且說主考官李振鄴、張我樸等公開受賄，導致輿論沸騰，任克溥上疏論事，《清史稿・任克溥傳》：
任克溥，字海眉，山東聊城人。順治四年進士，授南陽府推官......十四年，轉刑科......復疏論順天鄉試給事中陸貽吉與同考官李振鄴、張我朴交通行賄鬻舉人，下吏部、都察院嚴鞫，貽吉、振鄴、我朴與居間博士蔡元禧，進士項紹芳，行賄舉人田耜、鄔作霖皆坐斬。命禮部覆試不及程者，褫奪流徙又二十五人，考官庶子曹本榮、中允宋之繩並坐降調。
《清史稿・選舉志三》：
順治十四年丁酉，順天同考官李振鄴、張我朴受科臣陸貽吉、博士蔡元禧、進士項紹芳賄，中田耜、鄔作霖舉人。給事中任克溥奏劾，鞫實。詔駢戮七人於市，家產籍沒，戍其父母兄弟妻子於邊。考官庶子曹本榮、中允宋之繩失察降官。
順天科場案後不久，陰應節 (山西洪洞縣人，順治三年
1646 年中進士) 奏參江南主考官方猷，因「方姓」聯宗之故，竟取少詹事方拱乾之子方章鉞為舉人 (《東華錄》)。《清史稿・選舉志三》：
江南主考侍講方猷、檢討錢開宗，賄通關節，江寧書肆刊萬金傳奇記詆之。言官交章論劾，刑部審實。世祖大怒，猷、開宗及同考葉楚槐等十七人俱棄市，妻子家產籍沒。
舉人方章鉞等八人被責打四十大板，家產籍沒。
順治帝為防止舞弊，重試時考場警衛森嚴，李延年《鶴征錄》：
黃銅之夾棍，腰市之刀，悉森布焉。
王應奎《柳南隨筆》記考生：
皆惴惴其慄，幾不能下筆。
詩人吳兆騫戰慄到不能握筆，他擲筆而嘆，最後被案件牽累，流放到東北寧古塔 (今黑龍江寧安縣)，處境淒苦。
徐珂《清稗類鈔》：
丁酉之獄，蔓延幾及全國，以順天、江南二省為鉅，次則河南，又次則山東、山西，凡五闈。
關於河南科場案，《清稗類鈔》：
順治丁酉十二月壬申，給事中朱紹鳳劾奏河南主考官黃鈊、丁澎進呈試錄《四書》，三篇皆由己作，不用闈墨，有違定例。且黃鈊居官向有穢聲，出都之時，流言嘖嘖。又挾恃銓曹，恣取供應，請敕部分別處分。得旨；「黃鈊著革職嚴拿察究，丁澎亦著革職察議。」
從一方面看，「科場舞弊案」有其正面作用，誠如周佳榮《明清疑案新探 - 史學家的證言》說：
科場案是清初嚴辦科舉考試舞弊的案件。清朝恢復科舉取士後，科場積弊也隨而沿襲下來。為了杜絕弊端和選拔真才，清廷不僅制定相當完備的科場條例，而且嚴厲懲辦徇私舞弊者，特別是交通囑托、賄買關節的人員。次數之多，處理之嚴，打擊面之廣，為科舉制建立以來所未有。
可是，另一方面，清朝的處罰手法亦失於嚴苛、殘酷、不近人情，如《清稗類鈔》所言：
本朝，乃興科場大案，草菅人命，甚至弟兄叔姪，連坐而同科，罪有甚於大逆。無非重加其罔民之力，束縛而馳驟之，蓋始於順治丁酉之鄉闈矣。
孟森亦言：
父母兄弟妻子為家，有一中式之士子 (案：指吳兆騫)
復不及格，而一併譴戍寧古塔，在今日視之，豈非駭聞？
周佳榮總結：
清廷這種把事態擴大的行徑，無疑是為了立威......為害實在很大。
說得很對，也和白壽彝編《中國通史》「科場案是清初打擊漢族士紳的手段之一」吻合。
