可是，從另一方面看，青天白日滿地紅旗、雙十節之於新亞書院眾師生，乃至所有親國民黨難民，實有凝聚、團結流亡族群的功能，甚或給予他們繼續在困厄中生存、展望未來的希祈。唐端正指出，新亞算是難民其中一個棲身之所，不少同學都住在調景嶺。當時學生露宿在學校天台、樓梯上，現實越艱難，理想越要堅執，而青天白日滿地紅旗、雙十節正是理想的兩個標誌，現在港府竟要去掉，無異於將他們的理想消滅，故此有人情緒激動，有人痛哭流涕。
本來兩者之間未嘗不可溝通，找一個折衷點，好好處理整件事。事實上，新亞方面是願意讓步。然而，雙十暴動給港府的刺激和震撼太大，港府也不想教育成為顛覆英國在香港施行殖民管治的工具，堅決不接受任何妥協方案的結果，新亞要麼暫時放棄堅持，即選擇妥協，要麼就是抗爭到底。可悲的是，新亞當時處於草創階段，需要金錢資助，新亞諸位老師也為學生前路謀打算，希望他們的資歷在香港被認受，新亞的資格可以獲官方認可，全場談判雙方並非處於平等位置，既有求於人，自要看人鼻息，取消掛旗及改校慶日子，某程度上是新亞先賢在現實困境下不得不作的大讓步，為了學生及學校的長遠發展而不惜一時放棄創校理念。
一時放棄創校理念不是錯，孟子所謂「權」，吾人還可以進行「道德的抗戰」(殷海光語)，爭得保存一分新亞創校理念是一分。可惜
1963 年併入中文大學後，港府慢慢將聯邦制改為統一制，新亞書院的獨立性和權力被大大降低。
誠然，港府這樣做早已處心積慮。葛量洪年代，已在探討於香港設立一所以中文作為授課語言的大學的可能性，設校的目的純粹希望讓香港學生多一個升學選擇，不讓香港大學壟斷專上教育。問題來了，作為成員之一的新亞書院，一直收大陸流亡青年，講復興中國文化，要反共復國，親中華民國政府，這和港府預期新大學為香港學生服務、強化英國殖民管治有距離，甚至有矛盾。要令新大學不出岔子，改造勢在必行，削弱書院的自主及其原有傳統，即為改造之手段。
此一改造的用心，在中文大學成立初期尚未顯露，至改制時，即和盤托出。李祖法、錢穆、吳俊升、唐君毅、徐季良、沈亦珍、劉漢棟、郭正達、任國榮等九位校董請辭，那一輩人是走難南來，慘淡經營，尚有氣節風骨可言，知道是次不能再妥協，再妥協即新亞創校理念毀於一旦，新亞書院名存實亡，此在他們的聲明中特別強調「同人等過去慘淡經營新亞書院以及參加創設與發展中文大學所抱之教育理想將無法實現」可以看出。
無奈新一代如余英時、劉述先、金耀基等對錢穆、唐君毅那輩人的擇善固執不甚了了，劉述先後來甚至仍然堅持：
唐先生有一段時間對自己的學生非常不諒解，說你們這些人背棄了傳統的新亞，跟新的學校投降。可是那時候促成改制的主要人物是余英時，所以結果就把余英時當成大叛徒，把我當成小叛徒。可是過了十年以後，大家明白沒有這樣的事情，我們沒有背叛新亞任何事情，新亞的價值也沒有在我們手中終結。
余英時當時痛心疾首，他比我的情緒性強，和新亞的關係也比我深，中文大學要向前走，新亞書院要向前走，除了改制以外，沒有第二條路，我也相信這個樣子 (改制)，所以那時我們認為，老一輩那時像唐先生他們是錯的，你不能抗拒新的情勢。事實上後來過了十年二十年之後，證明我們做的事情是對的。(轉引自周言＜余英時與中大改制風波＞)
金耀基則說：
1975 年大學正在改制，學校裡各方面有不同的理念衝突。這時候我拿到去劍橋大學訪問的通知，多麼愉快啊！這樣就沒有這麼多煩的事情。(轉引自周言＜余英時與中大改制風波＞)
在新一代看來，改制是「中文大學要向前走，新亞書院要向前走」的唯一之路。錢穆、唐君毅等的抗爭，是拒絕新情勢，迂腐而不知變通，至少只是持有和改制派不同的理念，不代表他們一定對，改制派一定錯。
王邦華＜含糊曖昧的中大理念、朝三暮四的大學體制＞有一個很好的觀察：
其時余是新亞書院院長、劉是哲學系主任，二人都被視為唐君毅之後下一代的新儒家傳人，但二人都支持書院改制，被唐君毅等新亞高層口誅筆伐。然而，單純把二人視作為權勢所誘的叛徒也是不合事實。書院改制不久後二人就離開中大返美，有什麼權勢可以享受到了？余劉和唐君毅等的分歧，更應該視作兩套教育哲學之間的衝突。二人都在美國求學和任教一段長時間，受西方學術界影響甚深。余英時當然同意要推廣中國文化，但他認為在新制下書院已經足夠擔當此重任，不必特地在專科課程中傳揚。劉述先也認為新亞不再需要培養反共、繼承中國文化的學生，執掌哲學系時也傾向「無為而治」，不像唐君毅般有意識去在課堂上傳揚中國文化、培養儒家式的君子。因此二人雖然學術淵源和新亞相近，但在教育哲學上的理解卻反而更接近政府和大學校方。
簡單講，新一代留學外國時受西化學風影響，早已淡薄了反共、傳承中國文化、培養儒家式君子的道德意識，他們對國破家亡無痛感，新亞書院只是教育機構，而非為國家民族賴以恢復「藏器待時」(錢穆語)。這麼看下去，改制有何不可？
新一代心態及眼光的改變，唐君毅看得很清楚，他知道新亞精神要毀在港府的詭計，以及這代人手上了。中大改制 1973 年發展至最高峰，1974 年底，大局已定。唐君毅寫給《中大學生報》的信中提到：
中大改制之事，許多人皆「不識廬山真面目，只緣身在此山中」，而只在改制之進程中當了過渡的工具。
中大改制之事，已成過去。但此事之「是非」，並未過去，無論如何說，香港政府先以聯合制度之名義，邀約新亞、崇基參加中文大學之創辦，而終於背信食言，改為實際上之統一制，是犯了道德上的罪過，此背信食言，則應留交歷史作為見證。(轉引自周言＜余英時與中大改制風波＞)
唐君毅 1974 年退休，仍在獨立於中文大學的新亞研究所任教，1978 年肺癌病逝於香港。
新亞精神墮落於 1960 年，徹底消亡於
1974 年。往後的日子，「新亞精神」四字淪為被消費的幌子，1990 年，新亞學生羅志輝、陳仲強等發表題為＜吃人的「新亞精神」，去死吧！＞，首次正面批判新亞書院淪為「剩下一些諸如獎學金、車船津貼等行政事務」的機構，喪失人文教學精神。
無獨有偶，李歐梵指中大空有「中文大學」之名，而毫無推廣中文的志向。張駿謙指新亞自從加入中大後，徒具外殼，失卻其創校精神。羅永生感嘆在中大校園再難聽到老師同學激情地談論中大理想，學生報上也越來越少見有關中大理想的文章 (王邦華＜含糊曖昧的中大理念、朝三暮四的大學體制＞)。
劉述先「我們沒有背叛新亞任何事情，新亞的價值也沒有在我們手中終結」、「事實上後來過了十年二十年之後，證明我們做的事情是對的」，似乎並非事實。
總括而言，港府資助及認可新亞書院，甚至邀請其加入中文大學，背後實有一番精密的盤算，即欲建立一所以中文為授課語言，卻不動搖英殖統治、英文作為第一官方語言的本地大學。新亞要謀求自身發展，不得不妥協讓步以適應，但越妥協讓步，所失的創校理念乃至自主越多，復添以新一代學生不明老師輩苦心，對國亡無痛癢，對港府盤算無洞察，助紂為虐而不以為恥，終致新亞面貌全變，中文大學亦墮落矣！港府則成為整件事的大贏家。
有謂「一部中大史，就是中大理想不斷墜落的歷史」(王邦華＜含糊曖昧的中大理念、朝三暮四的大學體制＞)。其實，不只中大，新亞的歷史亦然。
明白新亞這一段發展，陳茂波、黃乃正等人的謬論就容易被理解，那是新亞精神消亡的產物，非新亞精神本身。
今天一些年青人基於本土意識的覺醒，視錢穆指香港是「文化沙漠」為大錯特錯，兼對新亞精神冷嘲熱諷。
治史貴乎能同情共感，以錢穆一大學者，南來辦學已算委屈，他何曾用心了解過香港？知道香港保留了前清之中華文化？他對香港的認識是片面的，主要透過周圍的高樓大廈，還有和他交手的港府官員、外國人等。偏偏和他交手的港府官員、外國人等都是唯利是尚，說了不算數，給予的經濟援助都是帶有政治目的，此在儒家眼中是小人所為，是見利忘義。香港被一群見利忘義之徒管治，中華文化復興理想處處受挫，這不是「文化沙漠」是什麼？如此看的話，錢穆的觀點是流亡在港者的憤激之辭，何必當真？實情港府容許其辦學，足證香港崇尚自由，自由主義即香港文化之一部份，香港不是沒文化。
至於新亞精神，須知其最初是針對大陸流亡青年已發。要求中國年青人復興自己的文化，恢復自己的國家，有什麼不妥？及後新亞被收編，所收學生以香港土生土長青年為主，新亞精神宜有一內容上的更新。新亞精神未有更新，致使香港土生土長青年自覺擔起復興中國文化的重任，力求恢復中華民國正朔，乃至誤認中共為中國而親之愛之，或對中共存有希望而渴求一「和平演變」(中共民主化)，此一系列發展乃畸型的、變態的，以新亞精神未有更新故 (亦可稱未本土化)。要去除一切畸型的、變態的發展，當盡快更新新亞精神之內容 (如復興中國文化之餘，也要先了解及傳承好香港本土文化。恢復大陸之前，也要先守住香港的政治自主，以及繁榮穩定等)，而不是一面倒否定新亞精神。事實上，鍛煉心志、修己成德、求學為人並重，不見得對香港社會全無好處。
順帶一提，以聯邦制誘使新亞書院加入中文大學，再逐步統一，學生乘機推波助瀾而不覺有問題，終至新亞墮落，與中共以「一國兩制」、「港人治港」、「高度自治」誘騙香港主權移交，再逐步收緊融合，賣港官員、學者及無知市民推波助瀾而不以為恥，終至香港失救，是何其的相似！
又當日港府是為了防範右派暴動再次發生而干預院校內部事務，以政治凌駕、介入教育。今天港共不許大學、中學宣揚分離主義思想，也是以政治凌駕、介入教育，彷彿以政治凌駕、介入教育是香港的常態，這是香港的悲哀。
