滿清以異族身份入主中原，人口不及漢人多，文化水平不如漢人高，為求長治久安，仍實行明朝的內閣制。
清朝的內閣置大學士四人，滿漢各二，協辦大學士二人，滿漢各一。滿人較漢人被重視 (此乃異族入主必有之特色。清之前，元也是以異族入主中原。元乃一蒙古族建立之朝代，亦有不少偏蒙古、色目，輕漢、南人之政)。另外，又有「議政王大臣會議」，軍政大事皆由各議政王商討決議。
隨著君主年歲增長，加上康雍乾三帝皆有雄心壯志，其自不願容許任何對己之束縛，而欲把大權操於手 (這情況和明太祖時期有點相似)。「議政王大臣會議」率先被廢除 (因它是對皇帝依己意行事的最大障礙)。雍正用兵西北時，設立軍機房，從此，政令繞過內閣，直接由軍機房發出，軍機房直屬於皇帝，不久改稱軍機處。
軍機房的設立，最初是為了應付軍事上的需要，因當時內閣所處位置偏遠，難以把最新的軍事消息收集，而又極易洩露軍事機密，故另立一全新的臨時機構，補內閣之不足。乾隆時，各軍事遠征結束，一度撤銷軍機處。不過，嘉慶時，軍機處重新被設置，此時的軍機處，職能有重大的轉變，它不再是負責軍事，而是擴及一切政務，直至清末為止。故此，軍機處成為一中央政治機構，實始於嘉慶。
軍機處初時亦如明太祖時期的內閣，是皇帝的秘書處之類，由皇帝從內閣找來官員擔任軍機處的職務。軍機處設有軍機大臣，以下又有軍機章京若干人，主理政務。
及後任軍機處官職的人漸以皇帝的親戚寵臣為主，軍機處內全是皇帝的心腹，皇帝經軍機處直接處理一切政務，成就清朝獨有的君主獨裁 (和明朝一樣，清朝未有重新設置宰相。其政治能有條不紊，不如明代之腐敗，和君主的素質有關。清代皇帝較明代的勤奮，康雍乾表現出色，嘉慶、道光、咸豐、同治稍有不及，仍多親身處理政務，未曾不上朝)。
軍機大臣和皇帝商討政事，皇帝給予自己的意見，由軍機大臣筆錄，再直下各級地方政府執行，地方政府上奏中央，亦需經軍機處，由其直送皇帝。
內閣未有被廢除，權力卻逐漸削減。軍機處下達政令時，仍是以內閣的名義，非用軍機處之名，有實無名，由此可知內閣仍保有一定地位。
軍機大臣除負責中央事務，還需前往地方進行巡察，了解各地方政府的治績。太平天國之亂後，軍機大臣始有漢人擔任，職能則無大改變。
總之，清代中央政制沿襲明代的內閣大學士制度。雍正以後，君主有集大權的意欲，加上軍事需要，遂置軍機處，初為軍事組織的它隨時日推移而兼政治等事務，最後更成為皇帝唯一信賴的政治機構，君主藉此可以獨裁。
辛亥革命後，民主制被引入，中國歷史進入新階段。
