日本京都學派史家內藤湖南曾對東漢黨錮之禍提出一獨特的解釋。他認為，黨禍是「學問的毒害」所致，此話從何說起？
據內藤剖析，兩漢士風因襲了自戰國以來的刺客游俠傳統，有講究義氣，尊重那些做事一幹到底、敢為他人不敢為之事的人的風尚。這種風尚，經漢武帝獨尊儒術，至新莽、東漢而廣泛普及。儘管如豫讓般的復仇已不復見，下級官吏對待郡太守，往往捨命而仕，再困難的事也盡力去做，以此彰顯忠義、名節。他們更為郡太守服喪三年，以感謝其知遇之恩 (這當然亦跟制度有關，當時有郡國長官察舉屬吏制度，地方官可自己任命掾史)。當時為父母守喪也不會守三年，此顯然過了火。
另外，兩漢士人又特別重視讓爵，即把爵位讓給兄弟，以此為高尚。不過，他們之所以讓，非出自真情實感，而是多少為了追求某種名譽。因當時舉薦、起用官吏時，會選用有名望的人，所以，士人都為了得到好名聲而竭盡全力，努力做別人不能做的事情。
尤其甚者，東漢社會流行年幼者服侍受尊敬的、有德的年長者，魏昭年少時以「經師易遇，人師難遭，願在左右，供給灑掃」服侍郭泰、荀爽甘心為名士李膺作侍者，皆為其中例子。復有特立獨行的「狂狷之人」，以及崇尚道德而不去當官的人備受尊重 (《後漢書》專設＜獨行傳＞和＜逸民傳＞)，這一種特別的風氣下，致使東漢士人與宦官抗爭時，衝突異常地激烈，也造成異常嚴重的不良後果。
內藤指出，本來儒學強調修身齊家，再而治國平天下，凡單純為了回報朋友而輕視從父母那裡得來的身體，將會是極大的錯誤。又漢武帝崇儒，司馬遷等人一度不滿，覺得這會令人不再像從前那樣崇尚、遵守道德，大家都是為了做官而敷衍地實踐。豈知東漢中葉竟出現士人毀家紓難，在所不惜，哪怕遭遇禁錮 (終身不能做官)，仍然堅持下去的情況，此與當初的意圖是有很大的落差。
終於，和帝以後，君主多夭折，無後嗣，母后臨朝而不識政務，援引外戚，導致外戚專權跋扈。皇帝長大，用身邊宦官剪滅外戚，宦官權大，黨羽遍佈州郡，作威作福，為害百姓，士人於是全力追究宦官惡行，加以壓制。內藤特別點出，「在後漢，由於學問的興盛，天子也從名門望族中挑選皇后」，換言之，外戚也是某種意義上的士。在價值觀相近下，外戚和民間重名節的士人裡應外合，起來攻擊乃至打倒宦官，宦官基於既得利益及自身性命的保存，自然非反擊不可，而且每次反擊都必然激烈。
內藤提到張儉的案例。張儉因宦官侯覽作惡多端，彈劾侯覽及其母親，請誅侯覽。侯覽把心一橫，誣告張儉結黨，誹謗朝廷，企圖造反。張儉被迫逃亡，途中看見人家就前往投宿，所謂「望門投止」，每一家都願意冒族誅風險收留他，因欣賞其品格之高尚。張儉去後，收留他的卻被朝廷追究，前後有數十家被處死。內藤覺得，這些收留張儉的人都不對，都是中了學問的毒害，尤其是倫理學的毒害，焉有不顧自己一家的安危，為藏匿一個陌生人，而讓家人遭受滅頂之災？儒學發展至此，已變成一種毒害。
雖然當時也有人對這種過激現象不以為然，如與郭泰齊名的賈彪，曾批評被迫害的岑晊是自取其禍，閉門不予藏匿。整體而言，同情士人仍佔主流。只講名節，不知節制，卒之成為苦節，苦節的結局，就是鐘擺擺向另一邊，社會轉為推崇隨心所欲、重才不重德，魏武三詔令、清談玄學，都是對東漢學問毒害的反動。
內藤湖南的觀點，為黃仁宇所接受，在談黨禍時，黃氏提到：
事實上，號稱公正嚴明之名士，也置已獲赦免令的人犯於死刑；有些則懲罰對方，殺害其親屬與賓客。在這樣無視於法律的情況下，終於造成整個政體之瓦解。
錢穆對東漢士人比較同情，雖然東漢士人確實有「二重君主觀念」，視郡太守猶如君主，道德精神是狹隘的，其行為亦失於偏激，但
此等皆不畏強禦，耿耿忠直，以正氣大義與黑暗勢力相鬥爭，雖屢受摧挫，然士人勢力之逐步成長，實胥賴之，當時士大夫自有一段不可磨滅之精神，亦不可純由外面事態說之也。
如此理解黨禍，方貼近情理，做到對東漢士人同情地理解。
[主要參考資料]
1. 內藤湖南，＜中國中古的文化＞，收《中國史通論》。
2. 黃仁宇，《中國大歷史》。
3. 錢穆，《國史大綱》上冊。
