兩漢的中央政治制度可說是承接著秦朝開創的規模格局而來，故要說兩漢的中央政制，最好的方法還是由秦的中央政制開始入手。秦自始皇統一六國後，中央政制上建立三公九卿制，所謂三公，分別指丞相 (掌管全國政務)、太尉 (掌管全國軍事) 及御史大夫 (掌監察，後來御史大夫下有御史中丞，協助御史大夫處理皇室一切事，駐在皇宮，皇帝有事，先交待給御史中丞，再交至御史大夫，轉交丞相，丞相有事，也依此報給皇帝)。九卿，則包括奉常 (掌宗廟禮儀祭祀)、郎中令 (掌宮殿門，戶並統領在殿中侍衛的諸郎官)、衛尉 (掌宮門屯衛兵，為皇帝的衛兵司令)、廷尉 (掌刑法)、治粟內史 (掌國家糧穀財貨，即管理國家財政)、少府 (掌山海池澤稅收，以供奉皇室，即是管理皇室經濟)、太僕 (掌皇室車馬)、典客 (掌歸義蠻夷，負責外交事宜) 及宗正 (掌宗室事務)。大體而言，三公屬處理國事之官，九卿則是處理皇室事務的官員。在秦以前，處理國事及處理皇室事務之官之分並不明晰，至秦始把宰相由家宰轉為總理全國政務的丞相，化家為國，此可說是秦在中央政制發展上所作出之一大貢獻。
到了西漢，其中央政制仍襲秦舊，三公依舊指丞相、太尉及御史大夫，只是丞相改了名為司徒 (或稱大司徒)，太尉又名為司馬 (或稱大司空)，御史大夫為司 (或稱大司空)。至於職權上，西漢三公大抵和秦的三公無異。不過，西漢的丞相下有十三個秘書處，稱為十三曹。一西曹，主府史署用。二東曹，主二千石長吏遷除，並包軍吏在內。三戶曹，主祭祀農桑。四奏曹，管理政府一切奏章。五詞曹，主詞訟。六法曹，主郵驛科程，近似現在的交通部。七尉曹，主卒曹轉運，是負責運輸的。八賊曹，管盜賊。九決曹，主罪法。十兵曹，管兵役。十一金曹，管貨幣鹽鐵。十二倉曹，管倉谷。十三黃曹，主簿錄眾事 (參錢穆《中國歷代政治得失》)。西漢初年，十三曹職權極重，而一律歸於相府 (嚴耕望謂秦漢時代乃「丞相集權制」)；皇帝方面則有六尚，六尚為尚衣、尚食、尚冠、尚席、尚浴與尚書，值得注意的是尚書，後來發展至東漢光武帝，這個皇帝的秘書處權力日重，三公實權被削，遂有「雖置三公，事歸台閣」的情形出現。
三公以外，西漢又沿襲了九卿的制度，漢代的九卿，即是：太常、光祿勛、衛尉、太僕、廷尉、大鴻臚、宗正、大司農、少府。他們的官位都是二千石，又稱中二千石。太常管宗廟、祭祀、禮儀、天象、醫藥、教育，下有史令、太祝令、太樂令、太卜令。光祿勛掌宮殿門戶，統領宮殿中的諸郎官，下有大夫、謁者、僕射。衛尉統領宮殿之衛兵，是皇帝的衛兵司令，下有衛令，衛兵稱「材士」。太僕掌皇室之車馬，下有中車府令。廷尉掌刑罰和罪案，下有廷尉正。大鴻爐掌外入貢和歸化之事務，亦管賓客朝覲的事。宗正掌皇室的事務，包括異姓親戚。大司農掌穀貨及鹽鐵專賣、平準均輸等財政事務。少府掌山海池澤之稅及皇室雜務、宮中供奉等。下有尚書令、尚冠、尚食、尚浴、尚衣、尚蓆。九卿職權大約仍如秦舊，為皇室事務官。
又述說西漢中央政制之演變有兩項不得不說之內容。第一，西漢初年，由於有「沒有軍功不可拜相封侯」之例，故漢初丞相多由有軍功者擔任，如陳平、周勃等。及至武帝，公孫弘以布衣卿相，自此漢之丞相可以儒者擔任。第二，因武帝為一雄才大略之君主，其不願受相權約束 (秦漢之中央政制旨在以丞相之權力制抑皇帝之權力，以避免皇權之無限擴張)，於是，他多用年長者為相 (使相權無力和皇權對抗)，又重用所謂「內朝官」(武帝先用尚書，後用中書)，實權於是由外轉移向內。武帝卒，朝政終為由外戚擔任之大司馬大將軍 (內朝官) 控制，王莽得以篡漢，肇源於此。
東漢的中央政制同於西漢。唯光武以後，尚書更被重用，權力大增，史稱「光武皇帝......雖置三公，事歸台閣。自此以來，三公之職，備員而已」。尚書首長尚書令主要掌典章詔命的傳達，三公不得預聞。另外，當時尚書已有審駁詔命及參議朝政的權。尚書權增，即內朝權重，外朝相權衰退。和帝以後，君主多夭壽，外戚、宦官先後以內朝官的身份干擾朝政，此和光武重使用內朝尚書不無關係（補充一下，尚書於靈帝時獨立，曹操後又改尚書為外朝之機構，自此，尚書漸和皇帝疏遠）。
至於兩漢地方政制之內容及演變概況，漢代 (不包括東漢末年) 主要施行郡、縣二級制，此乃承秦郡縣制而來。據錢穆所說，漢代大約有一百多個郡，一個郡管轄十個到二十個縣。漢代縣數，總在一千一百到一千四百之間。郡長官叫太守，地位和九卿平等，是二千石。不過九卿稱為中二千石，郡太守是地方上的二千石。郡太守調到中央可以做九卿，再進一級就可當三公，九卿放出來也可做郡太守 (見《中國歷代政治得失》)。郡太守有察舉權、地方司法權等權力；郡丞及長史則為其佐官；而主簿、功曹史等屬吏，亦由太守自行任免，以及自行賞罰，因此，太守和其屬吏關係密切 (此已佈下二重君主觀念，日後地方坐大的種子)。
西漢武帝時，為加強對地方的監察，分全國為十三州，稱為「部」。每部設刺史一人，以監督各郡國。刺史為中央所派，秩六百石，具「六條問事」之權，監察地方。刺史的監察對象主要是太守，不及於其他官員。又刺史濫用權力，吏民亦可批評。刺史每年八月出巡郡國，並無固定治所，也無屬員，年終回京匯報郡國吏治後，亦須丞相覆核，方作處理，更重要的是，刺史並無黜免太守的權力 ，其只是監察太守的政績。此為西漢刺史設置之內容。
不過，及至東漢光武帝時，刺史地位有所提升。刺史開始兼領軍權；刺史的監察權力，亦已超出六條範圍，監察對象遍及州境內所有官員，甚至邊疆將領。又刺史每年可舉薦人才，也可罷黜地方官員。東漢晚年，刺史更綜攬民刑諸政。黃巾亂後，朝廷為了有效肅清黃巾在各地方上的殘餘勢力，接納宗室劉焉的建議，改刺史為州牧，自此，刺史統領地方的政、軍、財權，其地位已高出太守之上。地方政制至東漢末年由郡、縣二級制演變為州、郡、縣三級制。
總括而言，兩漢政制乃承秦的政治規模及格局而來 (故黃仁宇有秦漢為第一帝國之稱)。不論是中央及地方政制，兩漢的制度皆極具秦制之痕跡。中央政制上，漢繼續施行秦之三公九卿制，只是名稱上略有變動；地方政制上，漢繼續施行郡、縣二級制，同於秦代。
秦、漢政制上之不同只在：中央政制上，漢越來越重內朝官 (外戚及宦官)、皇權之伸張以抑相權；地方政制上，漢越來越重地方刺史，以之制衡及監察郡太守，開展了州、郡、縣三級制之局面。中央政制上漢之不同於秦，終釀成外戚專權及宦官干政之禍；地方政制上漢之不同於秦，終使州牧割據、地方分裂。若我們視漢異於秦之處為中國歷史上秦漢一段之自然發展，則到了東漢末年，第一帝國之內部發展已順其發展勢頭而生出種種病痛，這些病痛不能由第一帝國自身消解，東漢因而滅亡，中央政權因而瓦解，魏晉南北朝之長期分裂，可說是第一帝國無力自救其病之結果 (由此可見錢穆謂東漢為「統一政府之墮落」是極合理及富卓見的)。
