將《湖上閑思錄》三十篇文章分門別類，可以得出下列結果：
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哲學部門 |
書中題目 |
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形上學 |
理與氣、陰與陽、道與命、善與惡、鬥爭與仁慈、我與他、歷史與神 |
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道德哲學 |
精神與物質、無我與不朽、成色與分兩 |
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人生哲學 |
情與欲、匆忙與閒暇、人生與知覺、象外與環中 |
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文化哲學 |
人文與自然、藝術與科學、禮與法、經驗與思維、鬼與神、鄉村與城市、實質與影像 |
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社會政治哲學 |
無我與不朽、自由與干涉、禮與法、鄉村與城市 |
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歷史哲學 |
鬥爭與仁慈、歷史與神 |
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宗教哲學 |
神與聖、性與命 |
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方法論 |
科學與人生、緊張與鬆弛、推概與綜括、直覺與理智、無限與具足、價值觀與仁慈心 |
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哲學部門 |
基源問題 |
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形上學 |
「世界如何構成？」 「萬物化生如何可能？」 「什麼是善
/ 惡？自然是否有惡？」 「什麼是自我？」 「形下世界
(現象)
與形上實體
(本體)
是如何一種關係？」 |
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道德哲學 |
「成德如何可能？有無內在的人性基礎？依賴外緣因素？」 |
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人生哲學 |
「什麼是人？」 「什麼是美好的人生？」 「如何達至一美好的人生？」 |
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文化哲學 |
「文化如何可能？」 「現代西方文化有何局限、不足？其有無可行出路？」 |
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社會政治哲學 |
「什麼是一理想的社會政治形態？」 「一理想的社會政治形態如何可能？」 「現代社會政治形態為何不能作為一理想的社會政治形態？」 |
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歷史哲學 |
「什麼是歷史？」 「如何研治歷史？」 |
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宗教哲學 |
「宗教如何可能？」 「儒家思想如何作為一種人文宗教？」 |
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方法論 |
「人文科學如何可能？」 「實證方法是處理一切科學的唯一方法？」 |
扼要言之，錢穆認為：
a. 形上學
世界是由理、氣構成，理為一動、一生活意志，體現在殊別的氣中，遂生成不同的事物，各事物同稟至健至誠為其德性。
善惡只在人間世有分，於宇宙界、自然界，實無所謂善惡，所謂「自然的惡」，不過是宇宙自然在運行的過程中失其常態。人倫之常、自然之常，便是善。
自我方面，其非「原子式的自我」(atomic individual)，而是一方面仰慕古聖先賢而效法之，亦親師取友，一方面保存自己的真性情。
形下世界 (現象) 與形上實體 (本體) 是二而一的，不即不離。西方把形下世界 (現象) 與形上實體 (本體) 割裂的做法並不可取。
b. 道德哲學
成德有內在的心性為基礎，心分成兩層，分別是個體的心與交互個體的心。個體的心以食色等自然情欲為內容，交互個體的心則能感通，能主宰、控制個體的心，對個體的心下命令，稱為「性」。個體的心與交互個體的心不即不離，但交互個體的心實更有賴語言、文字的學習去培育，故此不能寡頭地講覺悟、自識本心，而應同時看重後天的讀書學習。
c. 人生哲學
人不純粹是一理智的、自然的、功利的存在，更是一審美的、感性的、價值的存在。因此，人不能只尋求物質生活的滿足，而應有價值層面的追求，一切物質條件都是為實現更高的精神價值服務。人應讓自己有閒暇，學會欣賞身邊事物，同時重視歷史，重在過去情義上求報答。對已往現實滿足，求感恩圖報，盡其在我，切勿汲汲於想未來及死後世界。
d. 文化哲學
文化與自然之間雖存有張力，但雙方更貴在調和融通，不宜讓自然來吞滅人文，也不能用人文來戰勝自然。
文化以人的情感為核心展開。高度重視理性與自然科學，宗教藝術文學越衰頹，以情感窒塞故。所以人應該把目光注射到大群歷史文化之大共業上，培養愛敬之情。在愛敬之情的驅使下，死生彼我主客內外融為一體，鬼神亦非外於人間世而存在。
現代西方文化尚思維，故生起種種對立二分。同時無情，故成就冰冷的法治，以及令鬼神絕跡，鄉村被拆。此絕非文化的正軌。欲匡正其弊病，首為轉法治為禮治，導達人之情感，以情感來代替權益，次為保留鄉村。人能有情，自能重見鬼神。又摻和著美的迷醉與情的激盪的追求強力的人生 (衍生金錢的崇拜，權勢的掠奪)，只是生命的架子與影像，不是生命真正的內容與實質，並不可取。
e. 社會政治哲學
理想的社會政治形態不是爭取私有產權，也不是爭取人民獨立自主，更非自由地奪取更多權力、爭得更多財富，而應該是讓人心之知、情感自由流露。
民主憲政、社會資源再分配，遠不如實行禮治。
f. 歷史哲學
歷史不只是實然的歷史事象，更包含應然的道德價值。
研治歷史，不重在解釋歷史、發現將來歷史事變之必然性，更重在指導及規範歷史、發現當前事理事情之當然性。
g. 宗教哲學
宗教有兩型，一是超越的、絕對的、純想像、純理論的、超離人世而投入於人世的，如西方基督教；一是內在的、相對的、經驗的，實際的、人間的而又是超出於人間的，如中國的神仙。
儒家無宗教制度、組織及儀式，卻有宗教精神的面向。其不在人類自心之外去另找一個神，只認人類自心本身內部自有它的一種無限性 (即所謂「性」)，教人沉潛己心而直達於絕對之域，把小我的心泯去，好讓宇宙萬有平等入己心中來。擴大一己心靈，泯棄小我，而仍在此人世界之內。依於自力而完成其為一聖者。
h. 方法論
有別於自然科學，人文科學的對象必涉及價值及情感，故研究者不應該像自然科學家般，沒有絲毫的情感，只知冷淡和嚴肅，而應該對研究的物件抱有一番極廣博極誠摯的仁慈之心。
另外，盡量運用歸納法，把一切現象，只要能知道的，全部羅列，做成各種分類，排成各種序列，來解釋，來想像，透進其內部，以得到一種綜括性的蓋然的知識，決不能依賴抽象的推演。同時避免緊張聚焦而改採鬆弛玩味的研究心態。
