康熙帝是位十分關心民生的皇帝，他想多了解地方民情以及官員們的行為作風，
遂安排內務府官員如李煦、曹寅、孫文成等，秘密報告江南各地吏治民情，包括雨水、糧價鹽價等。九子奪嫡越演越烈，康熙帝不時透過秘密奏報了解外間事態實況。由於密奏不經中間部門，直接送達皇帝，密摺制度的雛型這時已經形成。
雍正帝即位後，進一步完善密摺制度。他一方面放寬上遞密摺的人數，不再限於幾個心腹大臣，而是擴及四品以上中央及地方官員。另一方面取消了密摺固定格式，上遞密摺的人可不依規格，不講究字體及字數，隨意地寫自己一切聽聞。唯官員繕寫密摺時必須親自為之，不可假手於人。
奏文寫在摺疊的白紙上，外加上特製皮匣，皮匣鑰匙備有兩把，一把由官員自己保管，一把由皇帝保管，任何人都無法開啟。官員自派親信家人送抵京城，不可擾累驛站，直達御前，並由皇帝親自用硃砂紅筆批答。軍機處設立後，其中一個職能就是處理密摺。官員可在密摺中彈劾上級長官。
由於雍正帝有著驚人魄力 (十三年來，睡眠時間不足四小時)，他對密摺所作的硃批，累積字數多達一千多萬。密摺內容極其廣泛，上至軍國要務，下至身邊瑣事，無所不包。硃批則嬉笑怒駡，全無避忌，更不乏村俗俚語，如「該！該！該！該！不要饒了他們……」、「朕大笑驚訝覽之，朕笑的了不得」等。密摺制度越趨完備，令雍正帝足不出戶能知天下事。
細緻言之，密摺制度有五個好處：
a. 鼓勵官員互相告密，有助皇帝了解大小官員的能力與操守；
b. 迅速掌握第一手資料，知道京城與外省的實際情形、舊制新規在實行上的利弊、官員家庭與健康情況、地方士紳活動情形、各地雨水糧價、邪教盜匪對地方的為害等，方便進行大刀闊斧的改革；
c. 加快對政事處理，皇帝對密摺非常重視，往往優先閱覽，實現及時的下情上達；
d. 廣開言路，群臣可以藉密摺直言進諫；
e. 加強君主專制，群臣紛紛獻媚，以博取皇帝信任。
不過，從另一角度看，密摺制度未嘗不是一種對臣民的監視、管控，令民臣生活在惶恐不安的氣氛中。又上遞密摺的人所言果真屬實？據此，皇帝親自體察民間疾苦仍是不可被取代，密摺制度有根本不足。
雍正帝也因密摺制度而積勞成疾，沉迷於煉丹求提神，終至一命嗚呼。
乾隆三年
(1738 年)，雍正帝歷年與大臣往來的密奏刊行，定名為《硃批諭旨》，書首有雍正帝自撰之上諭：
朕向在藩邸，未諳政事，不識一人，毫無閱歷......然耳目不廣，見聞未周，何以宣達？下情洞悉庶務而誤導未切，告誡未詳又何以使臣工共知朕心？相率而遵道，遵路以繼治平之政績，是以內外臣工皆令其具摺奏事，以廣諮諏......
朕之訓諭，每摺或手批數十言，或數百言，且有多至千言者，皆出一己之見，未敢言其必當。然而教人為善，戒人為非，示以安民察吏之方，訓以正德厚生之要，曉以福善禍淫之理，勉以存誠去偽之功，往復周詳，連篇累牘，其大指不過如是，亦既殫竭苦心矣......
從中可窺見密摺制度是如何一回事。
