努爾哈赤與葉赫部敵對，孟古哲哲病重，臨終前欲見母親一面，卻被葉赫部方面阻止，她卒之含恨而終，終年二十九歲。
努爾哈赤覺得對愛妻有虧欠，除了日夜思念，痛哭不已，亦對其所生之子皇太極極為愛惜，曾稱皇太極為「為父我之愛妻所生之唯一之後嗣，故不勝愛憫。」(《滿文老檔》) 努爾哈赤死後，八旗旗主推選皇太極做後金大汗，孟古哲哲被尊奉為孝慈高皇后。
皇太極初時與大貝勒代善、二貝勒阿敏 (舒爾哈齊子)、三貝勒莽古爾泰共同主持朝政，稱為四大貝勒時期。貝勒乃女真貴族稱號，特別指宗室封爵。及後他以輕視君上、貪財違法、虐待屬人、越分妄行等罪名貶斥大貝勒代善，以心懷異志、大逆不道除去二貝勒阿敏、三貝勒莽古爾泰。至此，努爾哈赤建立的權力平衡機制被打破，皇太極成為最終決策者，實現君主集權。
他又改善漢人待遇。安排漢人與滿人分屯居住、攻陷城池時不殺降民、為降人編獨立戶籍、放寬對逃人的懲治等，以緩解滿漢矛盾。創建漢軍八旗，扮演重炮兵部隊的角色，專門負責鑄造及使用火炮，增強作戰能力。另外，重用漢人官員，賜以田宅等私有財產，並優禮對待。范文程等因而得以進入決策層，對後金以及清朝的政治、經濟、軍事諸方面產生重大影響。
有見於明朝政制先進，皇太極以此為濫觴，對後金政治架構進行改革，分設內三院 (內國史院、內秘書院、內弘文院)、六部
(吏、戶、禮、兵、刑、工)、兩衙門 (都察院、理藩院)。他繼而引用明朝科舉制度，開科取士。
天啟七年 (1627 年)，皇太極親自領兵在寧遠和錦州一帶與明軍交戰。明軍使用紅衣大炮轟擊，後金騎兵處處受制，結果大敗。由於無法打通關寧錦防線，皇太極為了打破僵局，決定開闢第二戰場，繞道蒙古，從山海關西面的長城關隘，進入明朝北方。
皇太極打敗蒙古察哈爾部林丹汗，取得傳國玉璽，漠南蒙古各部向後金臣服。他改國號為「大清」，同時率軍征討不願臣服的朝鮮。朝鮮最後成為清的藩屬，皇太極遂集中心力進攻明朝。
早在崇禎三年 (1630 年)，皇太極已利用反間計誘使明思宗處死袁崇煥。崇禎十四年
(1641 年)，「松錦之戰」爆發，清軍在松山大敗明軍，薊遼總督洪承疇被俘。《清太宗實錄》：「是役也，計斬殺敵眾五萬三千七百八十三，獲馬七千四百四十匹、駱駝六十六、甲冑九千三百四十六副。明兵自杏山，南至塔山，赴海死者甚眾，所棄馬匹、甲冑以數萬計。海中浮屍漂蕩，多如雁鶩。」可見明軍損失慘重，在遼東的防禦全線崩潰，大勢已去。
