「本能寺之變」明智光秀為何要下手，其中一種講法是「朝廷陰謀說」，即天皇 / 公家反對織田信長的人與光秀密謀，去除信長。「朝廷陰謀說」立足於以下證據：
1. 安土城有為天皇準備的房間 (「御幸之間」)，位置在天守閣之下，信長把天皇置於腳下，無視了朝廷權威；
2. 信長介入曆法改定，向天皇提出強硬要求，更京曆為尾張曆，此舉有篡奪皇權之嫌；
3. 信長拒絕朝廷授予的從三位權大納言兼右近衛大將、正三位內大臣兼右大將、從二位右大臣兼右大將。
4. 信長迫令正親町天皇退位予誠仁親王。
信長試圖推翻天皇體制，激起天皇 / 公家不滿，他們是「本能寺之變」的幕後黑手。
對於這種說法，日本史專家胡煒權不以為然，在《明智光秀與本能寺之變》，他駁斥證據 1：
城的天守閣蓋在城的頂端本來就是十分正常的事，難道要違反建築法則，把御幸之間放在至頂嗎？要是信長真是想宣示自己高於天皇，大可在京都內裡旁建立巨大的城池，不是更直接嗎？
至於證據 2，他說：
隨著中世朝廷權威下降，各地也出現曆法學者自製曆法，即所謂「地方曆」......又官方專家算定的，但不代表沒有錯誤，好像在天正六年十月就出現日蝕而當時京曆及負責曆法的博士卻計算不到，信長會提出這個改曆建議，無疑是反映出他對當時曆法不統一的事情是有些意見的。
......那麼，既然跟日偏蝕無關，信長的真意是什麼呢？筆者認為是跟那年初討伐武田有關。前面提到當時日本各地存在不同的曆法，從中產生了各地方的時間、日子出現誤差是顯而易見的，本來，出身於尾張的信長，用慣了尾張曆，如果還是一介的尾張國戰國大名，這倒沒有什麼。
但是，對於當時已經掌握日本半壁江山的信長來說，原本與自己大有關係的曆法問題，現在已經變成實際的技術問題、政治問題了。京曆與地方曆法林立，自然京曆與其他的地方曆在計算日子上時有產生出入誤差，一心想一統全日本的信長，務求宣示「一統」的正當性及織田政權的政治權威，就必須找出一個統一又正確的曆法，換句話說，就是要著手尋找否定其他地方曆的可行性。此舉既是合乎政治需要，也是間接地提升了與信長已是唇齒相依的天皇的權威，因此，信長要討論曆法改正問題，並不能代表信長有意否定朝廷的權威。
關於證據 3，胡氏說：
有的史學家認為是信長打算遠離朝廷的控制，建立自己的獨立勢力，即類似當年源賴朝建立幕府那樣，遠在鐮倉建設幕府；亦有史學家認為當時信長並沒有打算遠離朝廷，反而是想為日後就任太政大臣作準備，又有意見認為是想提升嫡男信忠的地位。
筆者比較支持「提升信忠地位」的見解，因為信長對官職的渴求，如上所說的，只為了應付足利義昭逃亡後的權力真空，當時名不正、實不明的信長為了強化織田政權的正當性，便在以往升任權大納言兼右大將的任官時，要求朝廷以正式儀禮進行宣旨儀式，這些都是為了對應義昭的將軍權威。
已經在權勢上無出其右的信長，理應為織田政權的未來著想。故此，信長才對天皇說：「四海一統之時，再應勅命致忠矣，然者，以顯職可令讓予嫡男信忠」(《兼見卿記》天正六年三月九日條)。即是說，信長在平定四海之前，都不會接受官位，期間的官位賜予都希望由信忠代領。也就是說，信長再任官之時，便是完成統一日本之後，這才是信長對天皇的最大忠誠。
......筆者認為信長既表明平定天下前，都不會接受官位，而六月一日上京的主要目的，是為了準備出兵中國，如果在這個時候突然又向朝廷就接受推任一事，作出正面的暗示，這反而是多餘及不太合邏輯的。而且，如果信長真的希望三職中的任何一個官職，也大可待討滅毛利家後才提出，或早在當日會見勅使時提出，何必如此故弄玄虛？
......筆者認為信長當時最終想接受的官位，是太政大臣。原因有三，首先是當時的客觀情況，天正元年以後，義昭帶著「征夷大將軍」的名銜逃到鞆浦，本書已經一再強調，信長是沒有權利收回義昭的將軍位，所以信長要是想成為將軍的話，順理成章地應該要求朝廷把義昭之名位給廢除，但信長卻沒有這樣做，反而把義昭之子義尋帶到身邊，再讓他成為門主。之後也曾與義昭交涉回京之事，雖然是不成功，但信長之舉也證明他不想背負另一個類似松永久秀或三好三人眾的罪名。
另外，當時已經自稱「平氏」的信長表明與源氏的足利義昭對立，這在上面有關官位晉升上已經交代。雖說源姓將軍這個觀念是在江戶時代才正式固定化，但既然法制上無法褫奪將軍之位，那信長自稱平氏，便已經明顯地交代自己將走一條與源氏的足利政權不同的政治道路。所以三職推任中，雖提及將軍一職，但亦理應理解為，朝廷願意在信長的意願下，隨時把義昭的位置取來，而不是信長欲借朝廷之手奪回將軍之位。
再者，信長趕走義昭以後，京畿的權貴都在討論信長的身份問題，當時的公卿及大寺院都十分期待信長能真正名實相符地成為在大爭之世中保護自己權益的人物，故此，面對信長的強勢和專橫跋扈，即使心中再有不滿，但大多數人還是從現實角度出發的。
在當時，對於信長的身份變化，已出現十分多的猜測及流言，例如天正二年，京都就有人流傳信長將成為關白二條晴良的養子，信長的次子信雄則就任為將軍，更盛傳信長已經從晴良處得到了關白之位
(《尋憲記》天正二年三月二十四日條)。另外，堺港南宗寺的僧人笑嶺宗訢聽說信長正打算把相國寺改修成城塞，更言自己乃以太政大臣的身份保護皇宮
(《京都聚光院所藏笑嶺宗訢文書》)，最後還有公家三條西實澄讚信長「公家一統之政道，如五百年以前」，又說「鳥羽上皇以來數代之遺憾，此時一改天運了」(《柳原家記錄》所收，《三條西實澄書狀》)
從以上的史料，都不難發現京都內外一帶的人都對信長充滿期望，而值得注意的是，當時京內外的人都視信長將為關白或太政大臣這類公家系的官職，這些傳言的出現，反映京內正在醞釀著一種輿論：怎樣在不否定將軍義昭的存在同時，又能使信長成王呢？
一般公家或京人大抵都不會認為信長將成為將軍，而一向重視輿論的信長自然也不會選擇此途。而剛巧在天正十年五月，只做了三個月太政大臣的近衛前久突然把位置讓出來，這一點如併合以上數段的分析，以及信長把誠仁親王的皇五子邦慶親王收為養子一事來思考的話，看來信長最理想的最終官位，不就應該是平氏的太政大臣，即平清盛、足利義滿的再來，也就是把自己塑造成朝廷、武士之上最頂端的人嗎？
據此，秀吉任關白，可謂繼前上司未竟之志。安土、桃山並稱，織、豐連言，叫織豐時代、織豐政權，亦非常適切。
證據 4，胡氏認為「說到信長要求正親町天皇讓位一事，就必先連同『天正改元』一事加以說明」。他引用《親綱卿記》以下一條：
有關改元之事，已經定年號為「天正」，實可喜可賀之事也。而國內將得以平定，和平安定之時日將至，天皇陛下滿足之至也。
朝廷派武士傳奏中山親綱通知信長這麼一番說話，信長要求改元明顯獲朝廷支持。
《宸筆英華・正親町院宸筆消息案》：
協助統籌讓位之事，已經耳有所聞。此事自後土御門院以來，一直是歷代先帝所望之事也......實在是朝家再興之大事，望汝能助其成事。
胡氏指出，「信長要求天皇讓位時，天皇明言是『朝家再興之時』、『後土御門院以來，一直是歷代先帝所望』，這明顯反映了當時天皇對信長的要求是正面回應的」。「即使在一些史料中看到天皇不滿信長的壓迫，但以此來推論天皇與信長之死有任何的關連，卻似是空有想像的說法。」
再者，明智光秀發動事變，並無宣傳自己得到天皇的聖旨起事，強辯天皇與事變有關，實屬無理。
誠然，公卿之中有不滿信長的人存在，但謂光秀與朝廷勾結，合謀殺害信長，此說未免缺乏足夠史料證明，難以成立。
