康熙帝設南書房，在翰林院官員中「擇詞臣才品兼優者」入值，負責起草詔令，這其實已意圖削弱議政王大臣會議權力，把權力收回自己手中。
雍正帝即位，因對西北用兵，「慮儤值者洩密，始設軍事房，後改軍機處」。軍機處位於乾清門外西側、雍正帝寢宮養心殿旁，專選內閣中謹慎細密者入值，以處理緊急軍務 (故趙翼曰：「軍機處本內閣之分局」)。由於擺脫正式官僚體系的壅滯、繁瑣，有助皇帝貫徹自己的意志，軍機處慢慢由臨時軍事機構，轉變成凌駕於議政王大臣會議、內閣的政治機構。
軍機處設有軍機大臣，由皇帝指定親王、大學士、尚書、侍郎等充任，稱「大軍機」。軍機大臣中又設首席軍機大臣 (或稱領班軍機大臣)，由親王或大學士擔任。早期軍機大臣有：怡親王允祥、大學士張廷玉、戶部尚書蔣廷錫、大學士鄂爾泰等。軍機大臣須每天值班，等候皇帝隨時召見。
另設軍機章京，稱「小軍機」，由內閣、翰林院、六部、理藩院等官員充任，負責繕寫諭旨、記載檔案、查核奏議。
軍機處的具體職能如下：
1. 負責皇帝諭旨的撰擬和處理官員上報之奏摺文書；
2. 辦理皇帝交議的大政，提出意見，奏報皇帝裁奪；
3. 審擬皇帝特交的重大案件；
4. 參與對重要官員的任免和考核；
5. 考查行軍之山川、道里與兵馬錢糧；
6. 奉皇帝旨意，以「欽差」身分，出京到地方查辦事件。
軍機處也可用傳寄諭旨的方式對各地各部官員發佈指令。
不過，軍機大臣、軍機章京都是原官兼職，既無品級，也無俸祿。工作一律由皇帝臨時委派，他們只是承旨辦事，所謂「只供傳述繕撰，而不能稍有贊畫於其間」。事實上，軍機處更似是皇帝的秘書機構，專門執行皇帝的政策，決策權完全掌握在皇帝手上。有謂軍機處令君主集權走向鼎峰，是很對的。錢穆在《中國歷代政治得失》就曾經不客氣地說：
太監也罷，軍機大臣也罷，反正都只算是皇帝的私人秘書，算不得朝廷的大臣......軍機處不過是皇帝御用的秘書。
雍正帝規定，諸大臣陳奏，平常事務使用奏疏，經由通政司遞上，交內閣擬旨處理；重要事情使用奏摺，經奏事處遞上，交軍機處擬旨，皇帝親自閱覽，硃筆批示處理。從此內閣權力向軍機處轉移，一切機密大政歸軍機處辦理。
乾隆帝時，一度罷軍機處，未幾恢復。歷嘉慶、道光，至咸豐，恭親王奕訢擔任領班軍機大臣。因與慈禧太后有矛盾，被肅清，軍機處成為慈禧太后大權獨攬的工具。宣統三年 (1911 年)，實行「責任內閣制」，軍機處被撤銷。
[主要參考資料]
1. 趙爾巽等，《清史稿》。
2. 趙翼，《檐曝雜記》。
