖。欲用一人，須慎之於始。既得其人，則信而任之，如魏文侯之用樂羊，雖謗書盈篋而終不為之動。
(ii) 振紀綱 - 有見於朝中綱紀敗壞，官員好作模稜兩可的調停之論，以委曲遷就為善處，強調刑賞予奪必須依據公道，不可徇私。政教號令出於皇帝的心意，勿因他人浮泛議論而經常變更。
一日振紀綱。近年以來，綱紀不肅，猥以模稜兩可謂之調停，以委曲遷就謂之善處。伏望刑賞予奪，一歸公道，而不曲徇乎私情。政教號令，一斷宸衷，而勿紛更於浮議。
(iii) 重詔令 - 鑑於有朝廷詔旨十多年來未被執行，文件大量累積，下令各級官員嚴立工作限期，責令奏報，違者調查參劾。
一曰重詔令。近日以來，朝廷詔旨，多格廢不行，至十餘年未竟者。文卷委積，多致沈埋。年月既遠，事多失真。遂使漏網終逃，國有不中之法；覆盆自苦，人懷不白之冤。是非何由而明，賞罰何由而當？伏乞敕下各司，嚴立限期，責令奏報，違者查參。
(iv) 核名實 - 要求吏部嚴格對官員政績進行考核，循名責實。
一曰核名實。器必試而後知其利鈍，馬必駕而後知其駑良，今用人則不然。官不久任，事不責成，更調太繁，遷轉太驟，資格太拘，毀譽失實。臣願皇上慎重名器，愛惜爵賞。用人必考其終，授人必求其當。仍敕吏部嚴考課之法，審名實之歸。
(v) 固邦本 - 對於奢侈浪費的風俗、豪強土地兼併以致賦役不均，政府有責任予以清理。
一曰固邦本。今風俗侈靡，官民服舍俱無定制。外之豪強兼並，賦役不均，花分詭寄，偏累小民。乞敕內外諸司，悉心清理。
(vi) 飭武備 - 按戶籍徵求士兵，踏實訓練。節省不必要的開支養兵。懸重賞鼓勵將領在戰場上立功，法律條文盡量寬簡，令將領不會動輒得咎。嚴選守邊官員，團練鄉兵，加強邊防，且恢復大閱之禮，以檢試軍隊是否能戰。
一曰飭武備。今議者皆曰：兵不多，食不足，將帥不得其人。臣以為此三者皆不足患也。夫兵不患少而患弱。今軍從雖缺，而糧具存。若能按籍徵求，清查冒占，隨宜募補，從實訓練，何患無兵！捐無用不急之費，以撫養戰鬥之士，何患無財！懸重賞以勸有功，寬文法以伸將權，則忠勇之夫孰不思奮，又何患於無將！至於目前自守之策，莫要於選擇邊吏，團練鄉兵，並守墩堡。臣考前代及吾祖宗，俱有大閱之禮，以習武事而戒不虞。今京師內外，守備單弱，伏乞敕戎政大臣，申嚴軍政，設法訓練。每歲農隙之時，恭請大閱，以試將帥之能否，軍士之勇怯。注意武備，整飭戎事，亦足以伐外寇之謀，銷未萌之患。
從穆宗的反應，可見他支持改革。
疏入，上曰：「覽卿奏，皆深切時務，具見謀國忠悃，所司詳議以聞。」於是都御史王廷等覆「振紀綱、重詔令」二事，析為八則。疏上，上允行之。兵部覆飭武備事宜：「一議兵，一議將，一議團練鄉兵，一議守城堡，一議整飭京營。」又奏：「大閱之禮，宣宗、英宗嘗行之。恭請親臨較閱，如閣臣所奏。」上曰：「大閱既有祖宗成憲，允宜修舉。其先期整飭，俟明年八月舉行。餘悉如議。」戶部議固邦本，言「財用之當經理者有十，宜嚴法整飭」。上一一允行之。
張居正為人有仇必報，且貪圖富貴，排除異己，不擇手段，凡此種種，在「遼王謀反事件」清楚反映。
十二月，廢遼王。大學士張居正故隸遼王尺籍，至憲㸅，頗驕酗，多所凌轢，居正銜之，而又羨其府第壯麗。會告王謀反，刑部訊治。侍郎洪朝選案驗無謀反狀，僅坐以淫酗，憲㸅錮高牆，廢其府，居正攘以為第。後復恚朝選不附反律，謀殺朝選。
張居正的爺爺張鎮是被遼王朱憲㸅害死，加上貪圖遼王府的壯麗，遂誣陷遼王謀反。洪朝選如實審案，發現無謀反狀，竟被張居正謀殺，可見張居正唯我獨尊。
張居正獨斷的表現還見於隆慶三年 (1569 年) 九月討論「京營教場大閱」一事上。
三年九月，上大閱於京營教場，敕諭戎政官及諸吏卒。先是，給事中駱問禮言：「大閱非今時所急，不必仰煩聖駕。」居正力持其說，上遂行之。
偏偏其在官場扶搖直上。
四年 (1570 年) 十二月，大學士張居正秩滿，進兼太子太傅、吏部尚書，進少傅，兼建極殿大學士。
更成為皇太子朱翊鈞 (後來的明神宗) 的老師。
六年 (1572 年) 春正月，進大學士張居正少師。
穆宗病重，臨終前以高拱、張居正、高儀為顧命大臣。穆宗死，皇太子朱翊鈞繼位，年僅 10 歲。
五月，上不豫。己酉，大漸，召閣臣高拱、張居正、高儀至乾清宮受顧命。上倚坐御榻，皇后及皇貴妃咸侍，東宮立於左。上困甚，太監馮保宣顧命曰：「朕嗣統方六年，今疾甚，殆不起，有負先帝付托。東宮幼沖，以屬卿等。宜協輔，遵守祖制，則社稷功也。」拱等泣拜而出。翌日上崩。
六年甲子，皇太子即位，年始十歲。
張居正勾結司禮太監馮保以鞏固權力，高拱欲逐馮保，未能成功，反被去除。張居正成為內閣的新首輔。
六年甲子，皇太子即位，年始十歲，時太監馮保方居中用事，矯傳大行遺詔云：「閣臣與司禮監同受顧命。」廷臣聞之俱駭。一日，內使傳旨至閣。拱曰：「旨出何人？上沖年，皆若曹所為，吾且逐若曹矣。」內臣還報，保失色，謀逐拱。拱與居正俱負氣不相下，居正乃結保自固。時臺諫交劾保，必欲斥之。而高拱自以與居正及高儀同與凴几，每慷慨收宮府權曰：「老臣謬膺托孤，不敢不竭股肱。凡內降命敕，府部章奏，自合公聽並觀。有傳奉中旨，所司按法覆奏，白老臣折衷之，以復百官總已之義。」拱內慮馮保專恣，與居正、儀謀去之。居正陰泄之保，乃與保謀去拱。
六月既望，庚午昧爽，拱在直，居正引疾。召諸大臣於會極門，促居正至，拱以為且逐保也。保傳皇后、皇貴妃皇帝旨曰：「告爾內閣、五府、六部諸臣。大行皇帝賓天，先一日，召內閣三臣御榻前，同我母子三人，親受遺屬曰：『東宮年少，萊爾輔導。』大學士拱，攬權擅政，奪威福自專，通不許皇帝主管，我母子日夕驚懼。便令回籍閒住，不許停留。爾等大臣，受國厚恩，如何阿附權臣，蔑視幼主！自今宜洗滌忠報，有蹈往轍，典刑處之！」拱即日出朝門，得一牛車，立而附載，緹騎兵番踉蹌追逐，喪厥資斧，大臣去國，以為異聞。拱去，居正為乞馳驛，乃傳歸。而高儀未幾亦卒以病死，居正裒然首輔矣。
張居正大權在握，慨然以天下為己任。
面對年輕的神宗，張居正先訓以：「今國家要務，惟在遵守舊制，不必紛更。至於講學親賢，愛民節用，又君道所先，乞聖明留意。」
辛酉，上御平臺，召張居正慰勞之曰：「皇考屢稱先生忠臣。」居正傾首泣謝曰：「今國家要務，惟在遵守舊制，不必紛更。至於講學親賢，愛民節用，又君道所先，乞聖明留意。」上曰：「善。」隨賜酒饌銀幣。居正既柄政，慨然以天下為己任，中外想望豐采，一意尊主權，課吏實。嘗言：「高皇帝得聖之威者也。世宗能識其意，是以高臥法宮之中，朝委裘而不亂。今上，世宗孫也，奈何不法祖！」具詔草請於上，召群臣廷飭之，百寮惕然。
再請開經筵 (皇帝在此聽講經史)。
八月，張居正請開經筵，復請更定常朝日期，御門聽政。俱從之。上遂御文華殿，日講以為常。
抑止皇室奢靡風氣。
十一月，太監崔敏請買金珠寶石。居正上言：「前六月間，奉命停止，今忽有此舉，是前詔不信也。乞暫停之，以蘇民力。」因封還敏疏，遂報罷。
且編《帝鑒圖說》供神宗閱覽。
十二月，張居正進《帝鑒圖說》。上見捧冊進，喜動顏色，遽起立，命左右展冊。居正從旁指陳大義，上應如響。因即宣付史館，賜居正銀幣。
這個時候，神宗對張居正言聽計從，二人情同父子。
甲戌，張居正奏請明年正月上旬，即御殿日講。但先帝喪未期，勿設宴，並免元夕燈火。上曰：「已早停止。每侍聖母膳，甚簡素。或逢節日，具果宴，不設樂。」居正稱善。尋諭光祿卿免節間供應七百餘金。
神宗萬曆元年 (1573 年) 春正月辛卯，命成國公朱希忠、大學士張居正知經筵事。上甚敬禮居正，每日御經筵，居正以詩書入，在文華殿後，張小幄，造膝密語。一日，居正在直廬感病，上御暖閣，親調椒湯賜之。盛暑御講，上就居正立處，令內使搖扇。隆冬進講，以氈片鋪地。
(萬曆二年，1574 年) 秋九月辛巳，刑部請錄囚，慈聖太后欲停之。上問張居正，對曰：「春生秋殺，天道之常。皇帝即位以來，停刑者再矣。稂莠不除，反害嘉禾，凶惡不去，反害良民。」上為請，太后從之。
細看張居正給予神宗的意見，又有：
(a) 留心武備
(隆慶六年) 一日，上御文華殿講畢，覽至漢文帝勞軍細柳事。居正因言：「皇上當留意武備。祖宗以武功定天下，承平日久，武備日弛，不可不及早講求也。」上稱善。
(b) 制敕宜尚簡嚴
戊寅，張居正上言：「制敕宜尚簡嚴，近來過為誇侈。臣諛其君，猶謂之佞，況以上諛下乎！乞戒代言諸臣，復古從實，毋壞制體。」從之。
(c) 親賢臣，貴五穀，節省無謂開支
(萬曆元年) 冬十月，上御文華殿，張居正進講，言及宋仁宗不喜珠飾。上曰：「賢臣為寶，珠玉何益！」居正曰：「明君貴五穀而賤珠玉，五穀養人，珠玉饑不可食，寒不可衣。」上曰：「然。宮人好冶妝，朕歲賜未嘗不節省。」居正曰：「皇上言及此，社稷生靈之福也。」
(萬曆二年) 他日，上日講畢，問居正：「元夕煙火鼇山，祖制乎？」曰：「非也。成化間，以奉母后，時多諫阻。今新政宜裁。」上曰：「然。」居正曰：「明年雖禫，繼此當大婚，又皇弟潞王出閣，諸公主釐降，所費甚煩，宜預節省。」上曰：「朕極知民窮。」居正請減元日賜賚，上大然之。
(d) 勿汲汲於一技藝，施行德政，贏得民心，人定勝天
(萬曆元年) 上又曰：「秦始皇銷兵，梃可傷人，何銷兵為？」居正曰：「人君佈德修政，以結民心為本。天下之患，每出所防之外。秦亡於戍卒，故天時不如地利，地利不如人和。」上曰：「然，人定真能勝天也。」
(萬曆二年) 明日，居正侍，進諫曰：「帝王之學，當務其大。自堯、舜至唐、宋賢主，皆修德行政，治世安民，不以一藝。漢成帝知音律，能吹簫度曲；梁武帝、陳後主、隋煬帝、宋徽宗皆能文，善書畫，無救於亂亡。則君德之大，豈沾沾一藝哉！」
張居正進《講章疏》、請錄《皇陵碑》及《御製集》等，尤其見出他對教育神宗費盡心機，用心良苦。
(萬曆二年) 張居正進《講章疏》，略曰：「義理必時習而後能悅，學問必溫故而知新。臣今將今歲所進講章，重複刪定《大學》一冊，《虞書》一冊，《通鑑》四冊，進呈睿覽。雖淺近之言，然亦行遠登高之一助。」
上御文華殿講畢，問建文果出亡否？張居正曰：「國史不載。但故老相傳，披緇雲遊，題詩於田州，有『流落江湖四十秋』之句。」上太息，命錄詩進。居正曰：「此亡國之事，不足觀也。」請錄《皇陵碑》及高皇《御製集》以上，見創業之艱，聖謨之盛。明日，輔臣進《皇陵碑》。上覽畢，謂居正曰：「朕覽碑，讀之數過，不覺感傷欲泣。」居正曰：「祖宗當日艱難，蓋以天心為心，故能創制顯庸。皇上以聖祖之心為心，乃能永保洪業。」因述聖祖微時事及即位勤儉。上愴然曰：「朕敢不黽勉法祖，然尚賴先生輔導也。」
另外，他教神宗要孝順生母慈聖皇太后，因此討得慈聖皇太后歡心。
上又嘗語輔臣曰：「昨日禁中花盛開，侍母后賞宴甚歡。」蓋指慈寧也。居正奏曰：「仁聖太后處多時寂寞，惟皇上念之。」起還宮，白慈聖，即自駕往迎仁聖過大內，賞花傳觴，歡宴而罷。
憑藉神宗信任，張居正開始落實他的改革主張。
首為「考成法」。
(萬曆元年) 六月，張居正上言：「稽劾章奏，隨事考成，有遷延隱蔽者，即舉劾。」上從之。
次為引用清廉能幹的官吏，如謝鵬舉。
二年春正月，大學士張居正請上引見廉能官，仿祖宗午朝之儀。從之。甲午，上御皇極門，引見朝覲清廉卓異浙江布政使謝鵬舉等二十五人，特加獎勵。各賜金幣，並宴。
三為獻上繪有天下疆域及職官姓名的屏風，供神宗時加省覽 (此舉效法唐太宗。太宗於宮內置一屏風，把地方官員的政績記於其上，作為黜涉升降的依據)。
十二月壬子，張居正率大臣上御屏。屏繪天下疆域及職官姓名，用浮帖以便更換。上命設於文華殿後，時加省覽。
四為禁毀郡縣私建書院。
三年 (1575 年) 夏五月，大學士張居正上言：「近郡縣入學大濫，宜敕學臣量加裁省。並敕吏部，凡所在督學臣，非方正勿遣。」
五為增置閣臣 (實際是建立自己的羽翼，組成改革班子)，如張四維、張瀚。
八月，張居正請增閣臣，許之。即日進吏部左侍郎張四維為禮部尚書，入東閣。故事，入閣者，止曰「同某人辦事」。至是，上手注：「隨元輔入閣辦事。」四維恂恂若屬吏矣。
六為肅清窒礙改革進行的勢力。
四年 (1576 年) 春正月，御史劉臺劾大學士張居正專擅威福，如逐大學士高拱，私贈成國公朱希忠王爵，引用張四維、張瀚為黨，斥逐言官余懋學、傅應楨，罔上行私，橫黷無厭。居正怒甚。見上辭政，曰：「臣之所處者，危地也。言者以為擅作威福，而臣之所行，正威福也。將巽順以悅下耶？則負國。竭公以事上耶？無以逃端擅之譏。」伏地不肯起。上下御座，手掖之曰：「先生起，朕當責臺以謝先生。」詔下臺獄，杖之百，遠戍之。時議藉藉，居正不自安，復具疏為解，免杖，奪職為民。然心終恨之，後竟置之死。
八年 (1580 年) 春正月己未，先是，永豐梁汝元 (即何心隱) 聚徒講學，吉水羅巽亦與之遊。汝元揚言：「張居正專政，當入都頌言逐之。」居正微聞其語，授指有司捕治之。己，湖廣、貴州界獲妖人曾光，竄入汝元、巽姓名，云謀不軌。汝元、巽俱先死，湖廣守臣具爰書下法司訊之，並曾光亦非真也，第據律論罪。
七為安排水利專家潘季馴整治黃河，解決水患問題。
(萬曆七年，1579 年) 二月，河工成。先是，淮安有水患，河決入淮。淮勢不敵，淮揚咸為巨浸，直逼泗洲，患近陵寢。上以問張居正，因上言：「故河道都御史潘季馴可使。」乃降璽書，即其家拜都御史，使持節治河。一切假以便宜久任，帑藏不問出入。諸奉行不及事者，下詔獄鞫治之。於是當事者日夜焦勞，蓋踰年而堤成，轉漕無患。
八為以戚繼光出任薊遼總兵、李成梁出任遼東總兵、梁夢龍出任薊遼總督，加強華北邊務，防範蒙古南侵。
(萬曆三年) 遼東告警，上深以為憂。張居正對曰：「暑月非北騎狂逞之時，必無慮。」既而薊遼總兵戚繼光報稱：「諸部解散無警。」居正因上疏論邊事曰：「昨遼東撫臣張學顏報稱：『寇眾二十餘萬謀犯遼東，前鋒已抵大寧。』皇上面諭臣，臣已面奏，料其無事。今據總兵戚繼光報稱：『寇久解散。』臣又使人於宣府密偵西人青把都動靜，則把都在巢駐牧，未嘗東行。遼東所報，皆屬虛聲。臣等因此，反切憂慮。夫兵家之要，必知彼已，審虛實，而後可以待敵取勝。今無端聽一訛言，倉皇失措，則是彼己虛實茫然不知，其與『風聲鶴唳，草木皆兵』者何異？敵情狡詐，萬一彼常以虛聲恐我，使我驚惶疲於奔命，久之懈弛不備，然後卒然而至，措手不及。是在彼反得先聲後實，多方以誤之之策。而在我顧犯不知彼己，百戰百敗之道。他日邊臣失事，必由於此。故臣等不以寇之不來為喜，而深以邊臣不知敵情為慮也。兵部以居中調度為職，猶貴審察機宜，沈謀果斷，乃能折衝樽俎，坐而制勝。今一聞奏報，便爾張皇，事已之後，又寂無語。徒使君父焦勞於上，以憂四方。豈僅以題覆公牘，謂已畢本兵之事耶！乞傳諭兵部，詰以寇情虛實之由，使之知警。並請賑各邊饑卒。」俱從之。
(萬曆七年，1579 年) 冬十月，薊遼總督梁夢龍報土蠻大舉入寇。張居正奏言：「臣諭邊臣，如敵騎入，勿輕戰，堅壁清野。野無所掠，彼將自阻。請令夢龍駐永平，戚繼光駐一片石。伺間邀擊。」上善之。既而土蠻以四萬騎犯前屯，梁夢龍、李成梁率兵禦卻之。
且用曾省吾平定四川西南都蠻作亂。
(萬曆二年) 四川西南都蠻平。初，隆慶時，都蠻作亂，張居正薦曾省吾往討之。省吾有偉略。而四川總兵劉顯以在閩事被彈，居正曰：「臨敵易將，兵家所忌。倘蜀事不效，當並閩事逮治之。」於是顯奮不顧身，受省吾方略，以平蠻自效。凡六閱月，諸寨悉平，俘蠻長三十六人，拓地四百里。
九為改革浮跨風，停止大型建設，節省開支，體恤民間疾苦。
(萬曆四年) 十二月，上御文華殿，舉袍示輔臣曰：「此何色也？」居正以為青。上曰：「紫也，久而色渝。」居正曰：「紫易渝。昔皇祖不尚袨服，御衣敝甚始易，享國長久，未必不由此。願皇上以皇祖為法，節一衣，民間有數十人得其暖者；輕一衣，民間有數十人受其寒者，不可不念也。」時左右亦言民窮，至鬻妻子應上供。上深然之。
(萬曆五年，1577 年) 五月戊申，諭修慈慶、慈寧南宮。張居正言：「兩宮於萬曆二年落成，今壯麗如故，足以娛聖母。乃欲壞其已成，更加藻飾，非所急也。請輟工。」從之。
十為丈量土地，改良賦稅、徭役制度，以打擊豪強兼併土地，為民紓困。
(萬曆五年，1577 年) 令天下度田。國初，天下土田八百五十萬頃。至後漸減，歲久滋偽。豪民有田不賦，貧民曲輸為累。民窮逃亡，故額頓減。張居正請料田，凡莊田、民田、職田，蕩地、牧地，皆就疆理無有隱。其撓法者，下詔切責之。
十年 (1582 年) 二月丁酉，大學士張居正上言：「安民之道，在察其疾苦。今尚有一事為民害者，帶徵稅糧也。夫百姓財力有限，一歲之入，僅足供一歲。不幸歲歉，目前尚不能辨，豈復有餘力更完累歲積逋乎！有司避責，往往將今年所徵抵完舊逋。即今歲所欠，又為將來帶徵矣。況徵輸額緒繁多，年分淆雜，小民竭脂膏，胥吏飽谿壑。甚者，不肖有司因而漁獵。夫與其朘民以實奸貪之橐，孰若盡蠲以施曠蕩之恩。乞諭戶部，核萬曆七年以前積負，悉行蠲免。將見年正額，責令盡完。在百姓易辦，在有司易徵，是官民兩利也。」上從之。詔下，中外大悅。
其他改革措施還包括：
貫徹「量入為出」的理財原則。
(萬曆七年) 三月，上疹愈，徵光祿寺十萬金。張居正上言：「財賦有限，費用無窮。使積貯空虛，不幸有四方水旱之災，疆場意外之變，可為寒心。此後望力加撙節，若再徵金，臣等不敢奉詔矣。」時上漸備六宮，太倉所儲，屢有宣進。居正上戶部所進御覽錢糧數目，請置之坐隅，時賜省覽，量入為出。因言：「萬曆初年，所入四百三十五萬有奇。六年，所入僅三百五十五萬有奇，則已少八十餘萬矣。五年，歲出四百四十九萬有奇，則已多四十餘萬矣。夫歲出則浮於前，歲入則損於前，此不可不留心也。《王制》量入為出，計三年之出，必有一年之餘而後可。況財用止有此數，設法巧取，不能增多。惟加意撙節，則用自足。」上嘉納之。
請神宗批閱奏章時，師法聖祖所親批疏稿。
(萬曆四年) 五月辛酉，上視朝，張居正等請覽奏章時，閱聖祖所親批疏稿為法。上曰：「然。」居正因簡內閣所藏聖祖手諭六十三道、御制四十四道、聖旨並帖共七十道上之。
考察以官員能否「安靜宜民」為首要，虛文矯飾之徒列入下等 (沿自早年提出的「省議論」)。
秋七月丁酉，張居正上言：「致治之道，莫要於安民。安民之法，莫重於守令。守土牧民者，削下奉上以希聲譽，奔走趨承以求薦，舉徵發期會以完簿書，苟且草率以逭罪責，其實心愛民者，未嘗概見。明春外計考察，舉錯乃向背所繫，惟以安靜宜民為最。虛文矯飾，雖浮譽素隆，當列下考。」
用人唯才，不問出身。
山東撫按劾昌邑知縣孫鳴鳳貪賄。上怒甚，欲遣逮。張居正曰：「貪人固當盡治，但故事俱下臺訊。」上曰：「然。鳴鳳之婪，乃出進士乎？」居正曰：「此人惟恃進士，故爾恣肆。若乙科明經，尚有畏忌。今後用人，但問功能，不可拘資格。」上深然之。
重用殷正茂、凌雲翼討寇賊。
(萬曆五年) 嶺西羅旁平。羅旁據山海間，驚江急峽，巖壑險絕，諸瑤窟穴其中，前代不入版籍。國初，甫一定之。世宗朝，諸瑤轉相寇掠，不可撲滅。督撫殷正茂既討平惠、潮寇，上疏言羅旁當誅。廷議不能決。居正毅然言當誅 (案：此張居正不及三國諸葛亮之高明。諸葛亮以德服人，七擒七縱孟獲而未將之趕盡殺絕，孟獲終歸順諸葛亮)，舉兵部尚書凌雲翼，請賜璽書，屬之討賊。雲翼瀕行，居正謂之曰：「雖鞭之長，不及馬腹。即今兩廣諸瑤，雖所在都有，然乘間竊發，要當審所緩急耳。」雲翼既至，部諸路兵號三十萬，八道並進。剋木衣山，破諸峒五百六十有四，俘斬四萬二千有奇，拓地數百里，置郡縣。捷聞，賜賚有差。
嚴禁匿藏盜賊。
先是，四方多草竊，有司秘不以聞。張居正特嚴其禁。匿盜者，雖循吏必黜。得盜即報決。有司凜凜，盜亦衰止。
張居正為國盡忠，出心出力，神宗非常感激，御筆親書「弼予一人，永保天命」賜給他。
(萬曆二年) 閏十二月丁亥，上御書「弼予一人，永保天命」，賜張居正。
萬曆四年十月，神宗進張居正左柱國太傅，加伯爵。
冬十月丙子，進張居正左柱國太傅，仍加伯爵。敕曰：「先生親受先朝顧命，輔朕沖年。今四海昇平，實賴匡弼。精忠大勳，言不能殫。惟我祖宗列聖，佑爾子孫，與國咸休。欽哉！」居正固辭伯爵，許之。
某程度上，張居正改革是成功的，「府庫充溢，太僕寺亦積金四百餘萬」、「遼東再奏大捷」可以為證。
(萬曆四年) 居正上言：「近者仰賴皇上愛人節用，京、通儲粟，足支八年，太倉銀庫，所積尚少。宜將明年漕糧量折十三，足國裕民，一舉兼得。」上從之。時府庫充溢，太僕寺亦積金四百餘萬。
(萬曆六年三月) 庚辰，遼東再奏大捷，上歸功張居正，使使馳諭，俾定爵賞以聞。召趣還朝，居正以母老，俟秋上道。命錦衣歸馳趣之。
不過，改革亦有失於嚴苛的地方，以「考成法」最惹人詬病。
居正又請行考成法，有司以徵解為殿最。於是奉行者，督責小民，不勝樸楚，相率為怨言。
余懋學建議張居正行「寬大之政」，其實是有道理的。
改革本身有缺陷，同時，神宗慢慢長大，日慎一日，勤學如舊，顯得吃力。
(萬曆五年) 閏八月丁亥，上視朝。張居正因言：「近因陰雨，朝講暫輟。恐中外不知，謂皇上勤學漸不如初。願日慎一日，非有他事及風雨不得輟。」上深然之。
適逢張居正父親去世，張居正陷入「奪情」(為國家奪去孝親之情，不守三年之喪，僅以素服辦公，不參加吉禮) 風波。吳中行、趙用賢、艾穆、沈思孝嘗試阻止「奪情」，被張居正處以嚴刑。
(萬曆五年) 己卯，張居正父喪訃至，上以手諭宣慰，視粥止哭，絡繹道路，又與三宮賻贈甚厚，然亦無意留之。所善同年李幼孜等倡奪情之說，於是居正惑之，乃外乞守制，示意馮保，使勉留焉。
冬十月，居正再上疏乞終制，不允。乃請在官守制，不造朝，許之。居正既父喪奪情，吉服視事。編修吳中行、檢討趙用賢因星變陳言。刑部員外艾穆、主事沈思孝合疏言「居正忘親貪位」，居正大怒。時大宗伯馬自強曲為營解，居正跪而以一手捻鬚曰：「公饒我，公饒我！」掌院學士王錫爵逕造喪次，為之解。居正曰：「聖怒不可測。」錫爵曰：「即聖怒，亦為公。」語未訖，居正屈膝於地，舉手索刃作刎頸狀曰：「爾殺我，爾殺我。」錫爵大驚，趨出。
十月二十二日，中行等四人同時受杖。中行、用賢即日驅出國門，人不敢候視。許文穆方以庶子充日講，鎸玉杯一，曰：「斑斑者何？卞生淚。英英者何？藺生氣。追追琢琢永成器。」以贈中行。鎸犀杯一，曰：「文羊一角，其理沈黝。不惜剖心，寧辭碎首。黃流在中，為君子壽。」以贈用賢。穆、思孝復加鐐鎖，且禁獄。越三日，始僉解發戍，為更慘毒。時鄒元標觀政刑部，憤甚，視四人杖畢而疏上。越三日，受杖，謫戍貴州都勻衛。
陽明學派反對「奪情」，張居正等於被排拒於儒門之外。沒多久，他一手提拔的張瀚亦反對「奪情」，改革陣營根基動搖。
罷吏部尚書張瀚。先是，瀚為南京工部尚書，廷推吏部，瀚名第三。以居正言，上越次用之。居正以為德，希瀚報。奪情議起，遂邀中旨，屬瀚留居正。居正亦自牘，風之使留已。瀚若不喻其意者，謂：「政府奔喪，當以殊典卹之，宗伯事也，何關吏部？」居正乃令所善客說瀚。瀚不聽，又不欲顯居其名，乃偕三尚書密晤居正，動以微言。居正大不悅，於是有詔切責瀚，謂瀚奉諭不復，無人臣禮。是時，廷臣爭惴栗，各倡保留之議。瀚拊膺太息曰：「三綱淪矣！」居正益怒，嗾臺省劾之，以為昏耄，勒令致仕。
張居正雖用嚴刑竣法壓服反對「奪情」的人，但火乘風勢，京師眾人皆憤怒，「作謗書懸長安門，謂居正且反」。直至神宗諭旨出，謗議稍息。
丙午，上戒諭群臣曰：「奸臣小人，藐朕沖年，忌憚元輔。乃借綱常之說，肆為誣論。欲使朕孤立於上，得以任意自恣。茲已薄處，如或黨奸懷邪，必罪不宥。」時言奪情者得罪，都人士皆憤怒。作謗書懸長安門，謂居正且反。上聞之，故宣諭於朝，謗議稍息。
人們不宣之於口，內心卻一律不滿張居正。「奪情」是張居正人生一個關鍵。自此，他志意漸恣 (放縱)，「其所黜陟，多由愛憎。左右用事之人多通賄賂」(《明史》＜張居正傳＞)。
十一月癸丑朔，以星變考察群臣。始張居正自矯飾，雖或任情，而英敏善斷，中外群譽之，居正亦自負不世出。迨劉臺論居正得罪，志意漸恣。至是，益知天下不見與，思威權劫之矣。
儘管神宗仍舊非常信賴張居正，以對老師、重臣之禮待之。
已而召居正於平臺，慰諭甚至，即日入直。初，居正喪次，凡閣中事，令吏齎奏就擬處分。手詔稱元輔，稱太師，稱先生，皆盡古師臣之禮。
六年春正月，將舉大婚，首輔張居正充納采問名副使。給事中李淶疏言：「居正有服制，不宜與執事，乞改命。」上不允。以聖母諭諭居正，遂從吉。
三月甲寅，張居正乞歸治葬，許之。辭朝，上召見於平臺，勞諭之曰：「朕不能捨先生，恐重傷先生懷，是以忍而允所請。雖然，國事至重，朕將焉依！」居正奏言：「皇上大婚之後，宜撙節愛養，留心萬機。」因伏地而哭。上亦為之哽咽墮淚，曰：「先生雖行，國事尚宜留心。」乃賜銀印，曰「帝賚忠良」，令得密封言事。進辭兩宮，各賜贐金，慰諭有加。
六月乙未，張居正還朝，上召見於文華西室。問沿途所見，稼穡何如？民生何如？邊事何如？居正對甚悉。上大悅，賜休沐十日。
萬曆八年 (1580 年) 三月，張居正乞求退休。
三月，大學士張居正具疏乞休。
神宗、慈聖皇太后極力挽留，張居正不得已繼續任職。
再上，上慰留懇切。最後，手書傳慈聖口諭：「張先生受先帝付托，豈忍言去！俟輔爾至三十，卻再審處，讓後人非晚也。」居正因復就職。
甲子，賜進士張懋修等三百人及第、出身有差。懋修兄敬修，亦成進士，得禮部主事。俱居正子。
可是，劉一儒的致書，「愚所過慮者，政嚴則苛，法密則擾......而督責復急，人情不堪，非所以培元氣而養敦渾之體也。昔臯陶以寬簡贊帝舜，姬公以惇大告成王，淪洽當代，矩矱後世，願明公法之」，觸及他的痛處。
八月戊子，刑部侍郎劉一儒移書張居正曰：「竊聞論治功者貴精明，論治體者尚渾厚。自明公輔政，立省成之典，復久任之規，申考憲之條，嚴遲限之罰。大小臣工，鰓鰓奉職，治功既精明矣。愚所過慮者：政嚴則苛，法密則擾。今綜覆既詳，弊端剔盡。而督責復急，人情不堪，非所以培元氣而養敦渾之體也。昔臯陶以寬簡贊帝舜，姬公以惇大告成王，淪洽當代，矩矱後世，願明公法之。」居正得書不懌 (喜悅)。
萬曆九年 (1581 年) 四月一件事，更透露中央政令無法有效下達地方。地方官員不受約束，上有政策，下有對策。
夏四月辛亥，上御文華殿，張居正以給事中傅作舟疏進覽云：「今江北淮、鳳及江南蘇、松連被災傷，民多乏食，至以樹皮充饑。或相聚為盜，大有可憂。」上曰：「淮、鳳頻年告災，何也？」居正對曰：「此地從來多荒少熟，元末之亂，皆起於此，今當破格賑之。」上曰：「然。」居正極言：「今有司負職，如積穀一事，屢旨申飭，竟成虛文。」上作色曰：「有司忽民，宜重處之。」居正曰：「以後犯者當如聖諭。」
神宗也越來越不爭氣，先在一夜宴受宦官孫海、客用欺騙，鞭撻兩名內使至幾乎死亡。
十一月戊寅，上以夜宴，惑於內侍孫海、客用等，撻二內使幾斃。慈聖太后聞之，切責上，令取《霍光傳》入覽。上悔悟，降孫海客等。明日，上諭閣臣：「朕在沖年，自多過愆，惟藉諸先生力諫，使朕為堯、舜之君。」張居正因奏：「諸內臣老成廉慎者存之，諂佞放恣者汰之。皇上亦宜痛改，戒宴飲以重起居，專精神以廣繼嗣，節賞賚以省浮費，卻玩好以定心志，親萬機以明庶政，勤講學以資治理，端趨向以肅士風，則聖德愈光矣。」上深嘉納之。
繼而沉迷「翰墨」(文章、書法、畫作)。
十二月甲辰，張居正請屬儒臣，以累朝《寶訓》、《實錄》，分四十餘則：「曰創業艱難，曰勵精圖治，曰勤學，曰敬天，曰法祖，曰保民，曰謹祭祀，曰崇孝敬，曰端好尚，曰慎起居，曰戒游佚，曰正宮闈，曰教儲貳，曰睦宗藩，曰親賢臣，曰去好邪，曰納諫，曰守法，曰敬戒，曰務實，曰正紀綱，曰審官，曰久任，曰重守令，曰馭近習，曰待外戚，曰重農，曰興教化，曰明賞罰，曰信詔令，曰謹名分，曰卻貢獻，曰慎賞賚，曰甘節儉，曰慎刑獄，曰褒功德，曰屏異端，曰飭武備，曰禦寇盜。」仍敕次第進呈，俟明年開講。其諸司章奏切要者，即講畢面裁。時上留意翰墨，居正以為筆札小技，非君德治道所繫，故有是請。上嘉納之。
張居正雖請儒臣為神宗開講歷朝《寶訓》、《實錄》，且令翰林學士輪流入宮值班，與神宗應和文章，向神宗質問經義，為神宗陳說治國之道理，如唐、宋故事。
九年春正月，大學士張居正請令翰林分番入直，應和文章。或令侍上清燕，質問經義，陳說治理，如唐、宋故事。
但效果似乎不理想。
神宗耗財越耗越大，卒之「歲入百二十萬，猶稱乏 (不足)」。
又曰：「江南、北旱，河南風災，畿內不雨，勢將蠲賑。惟皇上量入為出，加意撙節。如宮費及服御，可減者減之，賞賚可裁者裁之。至若施捨緇黃，不如予吾赤子也。」上曰：「然。今宮費俱節，賞賚不溢。」居正曰：「皇上謂從舊，亦近例耳。如今年暫行，明年即為例，非祖制也。臣不敢遠引，如皇祖用度最繁，然內帑尚有餘積。隆慶初庫貯尚有餘萬，今歲入百二十萬，猶稱乏。惟皇上省察。」上是之。
張居正改革發展到此一地步，顯然已不能再走下去了。
萬曆九年十一月，張居正獲賜御筆手寫「精忠大勳，言不能盡，官不能酬」十二個大字。
十一月，張居正一品考滿，賜金幣及酒果甚厚。手敕褒諭，有「精忠大勳，言不能盡，官不能酬」之語。加上柱國、太師，支伯爵俸。居正固辭，允之。
改革不成，任神宗如何讚賞，盡是徒然。萬曆十年三月，張居正患病，三個月後病逝，享年五十七歲。
三月丁卯，張居正有疾，求私宅票擬。從之。
六月甲午，居正以疾再乞休，不允。上以細務委張四維，大事即居正家平章。以遼左大捷，斬速把孩功，進張居正太師。
甲辰，上遣司禮太監賚手敕諭張居正曰：「聞先生糜飲不進，朕心憂慮。國家大事，當一一為朕言之。」居正力疾疏謝，並上密奏，薦禮部尚書潘晟、吏部左侍郎餘有丁。明日，上即命二人入閣。
丙午，大學士張居正卒。
張居正死後，獲風光大葬。
上震悼輟朝，遣司禮太監張誠監護喪事，賜賻甚厚。兩宮太后及中宮，俱賜金幣。賜祭十六壇，贈上柱國，諡文忠。
神宗心態卻微妙地轉變。
初，上在講筵，讀《論語》「色勃如也」，誤讀作「背」字。居正忽從旁厲聲曰：「當作『勃』字。」上悚然而驚，同列皆失色。上由此憚之。
不久，御史李植上疏彈劾馮保十二大罪狀。明神宗查抄馮保家產 (《明史》＜張居正傳＞：「盡籍其家金銀珠寶巨萬計」)，把他發配南京孝陵。
發馮保南京閒住。
宦官張誠與李植、羊可立、楊四知、阮子孝等聯合，群起攻擊張居正與馮保「交結恣橫」，牽累王篆、曾省吾等。張四維上疏申辯，不果。
張居正卒之慘遭抄家清算。
帝命司禮張誠及侍郎丘橓偕錦衣指揮、給事中籍居正家。誠等將至，荊州守令先期錄人口，錮其門，子女多遁避空室中。比門啟，餓死者十餘輩。誠等盡發其諸子兄弟藏，得黃金萬兩，白金十餘萬兩。其長子禮部主事敬修不勝刑，自誣服寄三十萬金於省吾、篆及傅作舟等，尋自縊死......後言者復攻居正不已。詔盡削居正官秩，奪前所賜璽書、四代誥命，以罪狀示天下，謂當剖棺戮死而姑免之。其弟都指揮居易、子編修嗣修，俱發戍煙瘴地。(《明史》＜張居正傳＞)
吳中行、趙用賢、艾穆、沈思孝、王用汲、余懋學、朱鴻謨、趙應元、傅應禎、趙世卿、鄒元標俱復官。會潞王婚禮，所需珠寶未備，太后間以為言。上曰：「辦此不難，年來廷臣無恥，盡獻張、馮二家耳。」太后曰：「已抄沒矣，必可得。」上曰：「保黠猾，盡竊而逃。」自此內中「張先生」、「張太岳」稱謂，絕以為諱。而籍沒之舉，亦胎於此。
十二年，上從遼府次妃王氏奏請，籍沒張居正家，其產不及嚴嵩二十分之一。株連頗多，荊、川騷動。上曰：「遼府廢革，既奉先帝宸斷，又無應繼之人，著推舉親枝，以本爵奉祀，仍准王歸葬。原封抱養子述璽，准依親居住，給興庶糧二百石，本折中半支。王氏從厚，援徽府例贍養。張居正誣蔑親藩，箝制言官，蔽塞朕聰。私占廢遼地畝，假以丈量遮飾，騷動海內。專權亂政，罔上負恩，謀國不忠。本當斵棺戮尸，念效勞有年，姑免盡法。伊屬張居易、張嗣修、張順、張書，俱令煙瘴地面充軍。」
一代權臣，落得如斯下場，都算悲慘。
申時行、潘季馴、于慎行對神宗受宦官、言官慫恿，用霹靂手段迫害張居正家人並不認同。內閣大學士許國連說：「昔日顛倒是非在小人，今乃在君子 (指言官)，黨同伐異，罔上行私。」客觀而言，甚為公允。
終萬曆一朝，無人敢為居正申冤。至熹宗時，在鄒元標倡議下，張居正才獲得平反。而鄒元標正是在「奪情」風波中被張居正處以廷杖者。
《明史紀事本末》有這麼一段，筆者認為此乃對張居正一生最好的總結：
居正性深沈機警，多智數。為史官時，嘗潛求國家典故，及時務之切要者剖析之，遇人多所諮詢。及攬大政，登首輔，慨然有任天下之志。勸上力行祖宗法度，上亦悉心聽納。十年來海內肅清。用李成梁、戚繼光，委以北邊，壤地千里，荒外警南。蠻累世負固者，次第遣將削平之。力籌富國，太倉粟可支十年，冏寺積金，至四百餘萬。成君德，抑近幸，嚴考成，核名實，清郵傳，核地畝，一時治績炳然。惜其褊衷多忌，剛愎自用。初入政府，即以私憾廢遼王。久直信任，奸佞好諛成風。六曹之長，咸唯唯聽命。至章疏不敢斥名，第稱元輔。始譽以伊、周，漸進以五臣，且諛之舜、禹，居正亦恬然居之。而中允高啟愚至以「舜亦以命禹」題試士，當時目為勸進。居正卒，餘威尚在，言官奏事，尚稱先太師。方奪情時，威權震主。上雖虛己以聽，而內顧不堪。身死未幾，遂遭削奪，並籍其家，子孫皆不保云。
[主要參考資料]
1. 谷應泰，《明史紀事本末》卷六十一＜江陵柄政＞。
2. 張廷玉等，《明史》。
