後金勢盛，袁崇煥投身遼東經略王在晉麾下，受王在晉倚重。王、袁二人後來意見不合，袁得孫承宗信任，孫不久上書明熹宗，請免王在晉遼東經略職位，自任督師，鎮守山海關。袁崇煥因此嶄露頭角，遼東邊防形勢稍為改觀。
受朝中東林黨爭拖累，孫承宗去職，由高第接任遼東經略。高第採消極放棄態度，只守山海關。袁崇煥反對，獨守寧遠。天啟六年 (1626
年)，努爾哈赤發兵攻寧遠，袁崇煥嚴陣以待，「刺血為書，激以忠義，為之下拜，將士咸請效死」。
努爾哈赤招降袁崇煥，遭袁拒絕，並向後金大營開炮 (炮屬紅衣大炮，與台灣的荷蘭人、澳門的葡萄牙人交戰得來，共十一門)，後金軍數百人中炮死。後金軍開始攻城，礙於武器簡陋，收效甚微。更多人畏懼明軍火炮，喪失銳氣。努爾哈赤見寧遠久攻不下，帶著忿恨和遺憾，撤兵回師瀋陽。寧遠之戰是自撫順失陷以來，明軍首場勝仗。
努爾哈赤未幾試圖重振士氣，率軍征蒙古，大獲全勝。八月，努爾哈赤病逝 (一說寧遠一戰紅衣大炮所造成的戰傷)，享年六十七歲。
努爾哈赤生前，創立八旗貝勒共議國政的制度，汗位由八旗旗主互議，推選其中一旗主擔任。經推舉，努爾哈赤第八子、四貝勒皇太極繼任後金大汗。
八旗是努爾哈赤在萬曆四十三年 (1615 年) 創建。分正黃、正白、正紅、正藍，後增鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍，共八個旗色，由努爾哈赤的子侄分別擔任旗主貝勒，共議國政。隨著數十年的征戰，蒙古、漢人等族群被吸收，遂有蒙古和漢軍八旗。八旗集行政、軍事、社會、生產等職能於一身，八旗將士「出則為兵，入則為民」，對後金崛起影響深遠。
關於努爾哈赤，尚有二事值得講述，一為制定滿文，一為囚舒爾哈齊、殺褚英。
努爾哈赤命額爾德尼和噶蓋參考蒙古文字以創製滿文。二人起初表示反對，覺得女真人早已習慣書寫蒙古文，何必另造新字？然而，努爾哈赤反駁「如何以我國之語制字為難，反以習他國之語為易耶」，堅持立場。滿文卒之產生，稱「無圈點滿文」(老滿文)，皇太極年間加以完善，稱「有圈點滿文」 (新滿文)。
舒爾哈齊是努爾哈赤同母弟，為後金第二號政治人物。攻哈達部時，充當先鋒的舒爾哈齊有退卻之意，遭努爾哈赤當眾怒斥，二人因此有裂痕。舒爾哈齊往後作戰不力，常按兵不動，令努爾哈赤非常不滿。萬曆三十七年 (1609 年)，舒爾哈齊決定出走，自立門戶，被努爾哈赤發覺，抓了起來。舒爾哈齊被囚至死。
褚英是努爾哈赤長子，屢立戰功。惟其行事專斷，與諸貝勒大臣發生嚴重矛盾，諸貝勒大臣向努爾哈赤告發，褚英被冷落，繼而處死。
