錢穆曾解釋為何要以雙十節為校慶，他說：
我堅定信仰中國文化有價值，它決不會使我們無價值。同時，我還堅信我們必將重回大陸，這一信念從那裏得來？乃是從我一輩子努力在要求了解中國歷史和中國文化價值的過程中得來。我們為了準備迎接行將來臨的光明，必須懂得「藏器待時」。我們辦學校就是要為國家民族「藏器」，將來必有一日可以用上。總而言之，我們新亞書院的意義和價值，即是寄託在對國家民族的前途信仰上。因此，我們的校慶也與「雙十」國慶日同在一天。這就是堅信：終有一天，光明將會在大家的共同努力來臨。那一天才是我們的國家，學校一期待的日子。(＜我和新亞書院＞)
又說：
十年前，我們挑定了雙十國慶來舉行我們學校的始創年的始業式這也有一意義，要我們的新亞師生們，時時都紀念到我們自己的國家，要大家深切瞭解到校運聯繫於國運。若無國慶，便無校慶可言……(＜國慶與校慶＞)
我們學校誕生，正值國運又臨險惡之期，興學本期報國，作育人才，求為國用，誰又能你們說一校之校慶，便絕對不能影響到國慶呢？(同上)
又說：
本校創辦之初，是一所流亡性的學校，教授或學生，大都是流亡來港的。每逢國慶，就抱著興奮熱烈的心情，在精神上將國家與學校的前途打成一片。(1957 年校慶講辭)
大家在亂離流亡之中，感慨更深。我們深覺得，我們各個人的生命與國家民族的興衰息息相關，沒有國家也就會沒有了我們，更會沒有了我們的團體與事業，所以就將我們學校的校慶寄附在國慶那一天。(1960 年校慶講辭)
可是，站在港府的立場，其對台灣政治勢力介入香港教育頗具戒心，一再要求新亞申明政治中立，還不時插手新亞的人事招聘。雙十暴動 1956 年發生後，青天白日滿地紅旗更加成為禁忌，港府覺得新亞不宜再掛此旗。儘管新亞方面一再解釋，掛旗只是反映辦學的重要理念，即：為了表達民族感情，代表學術思想的自由和整全性。港府始終不接受。又部份妥協方案如在學校的室內掛旗，或只於校慶日掛旗，港府都不許可。教育司高詩雅聲稱：
掛旗是有政治影響的舉動，不單跟教育有關，也涉及殖民地的安全。
適值新亞書院 1959 年取得港府資助，王瑞說：
由錢穆、唐君毅和張丕介當年創立的新亞書院，以發揚中國文化為己任，並奉中華民國為正朔，一直口誅筆伐中共政權；不過，隨著新亞在五九年接受政府資助，新亞再沒升起青天白日旗。七三年九月，新亞刊物《新亞生活》棄用民國年號，改用公元。(＜新亞書院早已不舉 - 沒有張揚的扯旗事件＞)
書院亦一直希望獲港府承認資格，好讓畢業生將來就業前途更好些。
加上作為主要資助者的雅禮協會，初時充當新亞與港府的中間人，保證堅決支持書院經營，及後卻漸漸倒向港府，向新亞施壓，說新亞取得大學地位很重要，否則很難為新亞尋求資助。
事件爭持一年多，新亞最後召開校務委員會議，決定不會在該年的雙十節掛旗。值得注意是會上眾人的反應，皆情緒激動。唐君毅向學生解釋不再掛旗的原因，大家一時間竟痛哭流涕。
唐君毅則由始至終堅決反對妥協：
我力主對懸旗事不能讓步 (9 月 29 日)；下午校務會議，議決國旗事暫忍痛遵港府命令停掛，另組小組會計劃來年不受港府津貼辦法 (10 月 8 日)；明日為國慶日，對新亞而言則為校恥日也 (10 月 9
日)。
錢穆本為掛旗風波提早一個月回校斡旋，無奈改變不了。
翌年
(1961 年)，無人再提掛旗，校慶亦由
10 月
10 日改成 9
月
28 日孔子誕辰日，錢穆解釋：
因我們感覺把國慶當校慶，容易引起外界誤會，或以為我們的學校是太過富於政治性。我校理想以提倡中間文化為目標，我們更該側重在文化教育性方面來慶祝，故把校慶日改在孔子誕辰。(1961 年校慶講辭)
後來因這日子有糾紛，大家知道，這裏有兩個國慶日，十月一日和十月十日，為此引起了許多糾紛，我們為避免這些糾紛，就把校慶日改在今天。(1964 年校慶講辭)
這其實已是一種無奈的妥協，不復當年的豪情壯志。
錢穆不久決定引退，離港赴台，左丁山指是他的創校理想「被妥協」使然。不過，他安排了有中華民國背景的吳俊升赴港接任，教育司對此大為反對。
1960 年是新亞精神隕落的開端，至中國大陸文革期間，當時新亞已併入中文大學，連擺放孔子像都成為問題。
唐君毅給程兆熊的信：
此間香港中文大學之中國文化研究所，原有人贈一孔子銅像，以批孔故，遂置於地牢中，不敢拿出。但中文大學仍壓迫新亞書院及研究所，可惡已極。
致陳榮捷的信：
扶輪送大學一尊孔子銅像，大學當局竟然不敢擺出，而置之地牢中，此諸事使弟甚不愉快，唯哲學系學生及同事尚能不隨波逐流，可為告慰，然其勢亦太孤矣！
唐君毅卒之選擇：
弟退休後擬稍作休息，此間新亞研究所不屬大學管，一向由新亞同仁義務維持，弟或尚須負一段時間之責任。
新亞精神至此消亡！
[參考書目]
1. 周愛靈，《花果飄零 -
冷戰時期殖民地的新亞書院》。
2. 周言，＜余英時與中大改制風波＞。
