永徽六年（乙卯，公元六五五年）十月，王皇后、蕭淑妃終於被廢為庶人，王氏外戚亦因此失勢。
冬，十月，己酉，下詔稱：「王皇后、蕭淑妃謀行鴆毒，廢為庶人，母及兄弟，並除名，流嶺南。」許敬宗奏：「故特進贈司空王仁祐告身尚存，使逆亂餘孽猶得為廕，並請除削。」從之。（資治通鑑卷二百）
武昭儀被高宗立為皇后，史稱「武后」。
乙卯，百官上表請立中宮，乃下詔曰：「武氏門著勳庸，地華纓黻，往以才行選入後庭，譽重椒闈，德光蘭掖。朕昔在儲貳，特荷先慈，常得待從，弗離朝夕，宮壺之內，恆自飭躬，嬪嬙之間，未嘗迕目，聖情鑒悉，每垂賞歎，遂以武氏賜朕，事同政君，可立為皇后。」（資治通鑑卷二百）
十一月，丁卯朔，臨軒命司空李勣繼璽綬冊皇后武氏。是日，百官朝皇后於肅義門。（資治通鑑卷二百）
武氏被立為皇后後，過往反對武氏為后的大臣如韓瑗、來濟等莫不憂懼，屢請去位，卻不為高宗准許。
丁巳，赦天下。是日，皇后上表稱：「陛下前以妾為宸妃，韓瑗、來濟面折庭爭，此既事之極難，豈非深情為國！乞加褒賞。」上以表示瑗等，瑗等彌憂懼，屢請去位，上不許。（資治通鑑卷二百）
王皇后、蕭淑妃被廢後，囚於別院。高宗曾因想念二人，行至其囚禁的處所，加以探問。只見二人所居之室封閉極密，惟壁上有竅以讓盛載食物的器皿通過。高宗心中惻然，傷痛地呼叫道：「皇后、淑妃安在？」王、蕭二人聽得高宗聲音，以為尚有一線生機，竟向高宗哀求「使妾等再見日月，乞名此院為回心院」。
故后王氏、故淑妃蕭氏，並囚於別院，上嘗念之，間行至其所，見其室封閉極密，惟竅壁以通食器，惻然傷之，呼曰：「皇后、淑妃安在？」王氏泣對曰：「妾等得罪為宮婢，何得更有尊稱！」又曰：「至尊若念疇昔，使妾等再見日月，乞名此院為回心院。」上曰：「朕即有處置。」（資治通鑑卷二百）
不過，高宗根本不會違逆武后之意思而成全王、蕭二人之心願。王、蕭二人向高宗之訴求，反而輾轉落入武后之耳邊。武后聽見後，大為震怒，其派人杖打王氏及蕭氏各一百，又斷去二人之手足，將二人放入酒甕中。數日後，王、蕭二人俱已死，但武后仍命人把王、蕭之屍首加以斬割。其對王氏、蕭氏，可謂恨之入骨。
武后聞之，大怒，遣人杖王氏及蕭氏各一百，斷去手足，捉酒甕中，曰：「令二嫗骨醉！」數日而死，又斬之。（資治通鑑卷二百）
蕭淑妃臨死前，曾說過「願他生我為貓，阿武為鼠，生生扼其喉」。武后因此令宮中不准養貓。
王氏初聞宣敕，再拜曰：「願大家萬歲！昭儀承恩，死自吾分。」淑妃罵曰：「阿武妖猾，乃至於此！願他生我為貓，阿武為鼠，生生扼其喉。」由是宮中不畜貓。（資治通鑑卷二百）
又武后於宮中屢次夢見王、蕭二氏被發瀝血之死時模樣，其即使徙居蓬萊宮，亦復見之。武后於是把心一橫，決定留居東都洛陽，終身不歸長安。
武后數見王、蕭為祟，被發瀝血如死時狀。后徙居蓬萊宮，復見之，故多在洛陽，終身不歸長安。（資治通鑑卷二百）
為令自己心理上好過一點，其又改王氏姓為蟒氏，蕭氏為梟氏。
尋又改王氏姓為蟒氏，蕭氏為梟氏。（資治通鑑卷二百）
後人誦讀此一段歷史，或有深惡武后所為，進而批評武后為人歹毒者。然而，我們嘗試從另一個角度分析。這或有助我們對武后作出不一樣的評價。
我們試站在武后的立場設想一下。武氏自以「才人」的身份入宮，其本打算能一朝顯貴，不料此時太宗已年紀老邁，距死亡不遠。尤有甚者，武氏經歷過李承乾、李泰之儲位之爭，而太宗死後，武氏竟被迫出家為尼，被迫離開這個可能為自己帶來顯貴的地方。此一番經歷，必令武后心中深切感到宮中生活的可貴。我們可推想，其一旦可再度入宮，其必不願復有潦倒離宮的一日。因此，當王皇后等人不斷詆毀她時，她不惜犧牲自己之親生女兒來誣陷王皇后。又褚遂良等人反對廢王皇后時，她不禁說「何不撲殺此獠！」。蓋因她希望安穩的、顯貴的留於宮中，而王皇后、蕭淑妃之具有影響力正是令其不能安穩的、顯貴的留於宮中的最大障礙。
隨著王氏、蕭氏被囚，武氏之心結本來已解。可是，王、蕭二人竟向高宗求情，要求高宗令其重見日月。對武氏而言，此豈不是意圖重新奪回其業已喪失之影響力？武氏想念及此，心中深沉之不安全感必復生。而此不安全感之強烈又必比王、蕭二人初被廢時為大。為壓下此內心之深沉之不安全感，武后不得已只好「斷去二人之手足，將二人放入酒甕中」，把二人變成廢人，蓋四肢完全斷去之人才不復有絲毫的奪權之威脅。
然而，內心的不安全感雖被武后殘暴的虐殺二人之行為壓下去，武后殘暴的虐殺二人之行為卻為武后帶來了怖慄、恐懼的心情，其禁止宮中畜貓、終身不歸長安，根本就是她無法克服怖慄、恐懼心情的鐵證。其雖改王氏姓為蟒氏、蕭氏為梟氏，利用心理上之嘲笑以圖平服怖慄、恐懼之心情。可是，此方法根本如抱薪救火，絲毫用處也沒有。吾人這樣看下去，即日後武后對佛教之高度崇信，並非無因。
補充一點，武后故意改王氏姓為蟒氏、蕭氏為梟氏，此也有可能出於其賤視世家大族之心理。如我們過去所言，王皇后乃太原王氏之後人；至於蕭氏，則為南朝蘭陵蕭氏之後人。二人俱為世族之後，此對不是世族出身之武后而言，必是令其既妒忌又怨恨。世族每以姓氏為標榜，武后於是改易二人之姓，湮沒其世家大族之出身，此做法多少可視為一種心理上之自卑（自卑之另一面即是故意賤視門第世族）之消解。
由於王氏已被殺，李忠因此不能繼續為皇太子。
己巳，許敬宗奏曰：「永徽爰始，國本未生，權引彗星，越升明兩。近者元妃載誕，正胤降神，重光日融，爝暉宜息。安可反植枝幹，久易位於天庭；倒襲裳衣，使違方於震位！又，父子之際，人所難言，事或犯鱗，必嬰嚴憲，煎膏染鼎，臣亦甘心。」上召見，問之，對曰：「皇太子，國之本也，本猶未正，萬國無所繫心。且在東宮者，所出本微，今知國家已有正嫡，必不自安。竊位而懷自疑，恐非宗廟之福，願陛下熟計之。」上曰：「忠已自讓。」對曰：「能為太伯，願速從之。」（資治通鑑卷二百）
而細觀武后所信用之官員，其多以狡詐虛偽見稱，非復貞觀一代大臣之耿直。其中，李義府更被時人稱謂為「笑裡藏刀」。
中書侍郎李義府參知政事。義府容貌溫恭，與人語，必嬉怡微笑，而狡險忌克，故時人謂義府笑中有刀；又以其柔而害物，謂之李貓。（資治通鑑卷二百）
