芥川龍之介的短篇小說，不應被看成純粹的文學，其更具有哲學的深度。
以《羅生門》為例，芥川是想探討人多大程度會信守道德原則。世上有些人總以為自己很厲害，很能恪守道德原則，如同故事中的僕人般。然而，按芥川對人生的體會，他不相信人能這麼美好，面對饑腸轆轆，得不到溫飽，連生存都成問題，還管他什麼原則不原則，僕人卒之搶去老太婆身上可以變賣的衣服，成為強盜，之所以放棄舊日原則，就是因為覺悟到「大家都想求生存，不是嗎？」在赤裸裸的生存面前，道德是無能為力的，此乃芥川一大洞見。
《鼻子》的故事其實是想講人的不知足。舉個例子，沒有錢的人總羨慕有錢的，沒有女朋友的人總羨慕有女朋友的，但試想想，一旦給你錢、給你女朋友，你就開心嗎？沒有其他煩惱嗎？顯然不是。你會怕錢被偷，怕被女朋友管制，這個時候，你又想變回貧窮、單身了。如斯往復，不正是像禪智和尚嗎？和尚初嫌鼻長，要變短，到鼻短了，又復求鼻長。芥川是借禪智和尚來諷刺世人。那麼，人該如何？芥川沒有明確說出答案，但可以猜想，他會希望人學懂欣賞自己所擁有的、所遇到的，不要過分祈求得不到的，因即使得到，亦未必是件好事。
《地獄變》探討兩個問題：(1) 兩個理分發生直接衝突，該如何解決？(2) 當美和善兩種價值發生衝突，該如何取捨？故事中，良秀在畫師和父親之間，選了畫師，他也完成大作，心滿意足，但第二天晚上，良秀便自殺，這說明什麼？說明父親這個理分比畫師這個理分更加根本，善的價值亦比美的價值根本。若吾人再追問何以如此？芥川的可能回答是：父親的身份、善的價值都和真情實感有關。畫完成不到，或者畫得不美，所產生的內疚感及罪惡感，遠非親眼看著女兒被殺而袖手旁觀可比。這在中國傳統儒家實在不難理解，「其父攘羊」一例，孔子不是說：「父為子隱，子為父隱，直在其中矣」？公義、公正緊要，但不及父子親情，為人子者看著父親被拘捕而無動於衷，未之有也。同理，芥川認為天倫、骨肉親情是更加根本、更加重要，所以良秀必然會自殺。否則，他就不是一個父親，更不成一個人了。
《南京的基督》衝著有神論者而來。有神論者總相信事事皆有上帝安排，祈禱真的能起大作用，芥川卻告訴我們，所謂上帝，從來就不存在，世上果真有奇蹟，不是祈禱起作用，而是有另外一個人在你 (也在他 / 她自己) 不知情之下，替你承受了。世界只有一個，就是人的世界，此處芥川有很強烈的人本意識、人文主義立場。
對情感的重視，見於《杜子春》。落魄公子杜子春，歷經多次破產，終於認為金錢不代表一切，世間一切只是虛幻，決定放棄塵世，跟鐵冠子入峨嵋山學道。鐵冠子要求杜子春一段時間內不能說話出聲。杜子春一語不發，直至見到自己父母被變成瘦馬，遭牛頭馬面拷打，他終忍受不住，吼了出來。事後鐵冠子不但不斥責杜子春破戒，反而說：「你若依然保持沉默，我打算當下就殺了你！」杜子春經歷了這些，重視人類的真情實感，遂打消學仙念頭，重回人間生活。《杜子春》整個故事基本上是儒家式的，甚至是宋明理學的，與佛家、道家主張離群出世有分歧。
至於《竹林中》，除了帶出各說各話、真相難覓，更重要是想說明「軟弱何在，謊言就何在」。每個人之所以各執一詞，是因為每個人都想藉著說謊來維護理想中的自己，掩飾現實中自己的軟弱和不堪。換言之，正視自己的醜惡，真誠坦白，真相便有機會重見天日。
誠然，芥川對人性的陰暗面，以及人生的艱難，有深切的感受，他曾說：「人生比地獄還像地獄，有些人光是活著就已竭盡全力。」不過，他同時明白人性有光輝美好之處，如人有情感。
大概人生猶如踩鋼索，曾子引《詩》云：「戰戰兢兢，如臨深淵，如履薄冰。」芥川也有同感，說：「人生就好比一盒火柴，如果很小心翼翼的對待它，是有些可笑的；可是如果不認真對待它，又是很危險的。」
