自第三代將軍足利義滿後，室町幕府政權紛擾不斷。各地經常爆發一揆 (暴動)，動搖社會秩序。政治暗殺及大名反抗，亦破壞了各地的政治平衡。儘管室町幕府從未放棄穩定全國局面，始終有心無力。
嘉吉元年 (1441 年)，三國 (播磨國、備前國、美作國) 守護大名赤松滿祐暗殺第六代將軍足利義教 (足利義教對勢力強大的守護大名實行壓制，赤松滿祐弟弟赤松義雅的領地被收，其他守護大名亦遭到幕府打擊，赤松滿祐於是暗殺足利義教，迎立新將軍足利義勝)。室町幕府派兵討伐，赤松滿祐逃亡，未幾放火自盡。「嘉吉之亂」後，赤松氏的領地轉交山名氏，山名氏勢力逐漸擴大，與細川氏矛盾益深。
細川氏祖先是足利氏祖先足利義康庶長子足利義清。足利義清最初效力源賴政，賴政死後效力源義仲。水島之戰，義清因不熟悉海戰而戰死。義清之孫義季的兩名兄長在三河國細川鄉生活，改細川氏。室町幕府建立，細川氏獲分配阿波、讚岐兩國領地，漸成為有勢力的守護大名，不久成為管領。至於山名氏，屬清和源氏一族，源賴朝即屬清和源氏。山名持豐，即後來的山名宗全，討伐赤松滿祐有功，全盤接收赤松氏根據地，他和細川勝元對立，終於引發「應仁之亂」。
足利義勝上任不到一年便去世，由二弟義政繼任八代將軍。義政厭倦國內動盪及政局混亂，沉溺於茶、作庭、猿樂等生活，實權旁落至細川勝元、山名宗全和妻子日野富子手上。
日野家世代與足利家保持聯姻，日野富子據說生得妖豔細嫩，有「玉美人」之稱。富子十六歲嫁給義政做正室，曾誕下女兒，可惜女兒夭折。富子之後誕下雙胞胎，卻是女嬰，義政沒有繼承人，遂請出家的弟弟還俗，作為自己的繼承者，改名足利義視，時為 1464 年 (寬正五年)。
怎料翌年，富子竟誕下一子，即足利義尚。義政與富子希望讓兒子繼承將軍之位，拉攏山名宗全作為後盾。足利義視非常不滿，聯結管領細川勝元以反抗。「應仁之亂」卒之爆發，以山名為首的陣營控制關西，以細川為首的控制關東。東西兩軍對戰的結果是，沒有任何一方取得絕對的勝利。
隨著細川勝元、山名持豐相繼病死，雙方達成和解。足利義政把將軍之位讓給兒子義尚，義尚年幼，由富子協助掌政。義視與兄長夫婦和解，其子繼義尚任第十代將軍。
「應仁之亂」後，日本掀起「下剋上」的風潮。所謂「下剋上」，是指低位階的人通過政治或軍事的手段，取代原本的統治者。幕府將軍的權威不斷受到各地崛起的諸侯大名削弱，室町幕府威信大不如前。與此同時，各地的守護大名也受到土豪、平民挑戰，不斷出現一揆。戰國時代正是在「下剋上」的風氣下展開，「應仁之亂」一般被視為戰國時代的開端。
