黃梨洲於《明夷待訪錄》曾言：「有明之無善政，自高皇帝廢相始」，此可謂對明代中央政制之缺陷作出了極恰當的批評。事實上，明自太祖以後，中國的中央政制出現了不一樣的變化，打破了秦漢以降的傳統，而此破傳統的行為正是廢宰相。
太祖即位之初，仍有宰相的設置，胡惟庸乃當時宰相。及後發現胡惟庸有異心，欲取而代之，太祖遂將他及相關人等一律處死，此事牽連甚廣，史稱「胡惟庸案」。此案的出現，固然反映著傳統相權和皇權的對立關係，但更重要是它令太祖開始不再相信宰相。
這是否和太祖過度猜疑的心理有關？某程度上言，是。可是，綜觀歷朝做法，縱使君主真的對臣下猜疑，因宰相事務之繁，君主一人無力完全處理，其疑忌始終無法化成對宰相的根本廢除，而只可構成對相權的抑制，漢武帝即為一例。
觀乎明太祖，胡惟庸案後，他政歸六部 (六部之外，又置都察院，掌監察；大理寺，負責最後的案件判決，為最高司法機關，而六部各有一長官，遇有大事亦會互相議論)，以後任何奏摺不需再經宰相，而是直接由六部給皇帝，皇帝許可即直接發還六部執行。皇帝成為國家最高決策人，無人可分擔其職務，這是需要何等有魄力的皇帝方可做到。黃仁宇謂明太祖是魄力大得驚人的皇帝，實非虛言。
不過，明太祖魄力大是一回事，其子孫是否具如此魄力又是另一回事。況且，由皇帝作最高決策而無宰相加以制衡，獨裁的機會也大大提高，唐代三省制尚有開明的一面，至明可謂完全失其特色，極端的君主獨裁由可能成為真實，明太祖難辭其咎。
誠如筆者過去分析，中國歷朝中央政制的本質就是專制。專制也者，皇帝有專制之可能性，此和事實有無專制是不同的，後者是另一回事。錢穆舉出唐三省之制抑皇權、漢武帝之尊崇董子公孫弘作為中國君主無專制之例證，這其實是混淆了兩層。中國歷朝中央政制，只能如牟宗三所言，是「開明專制」，它的落實可以開明，本質始終是君主專制。
古代中國是君主專制，只是由於儒家思想的薰陶，造成歷代皆對知識分子、忠臣、學者等有一尊敬，即使是身居全國最高位的皇帝，也不願對這群人作無理打壓，否則將造成天下人不服。但縱然如此，這是意識形態對皇權的無形限制。制度自身是無力約制君主的。此乃古代中國一可悲的狀況。
之所以說明太祖令君主獨裁由可能成為真實，細緻言之，是因為：
(1) 他完全撤銷了歷代對君主的唯一的形式限制 - 宰相制，而撤銷又從胡的謀反而來，儒者及人民無抗拒的理由；
(2) 他對《孟子》進行刪減，除去革命一節，削弱儒學及民間輿論對君權的無形限制，高唱忠君之論；
(3) 他對大臣廷杖，使士人無心政治，在朝官員名聲朝不保夕，自不和皇帝作對。
一步步掃清對君主的制約，君主無所節制，獨裁自然由可能成為真實了。
不過，明清兩代出現君主獨裁，不等於整部國史都是君主獨裁的歷史。如果將國史的開明性質視若無睹，未免有違史實。
