景勝將米澤城 (原為伊達家根據地。政宗被追究葛西大崎一揆責任，交出米澤城，轉封岩出山城，米澤城先交蒲生氏鄉，再交景勝) 交家老直江兼續管理，自己坐鎮會津，他不久與石田三成、增田長盛、長束正家等合作，整頓內政，修建城池、道路，積極增強軍備，家康懷疑景勝對自己不利。
慶長四年 (1599 年) 底起，家康從堀秀治 (秀吉死前，堀秀治領有越後國北之庄城、春日山城) 方面收到「景勝有反叛之意」的消息。適逢親家康的上杉家臣藤田信吉遭彈劾，家康於是寫了一封信，要求景勝前往京都伏見城解釋一切。信件到達會津，景勝對此感不滿，命令直江兼續修書回覆，逐條反駁所有指控，並拒絕入見 (今本＜直江狀＞乃後人偽作)。家康閱讀覆信後大怒，遂以豐臣秀賴名義要求各方大名討伐景勝，時為慶長五年 (1600 年)
家康留下將領鳥居元忠、松平家忠等一千八百人駐守伏見城，自己回江戶城準備好一切。大軍自江戶城出發，抵達下野的小山時，家康接獲使者急報，指石田三成已聯同其他勢力，開始進攻伏見城，目的是「打倒家康」。家康翌日召開軍事會議，「小山評定」的結果是折返西向，阻止石田三成。德川軍卒之沒有與上杉軍正面交鋒，景勝主要和最上義光、伊達政宗在東北發生軍事衝突。
自女兒駒姬慘死，最上義光痛恨豐臣家，外交上一面倒支持家康。慶長伏見地震發生後，義光第一時間趕往家康宅邸確認家康安危。他又一度自願擔當家康的貼身護衛。現在家康要討伐景勝，義光自然樂於響應。義光進攻上杉領地，被上杉軍察覺，先發制人，攻打山形城及附近支城。兩軍膠著。義光向伊達政宗求援，展開反攻，上杉軍漸處下風。
當得知家康討伐景勝後，石田三成與前田玄以、長束正家、增田長盛聯署彈劾家康的條文，並跟大谷吉繼等人在近江國佐和山城起兵。他們聯合對家康不滿的宇喜多秀家、毛利輝元、小西行長等大名，組成西軍，向伏見城展開包圍。伏見城乃秀吉建造的巨型城池，防禦力強，一時之間難以攻陷，雙方爭持。儘管西軍兵力遠超伏見城守軍 (西軍有四萬人)、西軍總大將毛利輝元屢次下令伏見城開城投降，伏見城守軍未見有放棄的跡象。直至八月一日，西軍突破松之丸，伏見城才失陷，被大火燒毀。松平家忠、鳥居元忠等戰死。
以福島正則為首的德川軍先頭部隊抵達清洲城，攻下岐阜城，使三成以尾張作為戰線的計劃受挫。
