明朝萬曆年間，朝鮮戰爭加上遼東女真崛起，使朝廷無法顧及西南。為保政權穩定，避免多線作戰，對西南土司更是優待。至清初，西南土司勢力過大，有尾大不掉之勢。
土司世代為官，獨霸一方，專橫不法，對境內人民實行政治壓迫和經濟掠奪。他們為了爭權奪利，經常挑起械鬥或戰爭，導致生靈塗炭，對朝廷也叛服無常。康熙帝決心予以整頓，至雍正帝，遂接納雲貴總督鄂爾泰建議，廢除土司世襲制度，設立府、廳、州、縣，由中央委派有一定任期的流官直接進行統治，史稱「改土歸流」。
「改土歸流」在雍正四年 (1726 年) 次第於雲南、貴州、廣西等地推行。為使相關事務得以統一籌畫，雍正帝任命鄂爾泰為滇、黔、桂三省總督。另外，湖南、四川等地的土司，亦紛紛交出世襲領地及土司印信。至雍正九年 (1731 年)，中央政府對邊疆的統治明顯加強，減少了叛亂因素。
《清史稿・鄂爾泰傳》：
改流之法：計擒為上，兵剿次之；令其自首為上，勒獻次之。惟剿夷必練兵，練兵必選將。誠能賞罰嚴明，將士用命，先治內，後攘外，實邊防百世之利。
＜請肅清頑苗，以靖邊方事＞：
制苗之法，固應恩威並用，然恩非姑息，威非猛烈，到得用著時必須窮究到底，殺一儆百，使不敢在犯，則威仍是恩......
由此可以窺見「改土歸流」是什麼一回事，清朝對少數民族是採取怎樣的一種態度。
雍正八年 (1730 年)，流官劉起元因貪婪無度，被當地少數民族領袖殺死，滇黔蜀三省接壤的土司群起響應。鄂爾泰派兵追剿，大肆屠殺，手段血腥。
各少數民族的文化和政治地位，經過「改土歸流」，遭到毀滅性的打擊。漢化進一步加快。少數地區仍殘存土司制度，但作用和影響已大大削弱。中華人民共和國成立後，將少數民族地區的土司制度徹底廢除，少數民族自此遭受前所未有的迫害，竊以為源出雍正帝。
王文彥＜改土歸流與港獨＞有一個有趣的觀察：
中華人民共和國成立 66 年了，盡管自治區民族矛盾多而棘手，這麼長時間，經歷幾任國家主席、總理，統治邊陲依然是一仍明清兩代以來「改土歸流」的舊貫，不但沒改，還有過之。
中央統治邊陲地區的「改土歸流」政策源遠流長
(嚴格的說，不是明清以來形成，而是秦漢以來)。它的形成，有內在的歷史原因，有其漢族民族性和獨特國情。我相信，在未來的歲月，無論是一國多制還是一國兩制，無論在國內的不同自治區還是香港，「改土歸流」仍將是中央管治邊陲地區的主流政策。明清以來的歷史證明，改土歸流是常態，香港的高度自治是「土」的特例，是權宜的，回到「流」才是無可避免的大趨勢。從蒙、藏、疆及雲貴各地自治區在解放後不久就全面「改土歸流」去看，中共中央是明清以來執行「改土歸流」最快速最果斷的政府......
回歸已 18 年的香港，還有多少時間可待？港獨愈見猖獗，就愈加速中央下決心回到「改土歸流」的傳統管治邊陲地區政策。從另一個角度看，你說中央愈有藉口結束一國兩制而回到一國一制並改土歸流亦無不可。
香港落得今日的下場，港區國安法在未諮詢港人意見下強行通過，再多人上街政府依然故我，甚至出現年青人被自殺被強姦被迫害的慘狀，都和傳統中國的遺毒脫不了關係。
