十三間基督教大學包括：之江大學 (1845 年成立)、華中大學 (1871 年成立)、華西協合大學 (1910 年成立)、上海聖約翰大學 (1879 年成立)、嶺南大學 (1888 年成立)、金陵大學 (1888 年成立)、東吳大學 (蘇州) (1900 年成立)、齊魯大學 (1904 年成立)、滬江大學 (1906 年成立)、華南女子文理學院 (1908 年成立)、金陵女子大學 (1913 年成立)、福建協和大學 (1915 年成立)、燕京大學 (1919 年成立)。
1950 年，由於所有中國國內的基督教大學皆被中共接管，香港各基督教教會代表，遂認為需要在香港創辦一所以中文為主之基督教高等學府，以繼承國內既往基督教大學悠久優良傳統的使命。
左丁山＜中大由反共而來＞指出：
崇基學院源於中國十三家基督教大學，大陸赤化後，中共清洗教會，解散基督教大學，有關人士逃來香港，得聖公會助力，1951 年成立崇基。
與事實相符。
1951 年 10 月，學院創辦，1955 年依照香港政府法例註冊成立。
學院校訓為「止於至善」，語出＜大學＞：「大學之道，在明明德，在親 (新) 民，在止於至善。」
創辦初期，崇基學院只有學生 63 人，借用聖約翰座堂及聖保羅男女中學上課。其後校舍遷往堅道 147 號及下亞厘畢道之聖公會霍約瑟紀念堂。
學院獲得美國「亞洲區基督教高等教育聯合董事會」、紐約「嶺南大學基金委員會」與英國倫敦「亞洲基督教大學協會」的經濟資助，逐步發展，1955 年春，港府將新界馬料水七幅土地撥贈給崇基學院，面積共計十英畝，同時增建火車站 (即大學站)。
學院又向馬料水村民買入田地，用以興建運動場。1956 年 11 月，兩座教學樓、圖書館、禮堂兼膳堂及臨時學生宿舍落成。
崇基學院校歌寫於 1952 年，歌詞內容宣述創校使命：
南天海嵎，四方人士，同興此學府。
崇奉基督，勵志篤行，修業勤是務。
漫漫長夜，屹立明燈，使命莫辜負。
學成致用，挽救狂瀾，靈光照寰宇。
神州學術，源遠流長，數典不忘祖。
自由民主，嘉誼友邦，協力相互助。
中西結晶，增益文明，聖教宏其緒。
濟濟菁英，天降大任，至善勉同赴。
值得注意是「神州學術，源遠流長，數典不忘祖」，以及「自由民主，嘉誼友邦，協力相互助」。既不「打倒孔家店」，也要用心學習西方的自由民主，融合中西學術，匡時濟世，務求「漫漫長夜，屹立明燈」、「學成致用，挽救狂瀾」。
1963 年，崇基與新亞、聯合合併為香港中文大學。
相比新亞書院創業艱難，港府對崇基學院明顯較少打壓，甚至主動提供協助，崇基獲得的外國財政資助亦較多。而從院校精神看，「中西結晶，增益文明，聖教宏其緒」亦比較符合港府一貫的方向，反而成就德性人格以達至天人合一，這是中國傳統文化的理想，卻非港府教育所致力。
聯合書院成立於 1956 年 6 月，由五所私立大學書院合併而成，包括：廣僑書院 (1952 年創立)、光夏書院 (1932 年創立)、華僑書院 (1938 年創立)、文化書院 (1942 年創立)、平正會計專科學校 (1937 年創立)。這些由廣州南遷到港的私立大專，當時屬於流亡書院。改名「聯合書院」後，學校本部設在香港堅道 147 號，有學生 600 多人。
左丁山說：
聯合書院則是廣州華僑大學南來後，改成華僑書院，後與廣僑、光夏、文化及平正四所專上學院合併而成，1956 年成立，同樣是難民書院，收納難民學生。若非共產黨統治大陸，新亞崇基聯合斷不會在香港出現。
1957 年，聯合書院與崇基學院及新亞書院組成「香港中文專上學校協會」，由當時的校長蔣法賢醫生出任協會主席，爭取其應有的學術地位及資助，並推動成立一所中文大學。1959 年，蔣法賢被迫辭職，外來資助差點中止，幸好 1963 年，聯合併入中文大學。1971 年，聯合書院遷往沙田馬料水校址。
聯合書院校訓為「明德新民」。「明德新民」出自＜大學＞：「大學之道，在明明德，在親 (新) 民，在止於至善。」
